Возвратившись в Женеву, он получает письмо Софьи Перовской и спешно направляется в Россию на помощь товарищам по борьбе, но на границе его арестовывают. После убийства Александра II, по «Процессу 20-ти народовольцев», Н.А.Морозов приговорён к пожизненному заключению без права обжалования приговора.
«… одиночное заключение страшнее смертной казни", – вспоминал декабрист Александр Беляев. Морозов просидел в Петропавловской одиночке четыре года да двадцать один – в Шлиссельбургской. Четверть века в одиночке!…
Даже минута, как вечность, долга
в этой каморке в четыре шага! – писал он.
Многие узники не выдерживали. Умалишённых держали тут же, и другие заключённые годами вынуждены были слушать по ночам их душераздирающие вопли… Он выдержал и выжил. Болел туберкулёзом, дистрофией, трижды цингой, бронхитом несчётное число раз, страдал различными хроническими катарами, ревматизмом, его душила грудная жаба. Лечился гимнастикой, бесконечной ходьбой по камере, самовнушением и… наукой.
Всё началось с единственной разрешённой в Петропавловской крепости книги – Библии на французском, экземпляром которой пользовались ещё декабристы… Он так изучил её, что поразил священника, и тот начал приносить ему писания и жития, книги по истории церкви и богословию.
В Шлиссельбурге в его распоряжении были бумага, перо и чернила, относительный доступ к научной литературе. Каждое утро, делая длительную гимнастику, он повторял в такт движениям названия созвездий, минералов, элементов периодической системы, вспоминал физические константы, исторические имена и даты, слова и фразы на различных языках. Там он в совершенстве овладел десятью иностранными языками! Освобождённый в ноябре 1905 года, вынес на волю двадцать шесть томов своих научных сочинений. История человечества не знала и не знает ничего подобного!
Чтобы представить значение его открытий, назову лишь некоторые. Он:
– первым в астрономии высказал догадку о метеоритном происхождении лунных кратеров;
– первым сказал о малой сопротивляемости межзвёздного светоносного эфира;
– первым разработал теорию о сложном строении атомов и их взаимопревращаемости;
– первым доказал существование инертных газов и нашёл им место в периодической системе;
– первым объяснил явление изотопии и радиоактивности;
– первым объяснил причины звёздообразования;
– первым открыл многие явления в метеорологии;
– первым разработал в химии идею ионной и ковалентной связи;
– первым в биологии математически обосновал процесс естественного отбора…
И это далеко не полный перечень открытого им.
Ему принадлежит колоссальный многотомный труд «Христос» (авторское название: «История человеческой культуры в естественнонаучном освещении»), вышедший из печати уже после революции. Сочинение по энциклопедичности сравнить не с чем. Это первый и единственный фундаментальный труд, связавший всё со всем, историю людей и природы. В 1921 году он отдаёт в ОГИЗ первую книгу, выход задерживается до 1924 года, несмотря на прямые указания В.И. Ленина и А.В. Луначарского. Саботаж переломила только угроза Ф.Э. Дзержинского. Выход первого тома редактор издательства обусловил сменой названия на будто бы более привлекательное – «Христос». Публиковали по одному тому в один – два года. Издание прекратилось на седьмом томе в 1932 году, когда историки подняли шум, что теория Морозова противоречит историческим воззрениям Маркса и Энгельса. Недопечатанные тома злостно уничтожили. Тома «Христоса» выходили мизерными тиражами – до трёх тысяч экземпляров… Но руководители государства их читали. Дочь И.В. Сталина вспоминала: «У отца среди книг в библиотеке стояли несколько томов «Христос». Я сказала отцу: «Но ведь Христос не существовал!». А он ответил «Да нет, Христос, конечно, существовал».
Научное и литературное наследие шлиссельбургского узника – около сорока солидных томов.
Его спутница в жизни Ксения Алексеевна (урожденная Бориславская) окончила Екатерининский институт благородных девиц и фортепианное отделение Петербургской консерватории, выступала как пианистка в Европе. Перевела на русский книги К. Гамсуна и Г. Уэллса.
Они познакомились в салоне её тёти, писательницы и переводчицы Марии Ватсон. Морозову шел 52-й год, ей ровно вполовину меньше. Но уже 7 января 1907 года они обвенчались. Свадьба вызывала массу пересудов. Брак оказался счастливым, хоть и бездетным. Без её заботы едва ли он смог бы прожить столь долгую и плодотворную жизнь. Ксения Алексеевна, или Ксана, пережила мужа на год с небольшим и похоронена с ним рядом.