Об определённых трудностях во взаимоотношениях И.В. Енохина с придворным миром могут в некоторой степени свидетельствовать краткие и не расшифрованные до сих пор заметки в дневниках В.А. Жуковского: «Сцены Енохина с докторами», «Геройство и трусость Енохина».
Путешествуя с наследником по странам Европы, Енохин, как об этом можно судить по упоминавшемуся дневнику В.А. Жуковского, принимал участие в приёмах, торжествах, посещениях музеев, театров, художественных галерей и выставок. Как член свиты наследника, он был удостоен многих иностранных орденов (такого количества иностранных и отечественных орденов, как у Енохина, не было, кажется, ни у одного из российских медиков) и членства во множестве научных и ненаучных обществ. Но самое главное заключалось в том, что пребывание за границей он использовал для встреч с образованными врачами многих стран Европы, стараясь лично от них узнавать о каждом новом шаге науки, и, таким образом, держал себя на уровне современного научного знания.
О высокой медицинской образованности Енохина говорят записи его выступлений на заседаниях Петербургского общества русских врачей, бессменным президентом которого он был в течение 12 лет. В работу этого Общества Енохин вносил наибольшую часть своей опытности и многосторонних знаний, и не было предмета, который казался бы ему совсем и вполне неизвестным. Он высказывался как по поводу отдельных заболеваний, так и в связи с общим развитием медицинской науки и практики. Например, не только своевременно оценил значение начавшейся в Европе в середине XIX века замены универсализма («рутинного энциклопедизма») в медицине специализацией медицинских знаний, но и пришёл к заключению о том, что с задержкою этого перехода в России связаны отставание отечественной медицинской науки и её недостаточная самостоятельность. И.В. Енохин также положительно оценивал переход от эмпирической, изнуряющей системы лечения (т.н. бруссеизма), заключающейся в многочисленных кровопусканиях и приёме слабительных, к рациональной, щадящей терапии с её основными направлениями — аллопатией и гомеопатией. Этим, по всей вероятности, объясняются его взвешенные суждения по поводу гомеопатии, применение которой решением Медицинского совета было запрещено в госпиталях и больницах Российской империи. Он говорил, что «гомеопатия может оказаться полезной для людей богатых, не знающих пределов разного рода неумеренностей, пресыщенных материально. Кто всякий день кушает и пьёт дальше своего аппетита, кто от праздности тучнеет до неподвижности, кто измучился, гоняясь ежедневно за новыми удовольствиями, тому гомеопатия пропишет умеренность и строгую диету, а чтобы замаскировать нужную строгость — назначит невообразимые крупинки, и дело пойдёт на лад. Но, очевидно, у солдата, изнурённого походами, лишениями всякого рода, тревогами и опасностями, наконец, действительными болезнями, гомеопатии делать нечего, и тут „дух лекарства“ выдыхается гораздо прежде, чем дойдёт от склянки до рта больного».
Переход к рациональной системе лечения потребовал применения особых подходов к оценке результатов использования лечебных методов. Принимая во внимание чрезвычайную сложность оценочных методик, И.В. Енохин призывал к осторожности с выводами из этих опытов, подчёркивая, что «нужно много проницательности, раздумья и труда, чтобы отыскать правдоподобное объяснение наблюдаемому факту. Заслуга врачей, — указывал он, — состоит именно в том, что они внимательно наблюдают и умеют применяться к настоящему, которое никогда ни в чём не сходно с прошедшим».