В этом же деле хранится формулярный список С.П. Боткина, составленный по состоянию на 3 декабря 1870 г. В нём, в частности, указывается содержание: жалованья 2352 р., столовых денег 294 р., квартирных денег 300 р., а всего 2946 р. (там же, лл. 5–5 об.).
Сближению С.П. Боткина с царской семьёй способствовало, вероятно, успешное лечение им наследника цесаревича Александра Александровича (будущего императора Александра III). В мемориальной комнате С.П. Боткина в Центральном музее медицины РАМН хранился подлинник записки наследника С.П. Боткину, в которой цесаревич просил «…принять от меня душевную благодарность мою за всё время моей болезни».
Как пишет Е. Нилов в беллетризованной биографии С.П. Боткина (Серия ЖЗЛ — М., 1966), «…по возвращении в Петербург (в 1872 г. — Б.Н.) Боткин получил звание академика Медико-хирургической академии и назначение лейб-медиком царской семьи. До сих пор этой чести удостаивались только иностранцы. Боткин стал первым русским придворным врачом». Вслед за ним это утверждение повторяет Ю. Безелянский в Календаре российской истории «От Рюрика до Ельцина» (М., 1993, с. 216): «Боткин первым из русских врачей был назначен лейб-медиком, то есть личным врачом при Александре II». Эти утверждения неверны. Первыми природно-русскими лейб-медиками были О.К. Каменецкий (1750–1823), С.Ф. Гаевский (1778–1862) и И.В. Енохин (1791–1863). Хотя справедливости ради следует отметить, что бывшие до них лейб-медиками Л.Л. Блюментрост (1692–1755), Н.Ф. Арендт (1785–1859) и др., носившие иностранные фамилии, тоже были уроженцами России. На эту же ошибку в освещении биографии С.П. Боткина обратил внимание и А. Шабунин.
Е. Нилов пишет далее: «Боткин не любил ни своего придворного звания, ни своих обязанностей в царском дворце… Должность лейб-медика и связанные с ней поездки и дежурства во дворце… лекции, клиника, клиническая амбулатория, научная работа, редакторская работа и огромная частная практика поглощали всё время Боткина… Особенно деятельность придворного врача отрывала его от дома». Действительно, нагрузки С.П. Боткина были чрезмерными, но он привык возложенные на него обязанности выполнять добросовестно.
Как вспоминал Н.А. Белоголовый, «…зимой 1872 г. его (Боткина. — Б.Н.) деятельность ещё значительно осложнилась приглашением принять на себя лечение императрицы Марии Александровны и назначением его лейб-медиком. Эти новые обязанности весной того же года заставили его покинуть на время Петербург и сопровождать царственную пациентку в Ливадию. Звание лейб-медика время от времени прерывало его клинические занятия; так, позднее он должен был провести с императрицей две зимы на побережье Средиземного моря, а именно с 1874-го на 1875 г. в Сан-Ремо и зиму на 1880 г. — в Канне». Помощник С.П. Боткина в лечении императрицы Е.А. Головин писал: «…В начале 1872 г. совершенно неожиданно ему (С.П. Боткину. — Б.Н.) поручены были заботы о здоровье заболевшей серьёзно государыни императрицы. Энергическими мерами Сергею Петровичу удалось восстановить угасавшие силы Её Величества и на много лет продлить её жизнь. При Дворе, как и везде, он скоро приобрёл доверие и любовь и из профессора, доктора Боткина превратился в Сергея Петровича, получившего свободный доступ к царской семье и пользовавшегося её благосклонным расположением. Сам Сергей Петрович почестей и высокого положения не домогался. И то, и другое явилось как последствие добросовестной, неустанной, плодотворной деятельности».
Почести не заставили себя ждать. 10/22 мая 1875 г. министр Императорского двора уведомил из Эмса господина управляющего Придворной медицинской частью о том, что «Указом в 10 день сего мая почётный лейб-медик Двора Его Императорского Величества ординарный профессор Императорской Медико-хирургической академии совещательный член Медицинского совета Министерства внутренних дел и Военно-медицинского учёного комитета действительный статский советник доктор медицины Боткин Всемилостивейше пожалован в лейб-медики Двора Его Императорского Величества с назначением состоять при Её Императорском Величестве Государыне Императрице и с оставлением при занимаемых им ныне должностях, а сверхштатный младший медицинский чиновник медицинского департамента министерства внутренних дел коллежский асессор Головин назначен почётным лейб-медиком Двора Его Императорского Величества с поручением состоять помощником при лейб-медике действительном статском советнике Боткине» (РГИА, фонд 479, оп. 1, ед. хр. 1856, лл. 456–456 об.).