Новые эдикты более всего ущемляли права и свободы ломбардских городов, сделавшихся к этому времени почти совершенно независимыми от своих феодальных сеньоров. С их стороны Фридрих и встретил самое сильное противодействие. Генуэзцы заявили, что отдадут Фридриху только то, на что он сможет предъявить свои права собственности. В январе 1159 г. вновь восстали миланцы, недовольные тем, что император попробовал утвердить здесь у власти своих ставленников. Их поддержали жители Крем и Брешиа. Между тем Фридрих, понадеявшись на свой первый успех, уже отослал за Альпы большую часть союзных войск. Оставшихся сил для новой осады Милана было явно недостаточно. В июле И 59 г. император подступил к Кремам и шесть месяцев упорно осаждал их. Захватив, наконец, в январе 1160 г. эту маленькую крепость, Фридрих приказал разрушить ее до основания. К прочим трудностям добавились распри с папским престолом. После смерти Адриана IV противники Фридриха избрали папой Александра III, а его сторонники - Виктора IV. Император созвал в Павии церковный собор, который объявил Александра низложенным. Александр не смутился этим и в свою очередь отлучил Барбароссу от церкви, а подданных его освободил от присяги. Фридрих понял, что ему предстоит поход на Рим. Но прежде он хотел утвердиться в Италии. Созвав вассалов из Германии и Италии, Фридрих в мае 1161 г. второй раз осадил Милан. Через год, в марте 1162, город сдался без всяких условий на милость победителя. Фридрих велел всем жителям выйти из города с тем имуществом, которое они могли унести, и расселиться в четырех неукрепленных городах. Сам город был полностью разрушен. После того как этот главный враг был сокрушен, сдались Пьяченца, Брешиа и другие города. Император велел жителям разобрать городские стены, заплатить контрибуцию и принять наместника подесту.
Ненадолго съездив в Германию, Фридрих осенью 1163 г. возвратился в Ломбардию и стал готовиться к походу на Рим. Однако новые затруднения остановили его. Венеция, Верона, Виченца и Падуя объединились в антинемецкую лигу. В апреле умер Виктор IV. Избранный на его место Пасхалий III имел гораздо меньше сторонников, чем Александр III. Император попробовал напасть на Верону, но у него было слишком мало сил для ведения серьезной войны. Осенью 1164 г. он отправился в Германию, где надеялся собрать новое войско. Дела опять задержали его на полтора года. Только весной 1165 г. Фридрих с большой армией перешел Альпы и двинулся прямо на Рим. 24 июня немцы осадили замок святого Ангела и заняли весь левый берег Тибра. Александр III укрылся в замке Франджипани рядом с Колизеем. Фридрих предложил обоим папам для избежания кровопролития сложить с себя сан и провести новые выборы. Александр отказался, и это сильно повредило ему в глазах горожан. Известные своим непостоянством римляне повернулись против папы, и тому пришлось бежать в Беневент. Император торжественно въехал в город, а 30 июня состоялась интронизация Пасхалия в храме святого Петра. Однако Фридрих не оставил своему стороннику даже тени той власти, которой пользовались до него папы. Сенат и префект города стали подчиняться лично императору, который таким образом взял управление Римом в свои руки Казалось, Фридрих достиг пределов своих желаний. Но тут непредвиденные обстоятельства смешали ему все планы: в августе в немецком войске началась жестокая эпидемия чумы. Умер ших было так много, что Фридрих поспешно отвел своих солдат в северную Италию. Здесь он с тревогой обнаружил, что позиции его врагов усилились. К образовавшейся ранее лиге присоединились Кремона, Бергамо, Брешиа, Мантуя, а также жители Милана, спешно отстраивавшие свой город. К несчастью, у Фридриха уже не было армии, и он должен был бессильно наблюдать из Павии, как разгорается мятеж. 1 декабря 1167 г. шестнадцать восставших городов объединились в Ломбардскую лигу. Они поклялись не заключать сепаратного мира и вести войну до тех пор, пока не вернут всех льгот и свобод, какими обладали при прежних императорах. В начале 1168 г. Фридрих решил пробираться в Германию. По дороге в Сузах его едва не захватили в плен, и ему пришлось бежать, переодевшись в чужое платье.
