В 1886 году Евгения Павловна выступает со статьей «Несколько слов о нашей слепоте», где призывает общество взять на себя заботу о слепых. Она считала, что для предупреждения слепоты необходимо повысить офтальмологическое образование врачей, расширить офтальмологическую помощь населению, лечить глазных больных бесплатно. Вскоре в своем отделении она организует специализацию врачей по глазным болезням.
По инициативе и при непосредственном участии Серебренниковой в Перми создается попечительство о слепых. В 1886 году она открывает приют, в котором через год насчитывается более тридцати слепых детей. Евгения Павловна ведет в приюте организационную и лечебную работу.
Наблюдая за воспитанниками приюта, Серебренникова отмечала, что слепые дети развиваются хуже своих зрячих сверстников. Она предлагает практиковать в приюте гимнастические упражнения, учебные занятия, занятия ремеслами, искусством; она говорит о необходимости открытия в Перми училища для слепых. Серебренникова организует цикл платных лекций и этим кладет начало обору средств для постройки училища. В 1889 году она вместе с П. Вологдиным в брошюре «Призрение слепых» обращается за помощью к общественности Пермской губернии.
30 августа 1890 года училище слепых открылось.
Большое упорство, любовь к своему делу проявили Серебренникова и ее друзья, чтобы наладить в училище регулярные занятия. Одна из старожилов города Перми М. А. Теплоухова, бывшая во времена Серебренниковой гимназисткой, рассказывает, что Евгения Павловна часто заходила в гимназию, просила помочь училищу. Она приносила бумагу, азбуку Брайля и учила гимназисток накалывать книги для слепых.
Училищу слепых в Перми приходилось вести тяжелую борьбу за свое существование. Оно жило в основном за счет частных пожертвований.
Каждый шаг в деятельности Серебренниковой был направлен на то, чтобы быть полезной людям. С этой целью она принимает активное участие в работе местного благотворительного общества.
Серебренникова хорошо понимала, что никакая благотворительность не даст народу свободной жизни, заметно не улучшит его благосостояние и просвещение. Большинства благотворителей одной рукой раздавало народу грошовую милостыню, а другой безжалостно грабило его. Замаливающие свои грехи купцы, ожиревшие чиновники, сюсюкающие о «бедненьких» барыньки были далеки от того, чтобы действительно улучшить жизнь трудящихся. Но в благотворительные общества входили и прогрессивно настроенные люди. По их инициативе удавалось строить детские приюты, больницы, библиотеки. К таким людям относилась и Серебренникова.
В 1888 году Серебренникова принимала активное участие в работе комиссии по оказанию помощи переселенцам, которая была организована общественностью Перми. По ее инициативе ставится платный любительский спектакль (в котором играла и сама Евгения Павловна). Все вырученные от спектакля деньги пошли на железнодорожные билеты переселенцам.
Весной 1892 года Серебренникова участвует в сборе средств на помощь голодающим. С этой же целью она организует цикл платных публичных лекций.
В городе Перми на углу улиц газеты «Звезда» и Кирова стоит двухэтажное кирпичное здание. Теперь здесь помещается школа № 26. Здание это построено в 1896 году благодаря заботам Е. П. и П. Н. Серебренниковых. Строилось оно три года на частные пожертвования и на средства Богородицкого попечительства, председателем которого был Павел Николаевич. Везде успевающая, неутомимая Евгения Павловна провела огромную работу по сбору пожертвований.
Серебренникова была инициатором различных литературных вечеров, спектаклей, художественных чтений. Она часто выступала с публичными лекциями, привлекала к чтению их пермскую интеллигенцию.
Многим в Перми были известны «среды», которые устраивались в квартире Серебренниковых. Здесь приветливо встречали каждого нового человека. Присутствовавшие на «средах» были гарантированы от скуки, выпивки, карт. Здесь читали и обсуждали статьи по вопросам литературы, искусства, философии, разговаривали на все современные темы.
На «средах» читали такие книги, как «Политическая экономия» Милля с примечаниями Н. Г. Чернышевского, «К вопросу о развитии монистического взгляда на историю» Г. В. Плеханова..
По роду своей врачебной деятельности Серебренниковой часто приходилось бывать в разъездах по губернии. Во время этих поездок она близко наблюдала деревенскую и заводскую жизнь. Ее глубоко возмущали каторжные условия существования трудящихся. Евгения Павловна страстно мечтала о том времени, когда «человек человеку будет братом». Но действительность была безрадостна. «Надеяться сейчас на улучшение материального благосостояния народа — благие пожелания», — утверждала она в отчете о своей десятилетней работе.