В 1077 г. престол захватил Никифор III Вотаниат. Против него, собрав все македонские и фракийские войска, двинулся Никифор Вриенний. Вотаниат возвел Алексея в сан Доместика западных схожи поручил ему войну с мятежниками. Несмотря на высокое звание, у Алексея было очень мало своих войск: он имел отряд норманнских наемников и фалангу «бессмертных». Все надежды ему пришлось возложить на вспомогательные отряды турок. В начале 1078 г. две армии встретились у города Каловария во Фракии. Битва началась неудачно для Алексея: мятежники ударили на «бессмертных» и заставили их отступить. В то же время союзные Никифору печенеги обратили в бегство турок. Но победители не спешили преследовать императорские войска, и это позволило Алексею вырвать победу. Он вновь собрал своих солдат. Как раз в это время подошел еще один отряд турок, посланный Вотаниатом. Поднявшись на холм, турки увидели, что солдаты Вриенния наступают в полном беспорядке, нарушив строй. Один отряд турки оставили в засаде, а двумя другими напали на мятежников. После короткого боя они сделали вид, что отступают, заманили врага в засаду и таким образом одержали полную победу. Сам Вриенний попал в плен. Едва Алексей успел сообщить в столицу о своем успехе, как получил приказ двинуться против другого мятежника — дуки Диррахия Никифора Василаки, который присоединил к себе все иллирийские и болгарские войска, занял Фессалонику и провозгласил себя императором. Сильно уступая врагу численностью своей армии, Алексей прибег к следующей хитрости: ночью он тихо вывел своих солдат из лагеря, оставив палатки и горящие костры. Мятежники ворвались в лагерь, рассыпались без всякого порядка и бросились его грабить. Тогда Комниy внезапно напал на них и легко одержал победу. Василаки попал в плен. Алексей возвратился в столицу и был возведен в сан севаста.
В 1079 г. в Азии поднял мятеж Никифор Мелиссин. В следующие годы из-за его измены турки овладели всеми азийскими, фригийскими и галатскими городами. Наконец, они заняли Никею и вышли к берегам Босфора (Вриенний: 4; 1-2, 4-5, 7-12, 14, 16, 19, 22-23, 26, 28, 31).
В этих обстоятельствах, когда императорская власть ослабла, а самому существованию державы ромеев, казалось, приходит конец, братья Комнины решили совершить переворот. Причиной тому, по словам Анны Комнины, стали происки вольноотпущенников императора Борила и Германа, имевших при Никифоре III огромное влияние на государственные дела. Они видели, что расположение Вотаниата к Комнинам растет с каждым днем, и потому постоянно измышляли способы опорочить и погубить их. После долгих размышлений братья пришли к выводу, что опасность близка, и потому у них есть лишь одна надежда на спасение — восстание. Как раз в это время Алексею была поручена война против турок, захвативших Кизик. Воспользовавшись этим предлогом, он стал стягивать отовсюду войска. Когда же все было готово, Комнины в феврале 1081 г. бежали из столицы в фракийскую деревню Схизы, неподалеку от Афиры, и здесь расположились лагерем. Комнинов сразу же поддержали многие знатные роды и полководцы. Оставалось решить, кто из двух братьев получит верховную власть. Исаак был старше, но у Алексея оказалось намного больше сторонников. Имя его давало успех всему предприятию, поэтому Исаак сам одел на ногу брата пурпурную сандалию, и с одобрения всего войска Алексей был провозглашен императором.
Теперь предстояло захватить столицу. Это представлялось Комнинам нелегким делом. Поэтому Алексей решил лестью и обещаниями привлечь на свою сторону кого-нибудь из городской стражи и с их помощью захватить Константинополь. Он отправил человека к предводителю немецких наемников, и тот после долгих переговоров согласился пропустить мятежников внутрь укреплений. Ночью 1 апреля воины Комнина вступили в столицу через открытые немцами Харисийские ворота. Преданный со всех сторон Никифор сначала предлагал Алексею стать его соправителем, но потом должен был отречься от престола и отдать всю власть в руки нового императора (Комнина: 2; 4, 6-7,9-10).
Взяв на себя управление Ромейским государством, Алексей сразу окунулся в гущу дел. Он видел, что империя находится в состоянии агонии: восточные земли подверглись опустошительным набегам турок. Не лучше обстояли дела на западе, где вождь сицилийских норманнов герцог Роберт Гвискар усиленно вооружался и готовился к переправе в Диррахий. Печенеги уже много лет хозяйничали на севере в придунайских землях. Предстояла целая череда тяжелых войн, между тем, когда император приступил к сбору войск, он нашел в столице не более трехсот солдат. А чтобы набрать наемников и вызвать союзников из других стран, в казне не было денег.
