Некоторое время Е.С. Боткин работал врачом в Мариинской больнице для бедных, откуда был командирован с научной целью за границу. В мае 1893 г. он был вторично командирован за границу, где занимался в клинике проф. Черни, в Патологоанатомическом институте в Гейдельберге у проф. Арнольди, в лаборатории физиологической химии проф. Саньковского в Берлине, слушал лекции профессоров Р. Вирхова, Бергмана, Эвальдса, невропатолога Громана, прошёл бактериологический курс у проф. П. Эрнста в Гейдельберге, курс практического акушерства у проф. Дюрсена в Берлине, там же — хирургический курс у доктора Шланге, прослушал курсы по детским болезням проф. Богинского и по нервным болезням проф. Бернхардта. Работая летом во всех терапевтических клиниках и терапевтических отделениях городских больниц Берлина, проделал специальные курсы клинической химии у приват-доцента Вейнтрауда (ассистент проф. Герхардта) и клинической бактериологии у доктора Руге в той же клинике и слушал лекции профессоров Герхардта, Сенатора, Лейлена, невропатолога Менделя, педиатра Хубнера, отоларинголога Б. Френкеля. В физиологической лаборатории проф. Х. Мунка Е.С. Боткин провёл исследование по морфологии крови и лимфы.
Таким образом, он получил разносторонние медицинские познания на самом высоком уровне и был прекрасно подготовлен к самостоятельной лечебной и научной работе. 12 мая 1897 г. Е.С. Боткин был удостоен звания приват-доцента по кафедре внутренних болезней с клиникой Военно-медицинской академии.
Конечно, Е.С. Боткин не был столь одарён, как его старший брат — Сергей Сергеевич, но он был превосходным практическим врачом, имевшим к тому же свои собственные взгляды на взаимоотношения врача и больного.
В своей вступительной лекции студентам 3-го курса Военно-медицинской академии 18 октября 1897 г. он, в частности, говорил: «„Больница — для больных“ — этот девиз должен лечь в основу нашего (т.е. врачебного. — Б.Н.) отношения к больным». Он учил своих студентов: «Необходимо, чтобы врач обладал умением, искусством наблюдать. Нужно уметь слушать. Как приобрести это умение? Для этого необходимо только одно условие: ваше сердечное участие к больному и искренний интерес к его рассказу… Раз приобретённое вами доверие больных переходит в искреннюю привязанность к вам, когда они убеждаются в вашем неизменном сердечном отношении. Когда вы входите в палату, вас встречает радостное и приветливое настроение — драгоценное и сильное лекарство, которым вы нередко больше поможете, чем микстурами и порошками… Только сердце для этого нужно, только искреннее участие к больному человеку. Так не скупитесь же, — призывал он своих слушателей, — приучайтесь широкой рукой давать его тому, кому оно нужно».
В опубликованной в 1903 г. работе «Что значит „баловать больных“?» Е.С. Боткин писал о том, что врач «никогда не должен забывать, что перед ним больной человек, нередко страдающий от своей нервной болезни не менее, чем другой от физической, и заслуживающий поэтому сердечного и внимательного участия. Знакомство с душевным миром больного врачу не менее важно, чем представление об анатомических изменениях и нарушениях физиологических функций».
Во время Русско-японской войны 1904–1905 гг. он был назначен заведующим медицинской частью Красного Креста в Маньчжурской армии. За отличия, оказанные в делах против японцев, он был награждён офицерскими боевыми орденами Св. Владимира 4-й и 3-й степени с мечами.
Свои впечатления о войне Е.С. Боткин изложил в книге «Свет и тени Русско-японской войны 1904–1905», изданной в Санкт-Петербурге в 1908 г. Представляя собой собрание писем, описывающих хронологию военных событий и меняющиеся взгляды их автора на войну, эта книга по своей форме («Из писем к жене») напоминала книгу его отца — «Письма С.П. Боткина из Болгарии 1877 г.», также составленную из писем С.П. Боткина к его жене с театра военных действий в Русско-турецкой войне 1877–1878 гг.
По внутреннему же содержанию книга Е.С. Боткина — «добровольное свидетельское показание перед судом общественного мнения», как определил её сам автор, — вступала в отчётливую полемику с книгой С.П. Боткина. Это противостояние было обусловлено прежде всего различным служебным положением их авторов.
С.П. Боткин, как лейб-медик Императорского двора, в обязанности которого входило главным образом наблюдать за здоровьем государя, главнокомандующего, наследника и других лиц, близких к царствующим особам, принимал участие в войне, так сказать, на госпитальном уровне. Занимаясь преимущественно инспектированием госпиталей (как «генерал от медицины») и консультацией «интересных» больных, он конечно же не подвергался при этом никакой опасности. Правда, как пишет Е. Нилов, «не раз, видя недостаток врачей, скидывал сюртук, засучивал рукава и становился к операционному столу».