Воцарившаяся после смерти Петра I Екатерина I не замедлила возвратить Лестока к своему двору: он был пожалован лейб-хирургом и назначен состоять при цесаревне Елизавете Петровне.
Лесток был одним из самых активных деятелей заговора 25 ноября 1741 г., возведшего на русский престол Елизавету Петровну. Уже на другой день был издан указ, которым объявлялось, что «за его собственные и верные и давние услуги и чрезвычайное искусство» Лесток возводится в чин тайного советника и назначается «первым лейб-медиком и главным директором Медицинской канцелярии и всего медицинского факультета». 18 декабря 1741 г., в день рождения императрицы, Лесток «для оказания от него через многие годы верной службы и особливой верности их высочайшей Её Величества особе» был назначен генерал-директором Медицинской канцелярии, а 25 декабря 1742 г. ему был пожалован чин действительного тайного советника.
Вступив в управление Медицинской канцелярией, Лесток добился того, чтобы все её постановления записывались не на немецком, а на русском языке. Он предписал составить первый полный список всех служащих врачей с указанием лет их службы и окладного жалованья — прототип Российского медицинского списка, издававшегося с 1809-го по 1917 г. Лесток также много сделал для улучшения медицинского образования в России. Вместе с тем он признавался в том, что ничего не смыслит в администрации, поэтому избрал себе опытных и знающих помощников — П.З. Кондоиди и Я. Лерхе. По мнению М.Б. Мирского, «это был отличный выбор, за который российская медицина должна быть благодарна Лестоку».
Как первому лейб-медику, Лестоку была предоставлена привилегия «пускать кровь» императрице, за что он каждый раз получал дополнительное вознаграждение. Среди архивных документов сохранился указ императрицы Елизаветы Петровны: «Господину тайному советнику и первому лейб-медику Лестоку за благополучное пущение Её Императорскому Величеству крови того 7 числа апреля (1744 г.) пожаловать пять тысяч рублёв».
Лесток принимал деятельное участие в лечении и других членов императорской фамилии. Так, под его руководством придворные врачи Санхец и Бургав «пользовали и выпользовали» заболевшую молодую цесаревну — будущую императрицу Екатерину II, причём лечение состояло «во всегдашнем употреблении наилучших лекарств и частых пусканий крови».
В декабре 1744 г. в Хотилове, на полпути между Москвой и Петербургом, заболел оспой царевич Пётр Фёдорович. К нему срочно прибыла императрица Елизавета Петровна, которой сопутствовали Лесток и Санхец. С больным уже находился лейб-медик Бургав. Болезнь, благополучно закончившаяся, «к утешению неизречённой радости всей империи», как писали тогда в газетах, весьма невыгодно изменила внешность будущего императора, оставив на лице его оспины.
Среди историков медицины существовало да и сейчас ещё существует мнение о том, что Лесток был-де «плохой медик», что он «слабо разбирался в медицине». Неожиданное опровержение подобной точки зрения содержится в работе известного специалиста по библиотековедению П.И. Хотеева «Книга в России в середине XVIII века. Частные книжные собрания» (Л., 1989). Из них — 115 книг по медицине. Больше всего было руководств по хирургии, а также фармакологические справочники, травники, описания чахотки, цинги, чумы, лихорадок, пособия по кровопусканию, по уходу за детьми, по лечению венерических болезней и огнестрельных ран. По мнению П.И. Хотеева, медицинский раздел библиотеки характеризует её владельца как врача, уделявшего внимание лишь практике и мало интересующегося теоретическими проблемами медицины. Он пишет: «На 9/10 медицинский раздел его библиотеки состоял из работ авторов XVII века и более ранних времён. Вероятнее всего, библиотека перешла Лестоку в наследство от отца, который был хирургом. Ясно, что серьёзная исследовательская работа вовсе не интересовала Лестока. Более того, она была ему просто-напросто не по силам: ему недоставало теоретической подготовки, университетского образования. И тем не менее, — утверждает П.И. Хотеев, — нельзя, на наш взгляд, согласиться с мнением известного историка медицины Я. Чистовича, который вообще ставит под сомнение компетентность Лестока во врачебном деле. Данные о библиотеке Лестока никак не позволяют считать его посредственным врачом: человек, имевший сто с лишним книг по своей специальности, не мог быть дилетантом или шарлатаном. Значительная по объёму подборка медицинской литературы вполне отражала уровень профессиональной подготовки Лестока и соответствовала интересам и нуждам хирурга».