Всего прежде правитель позаботился о лишении царевича всяких прав на родительский престол. Отвергая законность происхождения Димитрия, как рожденного от шестого или восьмого брака покойного Ивана Грозного, Годунов (чрез своих клевретов) распускал в народе самые оскорбительные слухи о безгрешном младенце. Клеветники разглашали повсеместно, что Димитрий, хотя и малолеток, обнаруживает все злодейские инстинкты покойного своего отца, любит мучить и убивать животных, злословит бояр, грозится извести их всех, когда подрастет и будет царем… В подтверждение последнего слуха рассказывали, будто Димитрий, играя как-то со своими сверстниками в снежки, вылепил из снега двадцать кукол, назвал их именами главнейших бояр, а потом всем им обрубил руки и головы. Люди, бывалые в Угличе, опровергая клевету, утверждали напротив, что младенец отличается кротостью и умом… Таких людей было немного, и голоса их терялись в хоре клеветников и злоязычников. Старания последних были не бесплодны, их поддерживали болтуны и легковерные, но и этого казалось Годунову недостаточно, и смерть Димитрия-царевича была решена.
Летописи говорят, будто правитель сообщил о своем намерении дворецкому Григорию Васильевичу Годунову, который за справедливое негодование на злодейский умысел был удален от царского совета. Это сказание довольно сомнительно: если он знал о намерениях правителя и за свое сопротивление подвергся опале, то всего естественнее, он принял бы со своей стороны все меры к устранению опасности, грозившей царевичу… ничего подобного Григорий Годунов не сделал! Борис Годунов был слишком умен, чтобы сообщать о злоумышлении человеку, в котором он не был бы твердо уверен и в выборе клеврета едва ли мог так грубо ошибиться. Показание Григория Годунова при следствии, наряженном по делу об убиении царевича, могло пролить яркий свет на все обстоятельства дела… Но показаний Григория Годунова летописи не приводят. Итак, возражения его едва ли не вымысел летописцев. Сообщниками Бориса Годунова были мамка царевича, боярыня Василиса Волохова и сын ее Осип. Подкупленные правителем и снабженные ядом, они примешивали отраву в кушанья и питье Димитрия, но яд не вредил ему (Никонов, летоп. VIII, 16), благодаря мерам, принятым заботливою матерью царевича и преданными ему прислужниками. То же самое говорит и Флетчер, но заслуживают ли веры эти сказания? В страшном деле убиения Димитрия-царевича именно то и удивительно, что Годуновым пущен был в ход нож, а не яд; что исполнителями его злодейского приказания были какие-то тупоумные мясники, головорезы… Нам возразят: яд давали царевичу, но он на него не действовал… Это положительно невероятно. В исходе XVI века токсикология — верная сотрудница тогдашней политики — была доведена до совершенства; отравы играли тогда в политике ту же самую роль, какую в наше время играют в военном искусстве ружье Крика, нарезные пушки, картечницы и тому подобные человекоистребительные инструменты. Россия времен Грозного и Годунова далеко отстала от Европы в каких угодно науках, кроме токсикологии, так как врачи этих царей были иноземцы, знакомые с искусством изготовления всевозможных ядов. Отравить царевича Димитрия Годунов мог так искусно, особенно при содействии мамки Волоховой, что никому не было бы и вдомек… Но почему не удалась попытка отравить младенца? Ему давали противоядия? Но были и есть яды, от которых противоядия действительны только в течение нескольких минут от времени принятия отравы; подобная могла быть в руках Годунова, но могла ли мать царевича иметь всевозможные противоядия, или, по примеру Митридата понтийского, могла ли вдовствующая царица приучить натуру девятилетнего 'ребенка ко всевозможным отравам? Едва ли возможно…
Видя, что Василиса Волохова и сын ее не исполняют — или исполняют, да нерадиво, — данное им поручение, Годунов вместо яда избрал нож, как орудие вернейшее, и предложил его Владимиру Загряжскому и Никифору Чепугову — двум своим креатурам, преданным ему душою и телом… Тот и другой отказались и за это лишились покровительства их милостивца. Дело не ладилось, а время было дорого… Тогда клеврет Годунова, царский дядька окольничий Андрей Лупп-Клешнин представил своему патрону человека вполне благонадежного — дьяка Михаила Битяговского, зверообразная наружность которого была самой лучшей порукой за его способности. Дав ему в задаток горсть золота и ручаясь за личную его безопасность, Годунов определил Битяговского ко двору вдовствующей царицы в Углич для управления хозяйственными ее делами. Взяв с собою сына своего Данилу и племянника Никиту Качалова, Битяговский отправился к месту своего назначения. Здесь к злодеям присоединились еще два союзника — Осип Волохов со своей матерью. Царица Мария Феодоровна, материнским сердцем чуя опасность, грозившую царевичу, удвоила свою заботливость о нем, не упускала его из виду ни днем ни ночью; кормила и поила из собственных рук, не доверяя ни Василисе Волоховой, ни даже верной и искренно преданной царевичу кормилице его Ирине Ждановой. Злодеи улучали благоприятную минуту, неоднократно подготовляли необходимую для успеха обстановку, но все их планы не удавались, и обстоятельства долго им не благоприятствовали. Наконец, в субботу 15 мая 1591 года, в шестом часу дня, по возвращении из церкви, куда ходила вместе с сыном царица, не дожидаясь братьев своих, приказала подавать на стол, и покуда слуги носили кушанье, Волохова повела царевича прогуляться по двору. Царица осталась во дворце, кормилица Ирина Жданова попыталась было остановить царевича, но Волохова силою вывела его из сеней на крыльцо, куда тотчас же пришли Волохов, Качалов и Битяговский-сын. Волохов, подойдя к младенцу, взял его за руку и спросил (чтобы принудить его поднять голову), новое ли на нем надето ожерелье или старое?
