В 1827 г. Н.Ф. Арендт ушёл в отставку с военной службы и вскоре был приглашён на должность главного консультанта знаменитой Обуховской больницы. После успешного лечения Николая I Н.Ф. Арендт в 1829 г. был пожалован званием лейб-медика и до 1839 г. являлся личным врачом императора. Придворные обязанности не изменили привычек Н.Ф. Арендта. «Он занимался частной практикой, не отказывая никому в помощи. Он сокращал иногда визит в богатом доме, чтобы не опоздать в тесную и грязную лачужку какого-нибудь дворника… Были годы, которые Арендт прожил, почти не выходя из коляски: так много было у него больных. Но между этими больными едва ли одна треть имела возможность заплатить за его попечение. Напротив, весьма многим бедным людям сам он вместе с советом привозил и деньги за исполнение совета. Но зато в последние двадцать лет едва ли можно было встретить в Петербурге бедняка, который бы не знал Николая Фёдоровича и ничем не был обязан ему».
Иногда для этого приходилось использовать и дворцовые связи. Ассистент Н.Ф. Арендта Иван Соколов рассказывает: «Он был приглашён к одному труднобольному отставному полковнику, живущему в одной из дальних линий Васильевского острова, где он был поражён бедной обстановкой больного и его большой семьи, и т.к. это обстоятельство служило неодолимым препятствием к восстановлению здоровья больного, то Арендт полюбопытствовал узнать причины такого положения. Семья рассказала, что болезнь и бедственное положение произошли вследствие увольнения больного от службы без всяких прав. Лейб-медики обязаны были ежедневно являться к государю к 7–8 часам утра, когда приготовляется чай или кофе, и в это время обыкновенно завязывается не служебный, а простой разговор. В одно из таких посещений Арендт рассказал о положении больного и его семьи. Государь (Николай I. — Б.Н.) принял это близко к сердцу, приказал Арендту во что бы то ни стало вылечить больного на его счёт, помочь деньгами и вскоре потом, рассмотрев причины увольнения в отставку и найдя его невинным, простив или просто помиловав, не помню, возвратил ему все права и назначил крупную пенсию, восстановившую благосостояние семьи и здоровье больного».
Арендт был лично знаком со многими знаменитыми врачами Европы, а с некоторыми из них, например с профессором Диффенбахом — руководителем хирургического отделения больницы Шарите в Берлине — состоял в дружеской переписке.
Николай Фёдорович всегда благожелательно относился к молодым хирургам, он одним из первых оценил талант молодого Пирогова и добился для него разрешения от государя прочесть в покойницкой Обуховской больницы цикл лекций по новой тогда медицинской специальности — хирургической анатомии.
Пирогов впоследствии вспоминал: «Каково же было моё изумление, когда среди своих слушателей я увидел почтенного доктора медицины и хирургии Арендта, ставшего внимательным учеником и не пропустившего буквально ни одной лекции».
Пирогов так характеризовал врачебную деятельность Арендта: «Очень смелый и предприимчивый хирург, проложивший себе дорогу на военно-медицинском поприще в период наполеоновских войн и достигший положения лейб-медика только благодаря успешности своих операций и высоким качествам своей практической работы. Это был большой врач-практик, занятый на этой работе с утра до позднего времени, действовавший часто на лету и любимый за доброту души». Правда, он тут же добавляет: «Что касается меня, то я ни тогда, ни после ни разу не слыхал от Н.Ф. Арендта научно дельного совета при постели больного».
Среди многочисленных пациентов Н.Ф. Арендта были и великие русские поэты — М.Ю. Лермонтов и А.С. Пушкин.
Впервые Арендт посетил Лермонтова в доме его бабушки, Е.А. Арсеньевой, в 1832 г., когда молоденький юнкер Петербургской школы гвардейских подпрапорщиков и кавалерийских юнкеров разбил себе ногу до кости, упражняясь на необъезженной лошади в манеже училища. Повторно доктор навестил молодого поэта в январе 1837 г., в трагические для России дни смерти А.С. Пушкина. Журналист В.Н. Бурнашёв рассказывал, со слов Н.Д. Юрьева: «Светские толки о том, что в смерти Пушкина надо винить его самого, а не те обстоятельства, в которые он был поставлен, подействовали на Лермонтова до того сильно, что он занемог даже. Бабушка испугалась, доктор признал расстройство нервов и прописал усиленную дозу валерианы; заехал друг всего Петербурга, добрейший Николай Фёдорович Арендт и, не прописывая никаких лекарств, вполне успокоил нашего капризного больного своею беседою, рассказав ему всю печальную эпопею этих двух с половиною суток с двадцать седьмого по двадцать девятое января, которые прострадал раненый Пушкин. Он всё, всё, всё, что только происходило в эти дни, час в час, минута в минуту, рассказал нам, передав самые заветные слова Пушкина. Наш друг ещё больше возлюбил своего кумира после этого откровенного сообщения, обильно и безыскусственно вылившегося из доброй души Николая Фёдоровича, не умевшего сдержать своих слов».