Ночью 4 июля 1764 г. во время неудачной попытки, предпринятой подпоручиком Смоленского полка Мировичем, освободить Ивана Антоновича из крепости тот, согласно данной заранее инструкции, был умертвлён охранявшими экс-императора Власьевым и Чекиным, которым не удалось сразу убить его. Раненный в ногу ударом шпаги, он отчаянно сопротивлялся. В спешке его кололи куда попало, пока Власьев не нанёс смертельного удара.
Место захоронения Ивана Антоновича точно не известно. Пытаясь разгадать эту тайну, Ю.А. Молин приводит выписку из Историко-статистического описания первоклассного Тихвинского Богородицкого Большого мужского монастыря (СПб., 1859 г. CXXX): (тело Иоанна Антоновича) «было поставлено в церкви Шлиссельбургской крепости. Со всех сторон стекался народ видеть его и пролить слёзы сожаления. Посещение ко гробу так умножилось, что велено было тело запереть и после перевезти оное в Тихвинский монастырь, находящийся в 200 верстах от Санкт-Петербурга».
Император Пётр III (1728–1762) пробыл на российском троне всего 186 дней — от рождественского полудня 25 декабря 1761 г. до утреннего часа 28 июня 1762 г., когда в результате государственного переворота на престол вступила его жена — Екатерина II. Он даже не успел короноваться на царство. Бывшего самодержца арестовали и под конвоем препроводили в Ропшу, где 6 июля брат фаворита новой императрицы и один из руководителей переворота А.Г. Орлов задушил его своим офицерским шарфом.
Пётр III вообще не отличался крепким здоровьем. Сразу же по прибытии в Ропшу на почве нервных переживаний наступило резкое ухудшение его состояния. Андрей Шумахер сообщает: «При своём первом появлении в Ропше он уже был слаб и жалок. У него тотчас же прекратилось сварение пищи, обычно проявляющееся несколько раз на дню («медвежья болезнь» наоборот. — Б.Н.), и его стали мучить почти непрерывные головные боли».
Курьер с извещением о болезни Петра III прибыл в Петербург только 1 июля. Он передал желание больного, чтобы в Ропшу приехал его лечащий врач голландец Людерс. Однако врач, державший, очевидно, нос по ветру, отказался ехать (неслыханный случай в медицинской практике!) и ограничился лишь тем, что выслушал симптомы болезни и выписал лекарства. Однако императрица всё-таки велела Людерсу отправиться в Ропшу. Людерс собирался, явно не спеша, и прибыл в Ропшу только 3 июля, когда состояние здоровья узника резко ухудшилось. На другой день к больному выехал ещё один врач — придворный хирург Паульсен, который был отправлен не с лекарствами, а с хирургическими инструментами (Н. Павленко уточняет: «Для вскрытия»).
Через два года после приезда в Россию будущий император Пётр III перенёс тяжёлую болезнь. Некоторые симптомы — «гнойная короста», выраженная лихорадка, относительно недолгое течение заболевания, а также сам факт выздоровления — позволили Ю.А. Молину предположить, что это была не натуральная оспа, как считают некоторые историки, а ветряная, протекающая обычно у подростков и взрослых тяжело, но с благоприятным для жизни прогнозом. С тех пор «оспинки» навсегда украсили лицо Петра III. Его внешность всегда была очень заурядной: небольшой рост, хрупкое телосложение, узкие плечи и выпирающий живот.
7 июля 1762 г. был обнародован манифест (№ 11599), в котором объявлялось: «Бывший император Пётр Третий обыкновенным и часто случавшимся ему припадком геморроидическим впал в прежестокую колику. Чего ради… тотчас повелели отправить к нему всё, что потребно было к предупреждению следств из того приключений, опасных в здравии его, и к скорому вспоможению врачеванием. Но к крайнему нашему прискорбию и смущению, вчерашнего дня получили мы другое, что он волею всевышнего Бога скончался».
Екатерина II говорила своему фавориту Станиславу Понятовскому: «Его свалил геморроидальный колик вместе с приливами крови к мозгу; он был два дня в этом состоянии, за которыми последовала страшная слабость, и несмотря на усиленную помощь докторов, он испустил дух. Я опасалась, не отравили ли его офицеры (опять отравление! — Б.Н.). Я велела его вскрыть, но вполне удостоверено, что не нашли ни малейшего следа отравления (что вполне естественно, так как государя не отравили, а задушили. — Б.Н.); он имел вполне здоровый желудок, но умер от воспаления в кишках и апоплексического удара (версия, пригодившаяся для объяснения причины внезапной смерти его сына — императора Павла I. — Б.Н.). Его сердце было необычайно мало и совсем сморщилось».
Проверить это высказывание Екатерины II невозможно: описания вскрытия трупа не сохранилось, отсутствует и медицинское заключение о смерти Петра III. Тем не менее можно предположить, что придворные медики привлекались к составлению официальных документов о смерти Петра III хотя бы в качестве консультантов, но не их вина в том, что те носили неправдоподобный, фантастический характер, представляя своего рода «амальгаму», в которой были использованы некоторые подлинные данные о его болезни, долженствовавшие, по замыслу их создателей, прикрыть истинную причину смерти Петра III.