Настоятель миссии, отец Ланца, принял его очень плохо. Вскоре отправившись в Рим, он и там постоянно вредил своему бывшему помощнику. С отъездом отца Ланца несчастный Боэтти вынужден был опять приняться за медицину, но неудачно. Один из пациентов — человек, близкий паше, умер. Врача заподозрили в отравлении. По особенной снисходительности паши дали ему всего пятьдесят палочных ударов по пяткам и выгнали из города. Боэтти укрылся в Амадии (в Курдистане), и опять началась для него бродячая жизнь, полная тревог, приключений и опасностей.
Некоторое время спустя Боэтти появился в Орфе и по сговору с местным пашой установил свой контроль над всеми христианскими храмами города. Он сходится с яковитами, мирит их с католиками и по выбору тех и других избирается епископом объединенной церкви.
Рим не мог вытерпеть такого своеволия. По требованию папы султан лишил орфского пашу его места и направил в ссылку. Боэтти был вынужден скрыться. Его преследовала турецкая полиция и «великое отлучение» Рима, требовавшее «заковать отступника, еретика и схизматика и отослать его для наказания в монастырь в Ферраре».
Спасаясь от кары, Боэтти сбросил монашескую одежду и растворился в многолюдном Константинополе. Там он под именем доктора Пафли открыл аптекарскую лавку и кабинет для консультаций. Дела пошли успешно. Полечивая, он выучился турецкому и персидскому языкам и успел сколотить порядочное состояние. Но вновь подвели женщины. Одна признательная пациентка, жена камергера султана Мустафы, предложила ему свою любовь и все драгоценности. От любви врач уклонился, а драгоценности взял и скрылся из города.
После этого Джованни Боэтти, по-видимому, окончательно убедился, что ему нечего ждать пощады от Рима и чего бы то ни было от духовной карьеры. В своих скитаниях по Востоку он верно определил характер и настроение мусульманского населения этих стран, готового слепо идти за всяким человеком, который сумеет расшевелить его и поднять во имя Аллаха. Итальянец решил не упускать свой шанс. Но, прежде чем начинать опасное предприятие, следовало основательно подготовиться.
Из Константинополя Боэтти отправляется в длительное путешествие по северо-восточным провинциям Османской империи. Он посетил Трапезунд, Эрзерум, Карс, Ахалцых, Ардаган, Поти и Тифлис и другие города Кавказа, познакомился с культурой и обычаями горцев. Туринский исследователь утверждает, что в ходе этого путешествия у бывшего монаха возникла идея покорения Кавказа, которой он посвятил всю свою последующую жизнь…
Однажды в курдистанский город Амадия на праздник Рамадана, заявился новый посланец Пророка. Щеголевато и эффектно одетый в белое, с зеленою чалмою на голове (цвет, который в праве носить лишь потомки Магомета), пришелец сразу обратил на себя внимание всего правоверного населения города как своею выдающеюся, красивою и величественною фигурою, так и необыкновенным благочестием и молитвенною экзальтацией. Ранним утром, прежде чем голос муэдзинов раздастся с минаретов мечетей, его уже можно было видеть на площади. Коленопреклоненный на разостланном плаще, незнакомец простирал руки в сторону священной Мекки и громко взывал к Аллаху и пророку о пощаде заблудшим грешникам, забывшим учение Магомета. Толпы народа сходились смотреть на богомольца. Раз проезжающий мимо местный шейх остановил коня и обратился к чужестранцу с вопросом:
— Кто ты, что так горячо молишься о прощении грешников?
— Я — посланник Магомета. Пророк видит, что правоверные отступили от закона, данного им в святой книге. Он послал меня возвестить сынам Ислама, что их ждут страшные кары, если они не покаются и не возвратятся на путь истинный.
Этот разговор слышали многие, и рассказы о чудесном посланнике Аллаха быстро разнеслись по городу, во много раз увеличив его популярность. Отныне на него не только приходили посмотреть люди, но стали также внимательно слушать и его речи. Нередко среди толпы бедняков появлялись именитые горожане, иногда его приглашали в богатые дома.
Проповедник понимал, что одними речами добиться значительных успехов невозможно. С самого начала он рассчитывал главным образом на военную силу. Авантюристов, стать под его знамена, было достаточно. Но для их вооружения требовалось оружие. Последнее было закуплено в Синопе и тайно доставлено в Амадин четырьмя иностранцами: персианином Табет-Хабибом, французом Клеопом Гавено, неаполитанцем Камило Рутиглини и немецким евреем Самуилом Гольденбергом. Позже эти люди возглавили четыре первых вооруженных отряда общей численностью 96 человек, во главе которых 20 апреля 1784 года посланец Пророка двинулся завоевывать мусульманский мир.