Почти всюду сопровождавший императора при его жизни и бывший очень близким к нему с самого начала его царствования, Виллие хлопотал по поводу отправки тела покойного, но не был допущен к его сопровождению, а был вынужден остаться с больной императрицей. Он очень сильно переживал это обстоятельство, приписывая его дворцовым интригам. Он писал в своём дневнике: «29-го. Я последний раз видел на земле моего обожаемого повелителя. Вследствие ненависти ко мне я лишён удовольствия сопровождать его всю дорогу».
Для перевозки было принято решение труп заморозить — открыли окна и двери, под гробом установили ёмкость со льдом. 29 декабря, по наступлении постоянных морозов, траурный кортеж под руководством генерал-адъютанта графа Орлова-Денисова выехал в Петербург. Предстоял путь длиною в две тысячи вёрст. По маршруту следования происходили неоднократные остановки. При этом гроб помещался в церквах, открывался, и тело освидетельствовалось с составлением протокола. Последний перед столицей осмотр был произведён Виллие в селе Бабино.
28 февраля 1826 г. погребальная процессия прибыла в Царское Село. В дворцовой церкви в 23 часа 30 минут были открыты оба гроба, с тела снят укрывавший его матрац с ароматическими травами, заменены перчатки, обтерто лицо, после чего умерший был предъявлен членам царской семьи во главе с Николаем I. Никем из родственников, включая мать, Марию Фёдоровну, не было высказано сомнений в том, что перед ними труп Александра Павловича. По прибытии в Петербург в течение 7 дней тело было поставлено в Казанском соборе для прощания. По указанию Николая I гроб не открывался, что связывали с изменением цвета лица покойного и появлением светло-каштановой окраски кожи от воздействия бальзамирования.
13 марта 1826 г. в Петропавловском соборе при пушечных залпах тело Александра I было предано вечному упокоению. Медный ковчег с гробом императора был помещён в склеп и замурован.
Наблюдать за сохранением тела во всё время пути и проводить гроб до самой могилы было поручено Д.К. Тарасову. В этом Виллие, недолюбливавший Тарасова, видел некие происки его врагов. Правда, Тарасову можно было только посочувствовать. В Таганроге не было всех необходимых для бальзамирования средств, вследствие чего очень скоро черты покойного императора изменились до неузнаваемости, так как начался интенсивный процесс гниения трупа. Поэтому тело императора не было показано народу и гроб был открыт лишь в Петропавловском соборе для прощания царской семьи с покойным глухой ночью накануне погребения.
С точки зрения современной медицины наиболее вероятным является предположение о том, что Александр I болел одной из разновидностей крымской геморрагической лихорадки. Инкубационный период (время от момента заражения до начала заболевания) этой болезни составляет от 2 до 7 суток. Заболевание обычно начинается с внезапного значительного повышения температуры тела, иногда с познабливанием. Больные жалуются на резкую головную боль, ломоту во всём теле, боли в пояснице, тошноту, изредка рвоту, сухость во рту, нарастающую слабость. В течение первых суток заболевания температура тела достигает 39–40 градусов и остаётся на таком уровне 3–4 дня. Затем температура тела ступенеобразно снижается. Лихорадка длится от 3 до 12 дней. Иногда на 3–5-й день болезни температура внезапно снижается, обычно не доходя до нормы, а затем вновь поднимается. В отличие от больных малярией больные почти не потеют, кожа обычно сухая, горячая на ощупь. На фоне лихорадки и связанной с ней интоксикации (головные и мышечные боли, общая слабость, недомогание, рвота, утрата аппетита, угнетение активности или, наоборот, психомоторное возбуждение) почти постоянно развиваются характерные геморрагические явления — сыпь и кровотечения. Видное место занимают общемозговые, менингеальные явления, вызванные преходящими расстройствами крово- и ликворообращения в пределах центральной нервной системы. Для острого периода характерны вялость, подавленное настроение, заторможенность, иногда оглушённость и спутанность сознания. Отмечаются галлюцинации и бред, однако чаще всего сознание не нарушается.
Таким образом, характерным является наличие двухволновой лихорадки, сочетающейся с выраженными нарушениями со стороны желудочно-кишечного тракта и центральной нервной системы. Так же типична строгая сезонность заболевания, приуроченная к весенне-летнему периоду. Возможно, в случае заболевания Александра I имела место одна из его разновидностей. Крымская геморрагическая лихорадка была выделена в самостоятельную нозологическую форму только в 1944 г., а принятое ныне название болезни дано ей, по предложению М.П. Чумакова, в 1945 г. Но, как видно из записей Я.В. Виллие, о наличии «эндемической крымской болезни» русские врачи знали уже в первой четверти XIX в. Между прочим, именно с наклонностью к геморрагиям, а не только с недостатками в бальзамировании может быть связано быстрое разложение трупа Александра I.