На этот раз император провел в Германии семь лет, занятый решением насущных дел и укреплением своей власти. В 1173 г. он объявил о решении вернуться в Италию и повести войско в поход против Ломбардской лиги. Чтобы не зависеть от князей, которые уже не раз оставляли его без воинов в самый критический момент, он навербовал много брабантских наемников. В сентябре 1174 г. Фридрих в пятый раз перешел Альпы, а в октябре осадил Алессандрию. Ломбардцы упорно оборонялись. В апреле следующего года, так и не добившись успеха, Фридрих начал переговоры и распустил солдат, которым ему нечем было платить. Но длившиеся почти целый год консультации ни к чему не привели, так как позиции сторон были слишком различны. Необходимо было вновь готовиться к войне. Император пригласил в Кьявенну своего двоюродного брата, могущественного герцога Баварского и Саксонского Генриха Льва из рода Вельфов и попросил у него помощи. Генрих Лев отказал, чем очень уязвил Фридриха. С большим трудом он набрал несколько тысяч солдат в Италии и двинулся с ними на Милан. 20 мая 1176 г. противники встретились под Леньяно. Немецкие рыцари по своему обычаю бросились в мощную атаку, прорвали строй ломбардской конницы, и та в беспорядке бежала. Но когда немцы обрушились на построившуюся в каре пехоту, атака их захлебнулась. Тем временем ломбардские конники, встретив войско из Брешиа, спешившее им ча помощь, вернулись на поле боя и внезапно атаковали немцев с фланга. Фридрих с жаром и отвагой бросился в самую свалку, но был выбит из седла. Тотчас слух о его мнк-мой смерти разнесся по войскам. Побросав оружие, рыцари бежали с поля боя и укрылись в Павии.
После этого поражения Фридриху пришлось смягчить свою позицию и пойти на большие уступки: он согласился признать Александра III единственным законным папой, вернул ему префектуру в Риме и согласился признать маркграфство Тосканское его леном. В обмен на это папа снял с него свое отлучение. Помирившись с папой, Фридрих вернулся к ломбардским делам. Но договориться с восставшими городами не удалось. В июле 1177 г. в Венеции Фридрих подписал с ними перемирие на шесть лет и летом 1178 г. отправился в Бургундию, где короновался в Арле как бургундский король. В Германии он воспользовался первым поводом для того, чтобы начать притеснять Генриха Льва. На съезде в Шпейе-ре епископ Хальберштадтский Уль-рих пожаловался, что герцог захватил лены, принадлежащие его епархии. В январе 1179 г.енрих был вызван в королевский трибунал для рассмотрения этого вопроса, но отказался приехать. В июне он не приехал и на съезд в Магдебург. Это позволило начать против него другой процесс: Фридрих обвинил его в мятеже. На съезде в Вюрцбурге в январе 1180 г. могущественный Всльф был приговорен к лишению всех своих ленов. Восточная Саксония была передана графу Бернхар-ду Анхальтскому. Из западных саксонских земель Фридрих образовал новое герцогство Вестфальское, которое оставил за собой. Бавария была отдана графу Отто фон Вит-тельсбаху. От нее также была отнята Штирийская марка, превращенная в герцогство. В 1180 г. император повел войска в Саксонию, взял Брауншвейг и осадил Любек. Летом 1181 г. Генрих Лев понял, что его дело проиграно. В ноябре он приехал на съезд в Эрфурт и бросился к ногам Фридриха. Барбаросса простил его, вернул Брауншвейг, но удержал все остальные владения Вельфов. Кроме того, герцог должен был на три года удалиться в изгнание. Конфликт с ломбардцами также постепенно улаживался. В 1183 г. в Констанце был подписан мир с Ломбардской лигой. Города признали императора своим сюзереном, а Фридрих согласился на сохранение их старинных вольностей, в том числе таких важных, как право возводить укрепления и организовывать лиги. За императором осталось право инвестировать городских консулов, его суд был признан высшей инстанцией. В И 84 г. Фридрих признал королевский титул за Вильгельмом Сицилийским, который согласился выдать свою тетку Констанцию за сына Фридриха, Генриха. (Тогда еще никто не мог предположить, что этот брак в будущем принесет Гогенш-тауфенам Сицилию.) Умиротворив Италию и установив спокойствие во всей империи, Барбаросса стал готовиться к крестовому походу. В марте 1188 г. на съезде в Майнце он торжественно принял крест.