После выхода второго издания парафраза новоиспеченный бакалавр медицины отправился в Венецию, чтобы найти художника, который мог бы помочь ему сделать рисунки для гравюр на дереве с изображением серии запланированных им вскрытий. Вскоре он познакомился, возможно, через Тициана, со своим будущим другом бельгийцем Яном Стефаном ван Калькаром. Одновременно он изучал клиническую медицину, чтобы получить докторскую степень в Падуе. Университет располагался всего лишь в двадцати милях от Венеции, где Везалий проходил практическое обучение в больнице и в декабре 1537 года предстал перед экзаменаторами. Факультет Падуи не только присвоил ему степень доктора медицины с наивысшей оценкой, но на следующий же день назначил его профессором хирургии и анатомии с зарплатой сорок флоринов в год. Хотя в обязанности нового профессора входило чтение лекций по анатомии, его должность не считалась очень престижной по сравнению с положением других преподавателей медицины, чьи зарплаты были в несколько раз выше, чем у двадцатитрехлетнего новичка.
Прогрессивная образовательная политика университета Падуи позволяла членам факультета вводить разумные нововведения в методы обучения. Везалий немедленно воспользовался этой привилегией. Прямо в день своего назначения, 6 декабря, он провел серию вскрытий трупов, в которых сам исполнил все три роли: хирурга, демонстратора и лектора. После такого стремительного начала он быстро сформировал своеобразный педагогический стиль, благодаря которому стал популярным среди студентов: он лично препарировал трупы, параллельно давая разъяснения и иллюстрируя учебный материал на подвешенном рядом со столом скелете. В качестве средства ориентации он рисовал очертания костей на поверхности кожи до того, как произвести вскрытие трупа. Везалий составил большие схемы для демонстрации анатомии и всего того, что было известно о функциях органов. Он проводил вскрытия для демонстрации живых органов, а иногда вивисекцию мелких животных для сравнения их анатомии с человеческой. Таким образом, преподавание было многоплановым, включая объяснение физиологии, коррелирующее со строением скелета, и формируя цельную картину, которая фиксировалась в памяти с помощью схем и диаграмм.
На основе этих вскрытий в течение нескольких первых месяцев в сотрудничестве с Калькаром он изготовил шесть анатомических гравюр. Каждая из них состояла из центрального рисунка со сносками в виде букв и сопроводительным текстом по бокам страницы. В апреле 1538 года под заголовком Tabulae Anatomicae Sex («Шесть анатомических таблиц») были опубликованы эти шесть диаграмм, предвосхитив появление знаменитой Fabrica.
Tabulae – это серия гравюр, выполненных на деревянных досках размером 48,36×34,29 см. Три из них – изображения скелета, выполненные Калькаром, а остальные – собственные иллюстрации Везалия, демонстрирующие три основных системы кровообращения: артериальную, венозную и портальную. Хотя Везалий по-прежнему продолжал подстраивать собственные наблюдения под данные, приведенные в трактатах Галена, в его работах появились признаки того, что он убежден в наличии некоторых ошибок в утверждениях предшественника; например, он указывает на несоответствия между данным Галеном описанием определенных костей и его наблюдениями. Но о степени его неизбывного доверия к старым описаниям можно судить по тому факту, что он изобразил на одной из пластин несуществующую rete mirabile (чудесную сеть), спиральные сосуды, которые Гален якобы обнаружил у основания мозга.
Tabulae была переходной работой. Хотя во всех основных моментах она представляла собой экспозицию анатомии и физиологии в соответствии с учением Галена, это была первая попытка преподавателя медицины создать учебное руководство такой точности и качества. Самое важное то, что в Tabulae Anatomicae Sex уже присутствуют первые неуверенные намеки на будущие величайшие заслуги автора перед наукой – освобождение анатомии от ига авторитетов. Следующий небольшой шаг вперед Везалий сделал спустя месяц, когда опубликовал пересмотренное издание работы, которую два года назад он помогал подготовить Гюнтеру из Андернаха. Эта новая книга содержала поправки к нескольким второстепенным концепциям Галена.
Обе публикации Везалия были встречены с энтузиазмом, но еще более популярными были его лекции. Студенты толпились в амфитеатре, чтобы увидеть своими глазами новый метод обучения анатомии и рассказать о нем в других итальянских городах. По приглашению болонских студентов в январе 1540 года он провел серию анатомических демонстраций в этом городе. В течение нескольких недель он утолял страстное желание учащихся посетить его лекции, благодаря которым он стал знаменитым.