5 ноября Александр I возвратился в Таганрог. По возвращении он пожаловался жене на лихорадку. На следующий день императрица отметила желтушность лица у государя. Одновременно врачи при осмотре констатировали у царя общую слабость, частый пульс, небольшой жар. Он предъявлял жалобы на тупую боль в животе, отрыжку, неприятный привкус во рту, тошноту, головную боль.
Д.К. Тарасов вспоминает по этому поводу: «Недомогание его продолжается: озноб и желудочные боли. Виллие лечит его слабительными и горячими напитками». На следующий день снова была замечена желтушность кожи, к обеду поднялась температура. Только 6 ноября Александр впервые согласился принять приготовленное Я.В. Виллие слабительное лекарство — пилюли из каломели и корня ялаппы.
Сам Я.В. Виллие записывает в своём дневнике:
«5-го. Приезд в Таганрог. Ночь скверная. Отказ от лекарств. Он приводит меня в отчаяние. Страшусь, что такое упорство не имело бы когда-нибудь дурных последствий.
6-го. Император обедал у Её Величества императрицы и вышел из-за стола. Фёдоров позвал меня из-за стола, чтобы объявить мне, что Его Величество имел испарину и не произвольно (?). Таково отвращение от медицины… После борьбы он согласился между 5 и 6 часами принять дозу пилюль.
7-го. Эта лихорадка имеет сходство с эндемической крымской болезнью. Ожесточения болезни слишком часто повторяются, чтобы я позволил себе утверждать, что это 2-х с половиной дневная горячка (малярия. — Б.Н.), хотя, эта чрезвычайная слабость, эта апатия, эти обмороки имеют большое отношение с нею.
8-го. Эта лихорадка, очевидно, жёлчная желудочная лихорадка: эта гнилая отрыжка, это воспаление в стороне печени, спазм кишок, рвота без тошноты и без сильного болевого спазма требуют, чтобы кишки были хорошо очищены. Надо стимулировать (буквально — доить. — Б.Н.) печень. Я сказал Стофрегену».
Таким образом, распознавание болезни было весьма затруднительным. Диагностическая мысль Виллие колебалась между «эндемической крымской болезнью», «2-х с половиной дневной горячкой» и «жёлчной желудочной лихорадкой», однако ни один из этих диагнозов, как видно, не устраивал Виллие, и он поделился своими сомнениями с лейб-медиком императрицы К.К. Стофрегеном.
9 ноября императору стало немного легче. По мнению одного из лечащих врачей, К.К. Стофрегена, государь уже на пути к полному выздоровлению. Императрица Елизавета Алексеевна записывает в этот день в своём дневнике:
«Стофреген мне сказал, что болезнь можно считать пресечённой, что если лихорадка возобновится, то примет уже форму перемежающуюся и с ней можно будет быстро справиться, и следовательно, я могу написать в Санкт-Петербург, что болезнь уже прошла».
Виллие был, однако, несколько более сдержан в своих суждениях. Он отмечает в своём дневнике:
«9-го. Императору немножко легче сегодня. Но он с полною верою в Бога ждёт совершенного выздоровления от недугов. Состояние лимфопоэтических органов может в настоящий момент служить указанием на понос, так некстати остановленный в Бахчисарае».
Однако выздоровление было кажущимся. 10-го числа возникла следующая лихорадочная волна. Виллие записывает:
«10-го. Сегодня ему хуже. Начиная с 8-го я замечаю, что что-то такое занимает его более, чем выздоровление, и волнует его душу. „Мюллер, по его словам, тому причиной“. После этого, следовательно, вследствие этого.
11-го. Болезнь продолжается; внутренности ещё довольно нечисты. Отрыжка, вздутие живота. Когда я ему говорю о кровопускании и слабительном, он приходит в бешенство и не удостаивает говорить со мною. Сегодня мы, Стофреген и я, говорили об этом и советовались.
12-го. Как я припоминаю, сегодня ночью я выписал лекарства для завтрашнего утра, если мы можем посредством хитрости убедить его употребить их. Это жестоко. Нет человеческой власти, которая могла бы сделать этого человека благоразумным. Я несчастный.
13-го. Всё идёт скверно потому, что он не дозволяет, не слушает делать то, что безусловно необходимо. Такое направление очень плохое предзнаменование. Его пульс очень неправильный, слаб и будет выпот без ртутных средств, кровопускания, мушки, горчицы, мочегонного и очистительного».