Как только весть об этом распространилась по Италии, приспешники папы поспешно отступили на север. Иоанн Бриенн удержался только в Сан-Джермано. Прежде чем начинать войну, Фридрих сделал попытку примириться с папой. Но Григорий, живший тогда в Перуджи, отвечал на это новым отлучением и обратился ко всем государям и народам с просьбой о помощи против врага церкви и веры. Он составил и распространил по Европе грамоту, в которой доказывал, что император коварно действовал в Палестине. В Германии он возбуждал князей восстать против ненавистного рода Гогенипауфенов, "гонителей церкви". Но его хлопоты были напрасны. Папские легаты повсюду в Германии встречали плохой прием, князья сохраняли верность императору. Государи Англии, Испании и Франции тоже ничем не itomoi -ли папе. Даже в Ломбардии Григорий не добился никакой поддержки. Между тем к Фридриху собрались апулийцы. Рыцари, проделавшие с ним крестовый поход, взялись помогать ему в войне с папой. Император вступил в Сан-Джермано и стал готовиться к походу на Рим. Видя это, Григорий сбавил тон и скрепя сердце согласился на мирные переговоры. В июне в Сан-Джермано был заключен мир. Фридрих обещал не предпринимать похода на Рим и сделал еще несколько уступок Григорию. В августе папа снял с императора свое отлучение. Бывшие противники договорились о совместной борьбе против еретиков.
После заключения Сан-джер-манского мира Фридрих деятельно занялся устройством дел в своих владениях. При этом политика его в королевстве Сицилийском была прямо противоположна той, которую он проводил в Германии. Если на юге Италии он стремился разрушить феодальную систему и основать бюрократическую монархию, то в Германии он даровал князьям права, сделавшие их могущество неограниченным. В нескольких указах 1231 г., особенно в постановлениях пормсского съезда, была подтверждена почти полная независимость князей и их полный суверенитет. Городам было запрещено принимать к себе и давать гражданские права подданным князей. Полномочия городского суда ограничивались городской чертой. Все лены, полученные городами от князей и епископов, должны были возвратиться прежним сюзеренам. Точно так же в подчинении у князей оказалось немецкое рыцарство. Рыцари должны были получать свои лены от князей и повиноваться их суду. Император обещал больше не строить замков и не основывать своих городов во владениях князей. Он также обещал не чеканить в их владениях своей монеты. Каждый епископ и князь получил право укреплять свою резиденцию рвами, стенами и другими средствами. Эта почти абсолютная власть князей ограничивалась только в двух случаях: князья не могли издавать законы и вводить налоги без согласия лучших и знатных людей своей области. Эти вопросы были переданы на усмотрение местных съездов. Свободу городских общин Фридрих считал "ядовитым растением, которое следует искоренить". Поэтому он вел упорную борьбу с городскими вольностями как в Германии, так и в Италии. В 1232 г. на съезде в Равенне Фридрих издал указ, лишавший немецкие города их прав и преимуществ. Этим указом уничтожались городские коммуны, советы, магистраты, образованные в городах без согласия их сюзеренов. Тем же указом распускались ремесленные цеха. Итогом всех этих нововведений стало, как и следовало ожидать, общее ослабление центральной власти в Германии. Впрочем, Фридрих не столько изменял сложившийся строй, сколько утверждал фактическое положение вещей, которое стало складываться еще при Фридрихе Барбароссе и сделалось повсеместным после его смерти. Надо признать, что вся политика Гогеншта-уфенов, начиная с Конрада III, вела к развалу Германского королевства. Их увлечение крестовыми походами, их длительные отлучки из-за постоянных войн в Италии, их упорное стремление проводить имперскую политику в ущерб национальной привели к тому, что реальная власть навсегда ускользнула из их рук.