Алексей обратился прежде всего к восточным делам. Он объявил набор в армию, посадил на суда легковооруженных воинов и приказал им по ночам плавать вдоль азиатского берега, скрытно высаживаться в тех случаях, когда число турок ненамного превышает их собственное, нападать на них, а затем сразу возвращаться обратно. Воины делали это в течение нескольких дней, и варвары мало-помалу стали отступать из приморских областей в глубь страны. Узнав об этом, император приказал посланным им войскам захватить городки и поместья, которые раньше занимали турки, и из них нападать на турецкие отряды. Вскоре варвары отступили еще дальше, и ромейская конница уже смело преследовала врага, совершая днем и ночью набеги на их земли. Таким образом, положение варваров ухудшилось, а затухавшая было искра могущества Ромейской державы вновь стала разгораться. Комнин далеко отогнал турок не только от Боспора и приморских областей; он вытеснил их из Вифинии, из предместий Никомедии и вынудил султана настойчиво просить о мире. Алексей с радостью принял эти просьбы, ибо к нему со всех сторон поступали сообщения о неудержимом натиске Роберта. Вот почему весной 1081 г. он заключил с турками мир.
После этого в августе Алексей выступил против норманнов. Целиком сосредоточившись на военных делах, он поручил матери распоряжаться всем остальным. Он вообще чрезвычайно любил мать и ни в чем не отступал от ее воли (Комнина: 3; 1, 6-7, 9, 11). Так как силы его не составляли даже малой доли войск Роберта, Алексей призвал на помощь союзных турок. Он вызвал к себе также флот венецианцев, пообещав им деньги и торговые льготы. В октябре неподалеку от Диррахия произошло сражение. Поначалу успех был на стороне ромеев. Варяжский отряд Намбита стал теснить воинов Роберта и загнал их в море. Однако он двигался слишком быстро и далеко оторвался от остального строя. Жена Роберта Гаита остановила бегущих и вновь повела их в атаку. Варяги, утомленные преследованием, были перебиты. После этого Роберт бросил в бой тяжелую конницу. Ромеи не выдержали и обратились в бегство. В этом сражении пало много известных воинов и родственников императора. Сам Алексей был окружен врагами и пробился сквозь них с огромным трудом (Комнина: 4; 2, 6-7). В начале 1082 г. норманнам сдался Диррахий.
Необходимо было создавать новую армию. Алексей стал отовсюду созывать союзников, а матери и брату поручил достать денег. Последние, не найдя другого выхода, отправили для переплавки на императорский монетный двор все имевшиеся у них золотые и серебряные вещи. Так как этого оказалось недостаточно, Исаак забрал из храмов часть драгоценной церковной утвари и, несмотря на сильное сопротивление священников, велел ее тоже пустить в переплавку. Таким образом были собраны необходимые средства. Сам Алексей упорно занимался обучением новобранцев. Между тем Роберт был отвлечен войной в Италии. Он покинул Иллирию, оставив вместо себя сына Боэмунда. В мае 1082 г. Алексей потерпел от него поражение под Яниной, а осенью того же года был разбит в третий раз. Весной 1083 г. норманны захватили Эпир и осадили Лариссу. Осенью Алексей с новым войском подошел на выручку осажденным. Зная по опыту как искусны в бою норманны, он решил на этот раз действовать хитростью. Части войск он приказал вступить в бой с врагами, а затем обратить тыл и сделать вид, что стремительно отступают. Сам он вместе с самыми доблестными воинами укрылся в засаде. На рассвете Боэмунд атаковал фаланги ромеев и начал упорно преследовать бегущих. Увидев, что тот удалился на значительное расстояние, император сел на коня, приказал то же самое сделать своим воинам и подъехал к лагерю норманнов. Войдя туда, он многих перебил и захватил большую добычу. Затем он отправил конницу в погоню за Бо-эмундом. Не вступая в рукопашную битву, искусные стрелки перебили стрелами рыцарских коней и таким образом нанесли их коннице большой урон. Боэмунду пришлось снять осаду с Лариссы, а Алексей победителем вернулся в Константинополь (Комнина: 5; 1— 2, 4-5-7). Осенью того же года ромеи подступили к взятой норманнами Кастории, стали упорно осаждать ее и вынудили норманнов просить свободного пропуска к морю. Многие графы перешли на службу к Алексею. Боэмунду ничего не оставалось как отплыть в Италию с известием о поражении. Осенью 1084 г. Роберт собрал флот и во второй раз высадился в Иллирии. Война развернулась на суше и на море. Сначала Роберт одержал победу вблизи острова Корфу над объединенным флотом ромеев и венецианцев, но потом неподалеку от Бутринто потерпел поражение. Летом 1085 г. он заболел лихорадкой и умер, а Алексей легко овладел Диррахием и победой завершил тяжелую войну.