Вместе с тем для Афанасия Никитина характерно, что вера предков, жажда сохранить её вовсе не предполагают, не вызывают неприятия или осуждения чужой среды, негативных её оценок. Он никак не формулирует ни своего отношения к хану, сулившему богатство за вероотступничество, ни к Медику, казуистически пытавшемуся доказать, что он ни бесерменин, ни христианин. Отличается широтой отношение Афанасия Никитина к местному населению. В начале пребывания в Индии, в Джуннаре, оно ещё окрашено мусульманским влиянием, и он называет их «кафирами», то есть «неверными» (мусульманское обозначение), пишет об их разбойническом поведении: «Разбойничают кафиры, не христиане они и не бесермены: молится коленным болванам и ни Христа, ни Мухаммеда не знают». В Бидаре картина меняется. Первые впечатления трансформируются по мере углубления личного знакомства. Ему удалось глубже узнать местную стихию, и он уже называет жителей не мусульманским «кафиры», а «индустанцами», «индеянами», то есть по наименованию страны. Наш путешественник «познася со многими индеяны». В непосредственном общении с ними главным был принцип доверия. Он подошёл к ним открыто и откровенно («и сказах им веру свою»), и ему ответили тем же («и они же не учалися от меня крыти ни о чём»), подробно рассказали о еде и торговле, молитвах и обычаях.
Практика общения с людьми разных вероисповеданий привела путешественника-купца не только к идее веротерпимости, но и к более широкому воззрению, а именно к отрицанию исключительности какой-то одной религии. Находясь в Парвате, он сравнивает это священное место одной из разновидностей индуизма с Меккой и Иерусалимом, а статуя Шивы вызывает мысль о скульптурном изображении императора Юстиниана в Константинополе. В обществе мусульманских купцов, при их помощи и по их советам он совершал своё путешествие; мусульманский казначей помог ему избежать насильственного обращения в эту веру. Он не порицает и не осуждает индийский религиозный опыт, расценивая его как сосуществующий с мусульманским и христианским. Живое общение с представителями разных религий и непредвзятое, искреннее и открытое для понимания отношение к ним наглядно показало ему, что каждая из религий самим фактом своего сосуществования с другими отрицает собственную исключительность. Разумеется, наблюдать это могли многие, но надо было обладать достаточной широтой мышления, «пространством ума» (выражение Ермолая Еразма, автора середины ⅩⅥ в.), чтобы отказаться судить, чья вера истинна, и сделать вывод: «А правую веру бог ведает».
Эта мысль будет сформулирована в России более чётко позже, в середине ⅩⅥ в. представителями реформационно-еретического движения. В сочинении «Послание многословное», направленном против «нового учения» или «рабьего учения» Феодосия Косого — самого радикального мыслителя ⅩⅥ в.,— так излагался один из пунктов этого учения:
«Говорят про все веры, которые существуют у всех народов, что все люди едины для бога — и татары, и немцы, и прочие народы. Ибо говорит апостол Петр: в любом народе богу приятен боящийся бога и делающий правду, потому же и крещение не нужно людям». Еретики-реформаторы делали широкие выводы о ненужности крещения, а также других христианских таинств и обрядов. Они не перечисляли конкретно, какие именно народы могут быть угодны богу, но дали собирательные обозначения «татарове» и «немцы», которые могли применяться к различным мусульманским, католическим и протестантским народам. Здесь очевидна традиция новгородско-московской ереси конца ⅩⅤ — начала ⅩⅥ века. Её яростный противник Иосиф Волоцкий в полемике с еретиками, излагая их взгляды, использовал тот же текст Петра, что и Зиновий Отенский.
Афанасий Никитин — явление городской культуры. Он принадлежал к купечеству, одной из самых динамичных, мобильных, восприимчивых к новому групп средневекового общества. Его сочинение показывает, что городская и купеческая среда была благоприятной почвой для возникновения идей еретических, реформационных, отличающихся от ортодоксальных трактовок. Он не обобщал своих наблюдений, не теоретизировал, но его богатый жизненный опыт, практика общения с представителями разных народов, серьёзное и уважительное отношение к ним привели его к убеждению, которое находится в русле воззрений передовых мыслителей: «А правую веру бог ведает. А правая вера — единого бога знать и имя его во всяком месте чистом в чистоте призывать». Эта мысль, сформулированная русским человеком ⅩⅤ века в далекой Индии, в окружении как мусульман, так и представителей местных религий, вплотную подводит к идее равенства народов и вер, к широкому и свободному толкованию религиозных проблем, что свойственно мышлению и мировоззрению не средневековья, которому Никитин принадлежит хронологически, а новому времени, на пороге которого он оказался, широко раздвинув не только географическую, но и мировоззренческую систему русского самосознания.