Но планы Бородина практически сразу стали известны Чан Кайши, и он немедленно предпринял наступление на Шанхай. 12 апреля 1927 года Шанхай был взят его войсками, начавшееся было восстание потоплено в крови, а 28 апреля были арестованы и казнены 25 функционеров КПК. После этого собравшиеся в Нанкине лидеры Гоминьдана создали новое правительство во главе с Ху Ханминем. Впрочем, фактическим главой нового гоминьдановского режима стал Чан Кайши, с ноября 1928 по январь 1932 года занимавший пост премьер-министра и сохранивший за собой должность главнокомандующего армией.
В результате этих событий советско-китайские отношения резко ухудшились. В апреле 1927 года по указанию Чан Кайши был проведен обыск в советском консульстве в Пекине, который нанес сильный удар по позициям советской разведки в Китае. В ходе обыска полиция изъяла большое количество документов, в том числе шифры, списки агентуры и поставок оружия КПК, инструкции китайским коммунистам по оказанию помощи советским представителям в разведработе. Обострилась и обстановка в Маньчжурии в районе Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), а против сотрудников советского консульства в Харбине постоянно устраивались провокации. Фактический правитель северо-восточных провинций Китая генерал Чжан Цзолинь, с 1918 года державшийся у власти, играя на противоречивых интересах в Маньчжурии СССР, Японии и правительства Гоминьдана, был крайне обозлен деятельностью Бородина в 1927 году. Он занял откровенно прояпонскую позицию, а нормальное функционирование КВЖД было поставлено под угрозу из-за постоянных провокаций против советских служащих.
В 1928 году сотрудниками харбинской резидентуры, которой с 1927 по 1929 год руководил Наум Эйтингон, были добыты материалы о переговорах союзника Чжан Цзолиня, лидера фынтяньской (мукденской) группы «провинциальных милитаристов» Чжан Сюэляна с японцами, целью которых было создание в Северо-Восточном Китае Независимой Маньчжурской республики на следующих условиях:
1) на территории Маньчжурии и Внутренней Монголии образуется под протекторатом Японии буферное государство под названием Независимая Маньчжурская республика;
2) Япония берет на себя обязательство содействовать включению в новое буферное государство Внешней Монголии;
3) новое маньчжурское государство отказывается от активных действий против правительства собственно Китая, но одновременно обязуется бороться против коммунистического движения;
4) новое маньчжурское правительство обязуется вести агрессивную политику в отношении интересов СССР в Северной Маньчжурии.
В случае отказа Чжан Сюэляна от этих предложений японцы угрожали создать в Маньчжурии такую политическую и экономическую ситуацию, которая приведет к ее оккупации японской армией[8].
Такое положение дел в Маньчжурии сильно обеспокоило советское руководство. Существует версия, что в 1928 году в Кремле приняли решение ликвидировать Чжан Цзолиня. Проведение этой операции было поручено Науму Эйтингону и руководителю нелегальной резидентуры Разведупра РККА в Харбине Христофору Салныню. Самым сложным в этой операции было то, что все подозрения в случившемся должны были пасть на японцев.
4 июня 1928 года на железнодорожном перегоне Пекин — Харбин специальный вагон, в котором ехал Чжан Цзолинь, был взорван. Взрывчатка была заложена в виадуке Южно-Маньчжурской железной дороги около Мукдена. Чжан Цзолинь был тяжело ранен в грудь и через несколько часов скончался в мукденском госпитале. Кроме него во время взрыва погибло еще 17 человек, в том числе и генерал У Цзяншен. В связи с тем что железнодорожный узел на стыке Пекин-Мукденской и Южно-Маньчжурской железных дорог вблизи Мукдена охранялся не китайскими, а японскими солдатами, все посчитали, что покушение было организовано японцами. Более того, называли даже имя японского офицера, который привел в действие электрический детонатор,— майор Томи.
Однако ликвидация Чжан Цзолиня не привела к изменению ситуации в Маньчжурии. 27 мая 1929 года китайскими властями был произведен незаконный обыск в советском консульстве в Харбине, а провокации на КВЖД только участились. В результате 17 июля 1929 года советское правительство заявило о разрыве дипломатических отношений с гоминьдановским правительством. После этого легальные резидентуры ИНО и военной разведки в Китае фактически прекратили свою деятельность.