Начались переговоры. Хан их умышленно затягивал, выдвигая все новые условия. Наконец был назначен день сдачи Баку и присяги ее правителя России. Для церемонии хан пригласил генерала встретиться с ним у городских ворот для передачи символичных ключей от города. Доверившись его слову, 8 февраля 1806 года Цицианов с небольшой личной охраной поехал на встречу, во время которой и был предательски убит двоюродным братом хана Ибрагим-беком, который был завербован персами. Согласно легенде, в разгар переговоров он с двумя нукерами незаметно приблизился к генералу и сразил его ружейным выстрелом. Со стен крепости также по русским войскам раздались орудийные залпы. После этого стало понятно, что ни о какой мирной сдаче речи идти не может.
Генерал-майор И.И. Завалишин, принявший командование отрядом, не решился на ответные меры и отвел войска от Баку, посадил их на суда и вывез в Дагестан. Вскоре за свои нерешительные действия он был уволен из армии и назначен по гражданской части.
Тело Цицианова досталось врагам, которые над ним гнусно надругались. Голова и руки генерала были отсечены и отправлены к шаху в Тегеран, а само тело зарыто у ворот Бакинской крепости на утешение правоверных, которые могли плюнуть на его могилу проходя мимо. (В последующем, когда Баку было взято русскими, прах генерала Цицианова был предан погребению в местной армянской церкви, а спустя шесть лет перевезен в Тифлис и похоронен в Сионском соборе.) На надгробии были высечены слова: «Под сим монументом скрыты тленные останки Цицианова, коего слава переживет прах его».
Роль Цицианова в покорении Россией Южного Кавказа очень велика. К его приезду этот край состоял из раздробленных, «независимых», вассальных от Персии ханств, которые полукольцом охватывали с юга грузинские земли. Мингрелия и Имеретия тоже враждовали между собой и с Грузией, которую раздирали распри царевичей. Всего за три года Цицианов не только подчинил России эти земли, но и навел на них относительный порядок. При нем началось строительство Военно-Грузинской дороги с Кавказской линии в Грузию, возродился Владикавказ, учреждено регулярное почтовое сообщение по Военно-Грузинской дороге. Цицианов открыл первую в Тифлисе гимназию, в которой было начато обучение грамоте грузинских юношей.
Русские не простили коварства хану и летом вернулись под стены Баку. 8 июня части генерала С.А. Булгакова без боя заняли город, а через две недели перед войсками генерала Г.И. Глазенапа открылись ворота Дербента. В результате этого большая часть Юго-Восточного Кавказа оказалась занятой русскими войсками.
Политика «кнута и пряника»
К лету 1806 года на Кавказе создалась «интересная» обстановка. При отсутствии главнокомандующего русские войска одерживали одну победу за другой. В Петербурге начали думать о том, кому следует повесить лавры. Но в связи с подготовкой к войне с Наполеоном выделить на Кавказ кого-либо из действующих военачальников оказалось сложно. Поэтому император принял решение «укрепить» Кавказский театр военных действий мудрым командующим — ранее уже известным нам генералом И.В. Гудовичем, который ради этого был вызван из отставки.
Пока Иван Васильевич совершал неблизкий путь из Петербурга в Тифлис, временное командование войсками Кавказского корпуса принял генерал-лейтенант Г.И. Глазенап. Он организовал торжественный прием нового командующего. При въезде в Тифлис того встретили лезгинские вожди, которые стояли на коленях и повешенными в знак покорности на шеях саблями.
Гудович воспринял действия Глазенапа как подрыв авторитета высшего командования. Он немедленно приказал прекратить наступательные действия, а затем добился отзыва инициативного генерала с Кавказа.
Новый главнокомандующий решил начать новую политику по отношению к Кавказу. Он потребовал от дагестанских правителей подтверждения присяги на верность России, обещая им большие блага. Наиболее благонадежные правители награждались воинскими чинами и соответствующим им денежным жалованьем. Так, карабахский Мехти-Кули-хан был произведен в генерал-майоры, шакинский Джапар-Кули-хан, ширванский Мустафа-хан, дербентский Меди-шамхал, талышский Мир-Мустафа-хан — в генерал-лейтенанты.
Гораздо труднее было достичь компромисса с чеченцами, не подчинявшимися единому правителю и постоянно тревоживших русские войска своими набегами. В конце ноября 1806 года Гудович приказал командующему войсками Кавказской линии генералу от инфантерии С.А. Булгакову совершить поход в Чечню для «наказания» непокорных горцев. Ему предписывалось щадить аулы, которые признали власть России и представили заложников, другие же «строго наказывать без всякой пощады». Для этого следовало, предварительно отрезать мятежные аулы от гор, «наказание простирать до того времени, пока они не дадут самых знатнейших аманатов и не дадут присяги на верноподданство его императорскому величеству».