— Нет, старое… — отвечал Димитрий, и в ту же минуту Волохов занес нож, но, оробев, выронил его из рук, слегка оцарапав гортань несчастному царевичу! Это видела кормилица из сеней; она бросилась к своему питомцу, схватила его на руки, но Качалов и Битяговский вырвали мученика из ее объятий, зарезали его и бросились с крыльца вслед за бегущим Волоховым в ту самую минуту, когда из сеней вышла царица… Димитрий кончался и «трепетал как голубь» в объятьях своей кормилицы. Волохова притворно выла и причитывала, не отвечая на яростные вопли уличавшей ее Ждановой. Пономарь соборной церкви, видевший с колокольни все происходившее на дворцовом крыльце, ударил в набат, и через несколько минут весь двор переполнился народом. Убийцы бросились в разрядную избу, а Михаил Битяговский после неудачной попытки прогнать пономаря (дверь на колокольню была изнутри заперта) смело пошел во дворец и, протеснившись сквозь толпу, объявил народу, что младенец зарезался сам, наткнувшись на нож в припадке падучей болезни. «Душегубец!!» — завопил народ, бросая в него каменьями. Битяговский думал спастись бегством с помощью своего помощника Третьянова, но настигнутый яростной толпой был убит вместе с ним; той же участи подверглись сын Битяговского и Качалов, схваченные в разрядной избе… Волохова убили в церкви, в глазах царицы у гроба убиенного царевича! Жертвами народной ярости пали еще трое слуг Битяговского и жившая у него в доме юродивая старуха; Василису Волохову пощадили для показаний на неизбежном следствии. О том, что убийцы Димитрия-царевича, умирая, обвинили Бориса Годунова в подстрекательстве, не все летописи единогласно упоминают, и было ли упомянуто имя Годунова во время мятежа в Угличе, на это история не дает ответа, из чего, впрочем, отнюдь не следует, что он не был убийцею или подстрекателем, — в последнем случае поруками служат его предыдущие и дальнейшие злодейства, в особенности же следствие по делу об убиении царевича, веденное лукавым Василием Шуйским по программе, начертанной самим Годуновым. В докладе царю о кровавом событии он написал, будто царевич закололся сам в припадке, вследствие небрежного присмотра, а взбунтовавшийся народ умертвил невинных… Феодор Иванович поверил и приказал исследовать дело двум клевретам, холопам того же Годунова: Луппу-Клешнину и Василию Шуйскому, брату Андрея, свояка Бориса Годунова. Сопровождаемые Крутицким митрополитом Геласием и дьяком Вылузгиным, 19 мая следователи прибыли в Углич и отправились в церковь Спаса Преображения, где еще стояло тело царевича. Не обращая внимания ни на рану, очевидно нанесенную чужой рукой, ни на показания тысячи свидетелей, ни на совесть наконец, Шуйский со своими товарищами сочинил акт о нечаянном самоубийстве царевича в припадке эпилепсии, о бунте народном, жертвами которого пали люди ни в чем не виновные, но ненавистные царице и ее брату Михаилу Нагому… Эту сказку скрепили рукоприкладством подкупленные свидетели и несколько духовных лиц. Виновными оказались: Михайло Нагой, Андрей Мочалов, Жданова с мужем, которых привезли в Москву в кандалах, да кроме них несколько десятков граждан, «якобы делу причастных»… Пытали, допрашивали; до двухсот граждан угличских казнили; нескольким десяткам из них урезали языки; многие тысячи угличан сослали в Сибирь, где ими заселили Пелымь, и обезлюдили Углич навеки!.. Царицу Марию Феодоровну насильно постригли в монахини и увезли из Углича в уединенную Выксинскую-Никольскую пустынь (близ Череповца); родственников ее сослали.