Бидлоо был определён лейб-медиком к Петру I, но очень скоро почувствовал, что по слабости своего здоровья он не в состоянии справляться со столь многотрудными обязанностями и попросил перевести его на другую службу. Пётр I назначил Бидлоо главным доктором Московского военного госпиталя и директором создаваемой при нём госпитальной школы. 25 мая 1706 г. Пётр I подписал указ об организации Московского «гофшпиталя за Яузой рекою, против Немецкой слободы, в пристойном месте для лечения болящих людей. А у того лечения быть доктору Николаю Бидлоо, да двум лекарям, да из иноземцев и из русских всяких чинов людей набрать для аптекарской науки 50 человек».
В школе изучались: анатомия, хирургия, терапия, аптекарская наука, рисование и латинский язык. Бидлоо преподавал своим воспитанникам анатомию и хирургию. Зарубежный журнал «Европейская молва» сообщал: «В Москве построен анатомический театр, который вверен надзору доктора Бидлоо, голландца и царского медика; он часто анатомирует тела как умерших обыкновенной смертью, так и скончавшихся от ран, причём часто присутствует сам царь с вельможами, особенно когда медики советуются о свойствах тела и причинах разных болезней».
В 1710 г. Бидлоо издал капитальный труд «Наставление для изучающих хирургию в анатомическом театре», оценивая значение которого известный русский хирург профессор В.А. Оппель заявлял, что «первым учителем хирургии в России следует считать Николая Бидлоо. Это был образованный врач, ставший во главе Медико-хирургического училища».
Срок обучения в училище не был строго определён и составлял от 5 до 10 лет. Чтобы поощрить и ускорить подготовку врачей, Пётр I распорядился выплачивать доктору Бидлоо по 100 рублей за каждого подготовленного лекаря и по 50 рублей за каждого подлекаря.
Историк медицины Я. Чистович писал о нём: «По отношению к ученикам госпитальной школы Бидлоо не был педантом и не давил их авторитетом своего ума, учёности и начальнической силы. В одно и то же время он был и бесконтрольным их начальником и учителем и воспитателем; учил их всему, что было для них необходимо и полезно знать, и в то же время предоставлял им самим учиться, самим образовывать себя, подражая его примеру и исполняя его советы и наставления».
Как считал А.Г. Душников, Николай Бидлоо, руководивший Московской госпитальной школой — этой колыбелью русской медицинской науки, был человеком высоких душевных качеств, любивший врачебное дело.
Современниками Бидлоо характеризовался как искусный врач, образованный человек, отменный знаток изящных искусств; он весьма хорошо знал музыку и театральное искусство, мог разводить сады (видимо, это качество досталось ему по наследству от отца), чертить планы для строений, заводить каскады и фонтаны (по последнему поводу был неоднократно призываем на совет к Петру I). Бидлоо был опытен и в повивальном искусстве, что неудивительно, если вспомнить тему его докторской диссертации.
Н. Бидлоо занимался не только преподавательской деятельностью, при необходимости он привлекался к консультациям в случаях заболеваний царствующих особ — Петра I, Петра II и других. Когда тяжело заболела сестра Петра I, царевна Наталья Алексеевна, она также поручила себя заботам доктора Бидлоо.
Первый выпуск Московской госпитальной школы состоялся в 1712 г. Бидлоо докладывал Петру I: «Лучших из студентов моих рекомендовать не стыжусь, ибо не токмо имеют знание одной или другой болезни, которая на теле приключается и к чину хирурга надлежит, но и генеральное искусство о всех болезнях, от главы и даже до ног… Взял я в разных годах и числах 50 человек до науки хирургической, из которых 33 осталось, 6 умерли, 8 сбежали, 2 по указу взяты в школу, один за невоздержание отдан в солдаты».
В 1712 г. школу окончили 4 человека, в 1713 г. — 6. Все выпуски с 1712-го по 1719 г. были приняты на службу в Балтийский флот, поэтому Николай Бидлоо может в определённой степени считаться одним из основоположников русской военно-морской медицины.
Всего за 29 лет работы Бидлоо главным доктором Московского госпиталя были подготовлены 134 лекаря. Я.А. Чистович писал: «Бидлоо почти три десятилетия бесконтрольно и честно выращивал самостоятельную медицину на невозделанной русской почве».
Николай Бидлоо умер и похоронен в Москве.
Доктор Лаврентий Алфёрович Блюментрост родился в 1619 г. в семье пастора в Брауншвейге, обучался медицине в Гелмштедте у Кнорринга, в Йене у Ролфинга и в Лейпциге у Михаэлиса. Получив степень доктора медицины, служил штадт- и ланд-физиком в имперском вольном городе Мюльгаузене, потом у герцога Саксен-Готского и графа Людовика Гюнтера Шварцбургского. Счастливая и удачная практика доставила Блюментросту громкую славу. Он явился в Москву 24 мая 1668 г. с именем известного врача и блестящими рекомендациями. Однако на первых порах ему пришлось пройти через строй хитросплетений и интриг, заставивших его немало натерпеться. О нём говорили, что он и не доктор вовсе, по-латыни не говорит, и даже заставили доказывать свою учёность, несмотря на то что он был отличный филолог, превосходно писал по-гречески и по-латыни, обладал даром стихотворчества. И хотя сомнения в его познаниях рассеялись, клевета всё же сделала своё дело: в течение нескольких лет ему не дозволялось заниматься врачебной практикой, а аптекарям не разрешалось изготовлять лекарства по его рецептам.