На одном из собраний группа демократов публично потребовала убрать Путина из аппарата Ленсовета как «кагэбэшника». Но Собчак публично же отверг эти требования. «Во-первых, — сказал он, — Путин не “кагэбэшник”, а мой ученик. Во-вторых, Путин работал во внешней разведке, то есть защищал интересы Родины. Так что ему нечего стесняться своей работы». Этот откровенный обмен репликами был вполне в духе Анатолия Собчака. Но он очень помог Владимиру Путину психологически. Немного позднее Путин решил рассказать о своей работе в КГБ и в разведке в специальном телеинтервью, которое записал известный в городе режиссер Игорь Шахдан; оно было показано по Ленинградскому телевидению. Одновременно Путин подал заявление об отставке из органов, которая, однако, не была тогда принята.
Еще в первые месяцы 1990 года, когда Владимир Путин начал работать помощником ректора ЛГУ, он восстановил связи не только с друзьями из университета, но и с Ленинградским управлением КГБ. Однако никаких поручений или приказов оттуда он в то время не получал и на самом деле находился в «резерве». Органы КГБ ни в Москве, ни в Ленинграде просто не знали, что делать: в стране шел распад властных структур. Когда В. Путин принял решение — идти в помощники к А. Собчаку, он должен был, естественно, получить согласие на такой шаг не только ректора ЛГУ, но своих начальников по КГБ. «Я пришел к своему руководству, — говорил позднее В. Путин, — и сказал: “Мне Анатолий Александрович предлагает перейти из университета к нему на работу. Если это невозможно, я готов уволиться”. Мне ответили: “Нет, зачем? Иди, спокойно работай, никаких вопросов”. Мои начальники — люди довольно тонкие и понимающие обстановку вокруг — не стали мне ставить никаких условий. Поэтому хотя формально я числился в органах безопасности, в здании управления практически не появлялся. Что характерно и интересно — начальство ни разу не пыталось использовать меня в оперативных целях. Я думаю, понимали, что это бессмысленно. Кроме того, в тот момент всё, включая правоохранительные органы, находилось в состоянии разложения»[52].
Попытки «выдавить» В. Путина из окружения А. Собчака все же продолжались. Осенью 1990 года группа депутатов Ленсовета во главе с Мариной Салье и Юрием Гладковым попыталась провести расследование деятельности Владимира Путина прежде всего по выдаче лицензий на вывоз из Ленинграда сырья и цветных металлов. В городе имелись излишки цветных металлов, но не хватало продуктов питания. Внутрисоюзные связи быстро рушились, и завезти необходимое Ленинграду продовольствие было легче из-за границы.
На основании проведенного расследования Салье и Гладков потребовали от Собчака отставки Путина. Однако дополнительная проверка не нашла в деятельности последнего никаких злоупотреблений и корысти, хотя ошибок и просчетов тогда было (как у всех!) немало.
1990 год принес всем нам немало разочарований. Однако большую часть трудностей и просчетов легко было списать еще на плохую работу Центра и Президента СССР Михаила Горбачева. Когда в начале января 1991 года некоторые из газет и журналов стали определять «человека 1990 года», первое место в опросах занял Борис Ельцин. Второе место получил Анатолий Собчак, третье — Гавриил Попов и только четвертое — Михаил Горбачев. Но Горбачев и председатель Совета Министров Николай Рыжков лидировали в списке политиков, вызывающих у граждан наибольшее разочарование.
Весной 1991 года положение в стране продолжало ухудшаться. В эти недели было решено «в порядке эксперимента» реорганизовать управление в столицах, образовав здесь избираемые всем населением города мэрии. Предполагалось, таким образом, более четко разделить функции исполнительной и законодательной власти, которые в системе Советов сливались. Московский совет без больших споров принял новый закон, но в Ленинграде депутаты Ленсовета воспротивились образованию мэрии, которая уменьшала возможности и влияние депутатского корпуса. По общему мнению, именно В. В. Путину удалось убедить многих депутатов в необходимости создания мэрии. Это решение было принято, хотя с перевесом лишь в один голос.
Выборы мэров Москвы и Ленинграда были проведены 2 июня 1991 года одновременно с выборами Президента Российской Федерации.
Анатолий Собчак в Ленинграде получил более 70 процентов голосов, хотя против его кандидатуры вели агитацию не только коммунисты, но и многие демократы. При вступлении в должность Собчак объявил, что отныне в городе существует только одна власть, законно избранная народом, и что структуры КПСС больше не имеют права вмешиваться в государственную деятельность.