Опасность подстерегала Венцеслава и с другой стороны. Его бесхарактерность и равнодушие к немецким проблемам давно возбуждали в Германии общее негодование. Князья постоянно совещались о низложении неспособного короля, при котором владычествовала полная анархия. Многие считали, что управление Германией улучшится, если королевская власть будет передана немцу. В августе 1400 г. четыре курфюрста съехались в Оберланштейне, объявили о низложении Венцеслава и избрали на его место пфальцграфа Рупрехта III. В 1401 г. сын нового короля Людвигдвинулся с войском в Чехию. Многие чешские вельможи охотно поддержали его. Венцеслав был осажден в Праге и вскоре согласился на все условия своих врагов. Государственный совет взял управление в свои руки, а король фактически оказался отстраненным от престола. Вместо него стал править его брат, венгерский король Сигизмунд. Он велел арестовать Венцеслава и отослал его в Австрию. На этот раз его заключение продолжалось почти полтора года. В 1403 г. Сигизмунд должен был уехать из Чехии для устройства венгерских дел, а в ноябре того же года Венцеславу удалось бежать из-под стражи. Он вернулся на родину и был радостно принят чехами, утомленными суровым правлением его брата. С этого времени Венцеслав держался благоразумнее прежнего, так что ему удалось утвердиться на престоле. В дальнейшем, несмотря на некоторые трения, он правил своим народом спокойно. Только последние его годы были омрачены новыми возмущениями. Венцеслав не видел ничего плохого во взглядах Яна Гуса и позволял ему свободно проповедовать в своей столице. Как и все чехи он был возмущен его сожжением в 1415 г. Когда в 1418 г. папа Мартин V возобновил инквизиционную буллу папы Бонифация и потребовал, чтобы светские суды преследовали обвиненных церковью в ереси, Венцеслав долго этому противился. Тогда папа пригрозил ему судебным процессом, а его брат Сигизмунд (избранный к этому времени императором) отрекся от него, как от еретика. Венцеслав испугался и в январе 1419 г. велел светским судам принимать к рассмотрению дела по обвинению в ереси. В ответ вся Прага взялась за оружие. Король укрылся в Венцельштейне и вскоре умер от апоплексического удара.