Несмотря на то что Романовы умели хранить свои тайны, слухи об истинной причине смерти Петра III всё же широко распространились по России и даже вышли за её пределы. Например, знаменитый французский энциклопедист Ж. Даламбер, отказавшийся от приглашения Екатерины II стать воспитателем наследника цесаревича Павла, писал Вольтеру, намекая на «геморроидальные колики», от которых, по официальной версии, умер Пётр III: «Я очень подвержен геморрою, а он слишком опасен в этой стране», то есть в России.
Некоторые затруднения возникли и у иерархов православной церкви в отношении формы поминовения покойного императора, поскольку он умер — по вполне понятным причинам — без надлежащего церковного покаяния.
Труп Петра III прямо из Ропши был перевезён в Благовещенскую церковь Александро-Невской лавры (а не в Петропавловский собор, где хоронили его венценосных предшественников). Павел I, ставший императором 7 ноября 1796 г., после смерти Екатерины II, решил организовать торжественное перезахоронение останков его отца, похороненного по обряду простого дворянина, в голштинском мундире. Они были извлечены из могилы в Лавре, положены в обитый золотым глазетом гроб и водружены посреди собора. Павел I, в императорской короне, приблизился к останкам отца и, сняв венец, возложил его на голову родителя. Труп, находившийся, по воспоминаниям очевидцев, в состоянии скелетирования, был облачён в горностаевую мантию. Обряд прощания длился две недели. 2 декабря гроб с останками Петра Фёдоровича под колокольный звон всех церквей Петербурга, при участии императорской гвардии был привезён в Зимний дворец и поставлен в Георгиевском зале, пышно декорированном В. Бренна, рядом с гробом Екатерины II (В.К. Шуйский, 1986). Собрав оставшихся в живых стариков — екатерининских вельмож, причастных к заговору против отца, император приказал им лобызать останки. По высочайшему повелению царскую корону за гробом в страшный мороз нёс один из убийц, граф Алексей Орлов. Оба тела, Петра и Екатерины, были преданы земле рядом, в Петропавловском соборе.
О здоровье Павла Петровича известно немного. Н.А. Саблуков утверждал, что у императора были сильные «гастрические страдания», а также периодические судорожные припадки, последний из которых был отмечен за месяц до смерти. Заболевание желудка государя объясняли его импульсивностью и поспешностью во время еды, что приводило к плохому пережёвыванию и «несварению пищи», видимо, с этим обстоятельством связаны и запоры, беспокоящие его в зрелом возрасте. Он систематически применял по рекомендации врачей курс слабительных препаратов. В целом же император, несмотря на небольшой рост, производил впечатление крепкого и сильного человека. Об этом можно судить по его постоянным занятиям верховой ездой, личным обходам гвардейских полков на парадах, умеренности в употреблении спиртных напитков. С другой стороны, известно мнение немецкого профессора А.Г. Брикнера (1897), основанное на ретроспективном анализе писем некоторых сановников (С.Р. Воронцова, А.Г. Орлова, Н.П. Панина и др.), о том, что на престоле находился душевнобольной человек.
Что касается императора Павла I (1754–1801), то он не был больным и бессильным человеком. Именно его неуёмная энергия послужила причиной заговора против его жизни. Сперва заговорщики пытались привлечь к этому делу придворных врачей. Как пишет Н. Энгельгардт в своём историческом романе из эпохи императора Павла Первого, граф Пален, один из руководителей заговора, в беседе с наследником Великим князем Александром предлагал, чтобы «доктора Бек и Роджерсон, постоянно наблюдающие организм и душевные расположения державного больного, составили бы вместе с баронетом Виллие консилиум, на котором, зарегистрировав, что благородный характер и высокий от природы разум императора помрачены болезнью, сделали от себя именем науки и властью докторской представление („в светлую минуту“) увезти императора в такое место, где он мог бы находиться под надлежащим надзором, и где бы он был лишён возможности делать зло, и где бы при отдыхе от державных трудов получал правильное лечение и уход врачей, дабы по восстановлению здоровья вновь принять власть, ему принадлежащую». Этот план не удался, по-видимому, потому, что никак не удавалось найти ту самую «светлую минуту», а попасть к императору в «тёмную минуту» никто не решался.