«Печатаем настоящее письмо с особенным удовольствием, как еще одно доказательство, что русские врачи сознают все больше и больше нравственную обязанность поддерживать честных товарищей, несправедливо подвергающихся оскорблениям. У нас, в России, такая нравственная поддержка особенно важна, ибо честным работникам у нас уж часто приходится бороться при самых невыгодных условиях с личными интересами некоторых и с невежеством и все тормозящей апатией большинства».
Серебренникова, Моллесон, Виноградов через редакцию журнала просят устроить общественный суд над Рума. Но земство осталось непреклонным. Оно не поддержало Моллесона и Земблинова и продолжало стоять на стороне проходимца Рума. Началось преследование прогрессивно настроенных врачей. Серебренникова в 1887 году писала: «Появился раскол в среде врачей… Шире, дальше, — дело дошло до того, что на нашу партию ополчились и травят, но пока честные люди на нашей стороне, мы не унываем и надеемся, что удержим за собой позицию. Обидно только бывает за людей! Какие низкие способы борьбы! Во всем узнаешь реакцию».
Серебренникова, Скворцова и Виноградов протестуют против назначения старшим врачом Александровской больницы вместо Земблинова Губовича, работавшего ранее тюремным врачом. Защищая их, журнал «Врач» писал в 1888 году: «Пермское земство, с губернской управой во главе, никак не могло помириться с тем, что «его» врачи осмелились поднять голос против лица, которому сочувствовало само земство — «хозяин», и вот возникло гонение на врачей со стороны земства; …врачи были объявлены на земском собрании подпольными агитаторами и доносчиками!»
Серебренникова была деятельным участником губернских и всероссийских съездов врачей. Ее выступления на них далеко выходили за рамки офтальмологии. Серебренникова видела перед собой не только больной глаз, но и прежде всего человека. Более чем четырехлетняя работа общим врачом, хорошее знание хирургии, терапии и нервных болезней, а также постоянное участие в консилиумах, частые выезды к больным помогли ей выработать твердое убеждение в том, что успех в лечении глазных болезней зависит от общего состояния больного.
Многие медицинские проблемы по-настоящему глубоко волновали Серебренникову. Интересно проследить тематику ее выступлений на съездах. На третьем съезде земских врачей Пермской губернии она сделала доклады: «Некоторые данные к вопросу о статистике и этиологии слепоты в Пермской губернии» и «Об оспопрививании в Пермской губернии», на пятом — «Об оспопрививании», на шестом — «О детской смертности». На пятом же съезде, 7 ноября 1895 года, Серебренникова выступила с предложением об отмене телесных наказаний. На врачебном съезде можно было говорить о вреде телесных наказаний только с медицинской точки зрения. Но выступление Серебренниковой имело и политическое значение: оно было направлено в защиту достоинства человека, против бесправного положения трудящихся, против казавшихся незыблемыми царских законов. После бурных прений съезд почти единодушно одобрил предложение Серебренниковой. Узнав об этой «вольности», министр внутренних дел запретил обсуждать вопросы о телесных наказаниях в губерниях.
Весной 1896 года Евгения Павловна участвует в работе шестого Пироговского съезда врачей в Киеве. Как сообщал журнал «Врач», на заседании глазной секции 25 апреля «почетным председателем по предложению проф. Ходина А. И. была избрана женщина-врач Е. П. Серебренникова (Пермь) при шумных рукоплесканиях». На Киевском съезде по инициативе Евгении Павловны снова поднимается вопрос об отмене телесных наказаний.
Бывший на съезде доктор Жбанков, видный деятель земской медицины, в письме к П. Н. Серебренникову рассказывал: «Живая, бодрая, энергичная Евгения Павловна будила нас, засыпающих на Киевском съезде, и заставляла бороться против вопиющей несправедливости нашей придавленной жизни, полной всяких гадостей и подлостей, — только благодаря ее словам выдвинулся на съезде этот проклятый вопрос о телесном наказании!»
Как общественный деятель и как глазной врач, Серебренникова много внимания уделяла вопросам предупреждения слепоты, боролась за расширение помощи слепым.