Деятельность Фридриха в Сицилии имела совсем другое направление. В августе 1231 г. на придворном съезде в Мельфи император обнародовал "Конституции (уставы) королевства Сицилийского", над разработкой которых работали виднейшие юристы того времени. Этот замечательный кодекс был написан уже не в средневековом духе, а на основе идей, которые получили распространение гораздо позже - в XVI и XVII столетиях. Вся власть по этим конституциям сосредотачивалась в руках короля, управлявшего делами при помощи своих чиновников, назначаемых и сменяемых по его воле. Феодалы были лишёны значительной части своего имущества и привилегий. Так, все замки, построенные баронами после смерти Вильгельма II, должны были быть разрушены, всякому, начавшему междоусобную войну, грозила смертная казнь. Любой виновный в убийстве, вне зависимости от его знатности, подлежал смертной казни (к убийству были приравнены и несанкционированные дуэли). Ношение оружия запрещалось. В своих поместьях бароны могли решать только гражданские дела, уголовные рассматривал королевский суд. Духовенство было подчинено королевской юрисдикции и обложено налогами наравне с остальными сословиями. Церковный суд отменялся. Клирикам запрещалось заниматься общественными делами. Вводился запрет на дарение, завещание или продажу земли церкви. Городам было запрещено избирать подест, консулов или ректоров. Они были отданы под управление государственных чиновников, при которых состоял совет нотаблей, избираемый горожанами. Однако представители городов участвовали в государственных съездах наравне со знатью и духовенством. Взамен феодальной системы вводилась бюрократическая, судебная, административная и налоговая система. Страна была разделена на девять провинций. Верховным судьей в каждой из них являлся юстициарий, назначаемый королем и получавший жалование из казны. Уголовные законы в Сицилии были мягче и гуманнее, чем целом в Европе. Пытки были разрешены только в отношении людей, обвиняемых в государственной измене и еретиков. Честь женщин и девушек строго защищалась. Все местные юридические обычаи, в том числе и "Божий суд", были запрещены. Первым после юстина-рия сановником провинции стал камерарий (казначей), ответственный за сбор податей и заведовавший финансами. Ему также подчинялась полиция. Крепостное право в королевских имениях было уничтожено. Фридрих очень заботился о земледелии, учреждал образцовые фермы, наблюдал за обработкой полей, за сохранением лесов, за скотоводством, за улучшением земли. По его прямой указке на пустошах разбивались виноградники, разводились новые виды культур, такие как индиго, финиковая пальма, хлопчатник и сахарный тростник. Для поощрения торговли он уничтожил все внутренние таможни и снизил пошлины. Он очень много заботился о заключении торговых договоров со всеми соседями, стараясь использовать выгодное положение Сицилии и превратить ее в центр средиземноморской торговли. Он сам вел обширную и очень выгодную торговлю с Африкой. При нем был отстроен большой военный флот, превративший его королевство в крупнейшую морскую державу того времени. При этом Фридрих вел непрерывную войну с пиратами и добивался прекращения морского разбоя. Военными вопросами в каждой округе заведовали капитаны, в обязанности которых входило набирать солдат, строить крепости и заготовлять провиант. Основу армии составля ли наемники. Образцово была уст роена финансовая система. Все граждане были обложены постоянным поземельным налогом, от которого не освобождались даже монастыри. Была очень хорошо отлажена система сбора налогов, отчета и ревизий. Благодаря цветущему состоянию королевства Фридрих получал в свои руки весьма значительные средства. Кроме того, огромные доходы он имел с личных имений, государственных монополий и таможенных пошлин. Благодаря своему богатству Фридрих создал один из самых блестящих дворов в тогдашней Европе. Подобно восточным царям он держал при дворе множество красивых женщин. В его великолепных замках шли непрерывные праздники, рыцарские турниры, пиры с пением и музыкой. Но с другой стороны, проведение имперской политики, постоянные внешние войны, содержание большого наемного войска требовали от Фридриха колоссальных затрат. Поэтому во второй половине его царствования налоговое бремя сделалось непосильным для подданных.
После умиротворения Германии, покорения южной Италии и возобновления союзных отношений с папой ломбардцы оставались главными противниками Фридриха. Война с ними назревала уже много лет, так как могущественные ломбардские города не хотели признавать над собой никакой власти и отвергали даже те призрачные права императора, которые Фридрих I утвердил по констанс-кому миру. Все попытки разрешить конфликт дипломатическим путем не имели успеха, и летом 1237 г. Фридрих во главе большой армии выступил против непокорных. В октябре он овладел Мантуей и двинулся на Милан. 27 ноября при Кортенуове он внезапно напал на войска лиги. Ломбардцы в течение дня упорно отражали атаки немцев. Однако ближе к ночи тяжелая немецкая конница прорвала вражеский строй и обратила противников в бегство. Число убитых и взятых в плен достигало 10 тысяч. Это поражение тягостно подействовало на итальянцев. В начале 1238 г. Лоди и многие другие небольшие города, не надеявшиеся выдержать осаду имперских войск, открыли перед Фридрихом ворота. Но Милан, Алессандрия. Бреши, Пиаченца и Болонья решили продолжать войну. Они, впрочем, соглашались признать верховную власть императора и распустить Лигу, но твердо настаивали на сохранении своего самоуправления. Фридрих отвечал им требованием безусловной покорности, поэтому война продолжалась. В августе император подступил к Бреши и три месяца вел упорную осаду этого города. Натолкнувшись на героическое сопротивление, он должен был в начале ноября отступить в Кремону. Эта неудача имела для него очень дурные последствия. Генуя и Венеция отложились от Фридриха и перешли на сторону его врагов. Папа Григорий, с большим неудовольствием наблюдавший за усилением императора, также стал открыто поддерживать ломбардцев. Еше более усилили негодование папы сардинские события. Во время осады Бреши Фридрих устроил свадьбу своего побочного сына Эн-цио с вдовой Убальдо Висконти Аделазией. Она владела большей частью Сардинии. Не взирая на то, что этот остров считался владением папы, Фридрих дал Энцио титул короля Сардинии.