После выставки 1906 года в Петербурге одна из газет писала: «…Говоря об учениках варшавской школы, нельзя обойти молчанием длинной серии фантастических пастелей Чурляниса. Видишь сразу художника, привыкшего грезить звуками».
Осенью 1908 года Чюрленис уехал в столицу. С рекомендательным письмом Льва Антокольского пришел к Мстиславу Добужинскому, тоже уроженцу Литвы. Тот вспоминал: «О картинах Чюрлениса я рассказал своим друзьям. Они очень заинтересовались творчеством художника, и вскоре Бенуа, Сомов, Лансере, Бакст и Сергей Маковский пришли посмотреть все то, что привез с собой Чюрленис. …Маковский в то время собирался организовать большую выставку. Картины произвели на нас всех столь сильное впечатление, что было немедленно решено пригласить его участвовать в этой выставке». К экспозиции были приняты двухчастная «Звездная соната», «Прелюд» и «Фуга». На той выставке Петербург познакомился и с Чюрленисом-музыкантом: вместе с пьесами Скрябина исполнялись его произведения.
Осенью 1908 года он задумал национальную оперу «Юрате – королева Балтики». В его архиве сохранились лишь отдельные музыкальные фрагменты, несколько набросков декораций. Но важно не это. Сценарий написала студентка из Кракова София Кимантайте, знакомство с которой переросло в нежную дружбу. Она обучала Чюрлениса литовскому языку, которого он почти не знал. 1 января 1909 года они обвенчались и сразу после свадьбы отправились в столицу.
К сожалению, внимание к художнику ничего не меняло в его жизни; заработков как не было, так и не прибавилось. С окончанием зимы они вернулись на родину, и он вновь погрузился в творчество. «Радость невероятная, – описывал он работу над занавесом для литовского театра в Вильнюсе. – Натянул на стену холст шириной в 6, а высотой в 4 метра, сам загрунтовал. За два дня сделал набросок углем. А дальше при помощи стремянки происходило самое сумасшедшее рисование». Картины писались одна за другой: «Писал по большей части с 9 утра до 6-7, а потом меньше только из-за того, что дни стали короче».
Появлялись и музыкальные произведения: один за другим он сочиняет то пять, то семь прелюдий буквально в несколько дней. Точнее сказать – успевал записывать, многое так и осталось не перенесенным на ноты. Всего же к концу жизни сочинил свыше 200 произведений для фортепиано, для струнного квартета и для органа. Творческий подъем летних месяцев 1909 года потребовал гигантского напряжения. В сентябре они с Софией возвратились в Петербург. У них не оказалось ни работы, ни денег, ни друзей, но что-то необъяснимое держало его в городе, где он сочинил лучшую свою музыку и написал лучшие картины. Зато, увы, не удержал молодую жену, не привыкшую к такому образу жизни. Она вернулась домой.
А сам он – на пределе, с проявлениями душевного расстройства. Добужинский вспоминал: «Вернувшись в начале зимы в Петербург, я стал беспокоиться, что он не показывается у нас, и пошел к нему. Нашел его абсолютно больным. Я срочно сообщил об этом его жене в Вильнюс и его другу Ч.Саснаускасу, который жил в Петербурге…» Перед Рождеством София забрала мужа в Друскининкай.
Иногда он гулял, иногда садился к инструменту и, как прежде, начинал импровизировать. Затем наступило резкое ухудшение. Его увезли в Варшаву, а оттуда в близлежащие Пустельники, где он остался в небольшой частной клинике для душевнобольных. Ему запретили рисовать и заниматься музыкой, что только ухудшило состояние. В больнице провел больше года. К исходу весны 1910 года в состоянии появились обнадеживающие признаки. Ему разрешили немного рисовать и сообщили о рождении дочери. Короткая записка с поздравлениями Софии и маленькой Дануте была последним его письмом. Но ожидаемой выписки не последовало. Он сбегает из больницы. Кружа по лесу, не может найти дороги и оказывается в больнице с воспалением легких и кровоизлиянием в мозг. 10 апреля 1911 года художника не стало. Он не достиг даже возраста Христа.
Это был живой, сердечный и открытый человек. Единственное, что могло его вывести из себя, – это просьба «объяснить» содержание той или иной его картины. Он негодовал: «…почему они не смотрят. Почему не напрягают свою душу!». В общении вёл себя скромно, не стремился выделиться. Обладал гипнотическими способностями, но прекратил эксперименты, поняв, что результаты их нередко огорчают людей. Несмотря на свою скромность, оказывал сильное влияние на окружение. «Когда Чюрлёнис был с нами, все мы были лучше. Рядом с ним не могло быть ни плохого человека, ни злых чувств», – вспоминала супруга английского консула в Варшаве Галина Вельман.