Годы учебы Н.М. Кишкина протекали в Москве. Сначала в Первой московской гимназии, куда его отдали в 10-летнем возрасте, а затем в Московском университете, который он окончил в 1889 году. Образование стало его крепкой интеллектуальной основой.
Он поступает сразу же по завершению курса ассистентом к профессору Александру Александровичу Корнилову, который держал собственную лечебницу. Вчерашнего студента весьма интересует гидротерапия, наука старая и вместе с тем новая.
Водолечение, по мнению недавнего студента, один из могущественных терапевтических агентов, которые совершенно напрасно так мало употребляются терапевтами. Недавний выпускник университета высказал при этом пожелание, чтобы гидротерапия преподавалась будущим врачам.
Осваивая специальность, Николай Михайлович берется за скрупулезный анализ результатов лечения различных нервных расстройств в клинике А.А. Корнилова. Как сотрудник известной лечебницы Приарбатья и искушенный врач-невропатолог, Н.М. Кишкин начинает пользоваться популярностью. В 1895 году он открывает собственную лечебницу. Ее метаморфозы таинственны, однако развивается она хорошо. В десятых годах ХХ века Н.М. Кишкину начинает принадлежать бывшая лечебница А.А. Корнилова, находящаяся в собственном доме профессора в Нижнем Кисловском переулке. Сам новый владелец живет на Малой Молчановке в доме № 4. Во время мировой войны, переехав в квартиру № 3 по Большой Молчановке, 12, Кишкин называет этот адрес в качестве координат самой водолечебницы, одновременно являющейся и электросветолечебницей. Устроенное Кишкиным лечебное заведение слывет образцовым. При нем есть и отменная «санатория». Пациенты едут отовсюду.
Становясь известным, Кишкин обрастает связями, его привечают во многих домах. В либерально-буржуазных кружках он познает проблемы ближайшего будущего страны. И в это время открывается целый массив его очень важных качеств. Оказывается, Николай Михайлович редкостно умеет сочетать большую работу практикующего врача с напряженной общественной работой. Недостатка в заданиях не было. Помощь хворым, неимущим, организация сбора средств в пользу голодающих, погорельцев, пострадавших от стихийных бедствий. И это далеко не полный перечень. Организационный талант Кишкина весьма заметен на рубеже веков. Он активно помогает комиссиям Московской городской думы, занимающимся проблемами здравоохранения и санитарии. В 1905 году его избирают гласным Московской городской думы. Тогда же он становится одним из основателей партии конституционалистов-демократов (партии Народной Свободы) и членом ее центрального комитета.
«Я живо помню эту работу, — писал москвич Н.И. Астров, — и блеск его организационного таланта. В периоды действия, когда партия должна дать минимум ее напряжения, Кишкин был незаменим. Он был истинным стратегом, вырабатывающим план кампании и проводившим его в жизнь. Его распоряжения, исполнявшие директивы Центрального комитета партии, захватывали всю страну. Но и в период затишья, кажущегося бездействия, он непрерывно вел работу, напоминая всем, что политическая партия должна жить все время и проявлять себя на политической арене не только во время выборов. Только постоянной работой она может войти в жизнь страны и стать необходимой народу. Это был организатор крупного калибра и в своей жизни он выполнял большую творческую работу».
1914 год был для Николая Михайловича вдвойне юбилейным. Ему исполнялось 50 лет, из них ровно половина была отдана врачебной деятельности в Москве, но его личные планы сломала начавшаяся Мировая война.
В первые ее дни он находился за границей. Одолев, ставший безумно опасным, путь из европейского далека, Кишкин появляется в Москве. Тут уже кипит работа по созданию невиданной организации — Всероссийского союза городов. Ему нравится идея объединить русские города вокруг дела помощи больным и раненым воинам. Судя по всему, их число в ближайшем будущем явно грозит выйти за пределы самых пессимистических предсказаний. А ему ли не знать, на какие врачебные силы они могут рассчитывать. Волны беженцев, несущие эпидемии, неизбежный разгул разных болезней — это тоже вполне прогнозируемые сюрпризы войны? Николай Михайлович в восторге от того, что мысль создания Союза городов возникла в Москве и что его друзья сразу подумали о его привлечении к делу. Да и как, в самом деле, можно было представить себе такое начинание без моторного Кишкина, мало того, что специалиста, но еще и прекрасного организатора?
Организационный съезд ВСГ, состоявшийся в белокаменной столице в начале августа, открыл дорогу целенаправленной работе на местах. Свою поддержку ей пообещал Николай II. В своем деловом рвении основные закоперщики предприятия вскоре совершили, казалось бы, невозможное. Под флаг Красного Креста, поднятый над союзом, встали 305 городов Европейской России, Кавказа, Сибири, Финляндии, Царства Польского и Прибалтийского края. Появились областные организации: Московская, Петроградская, Харьковская, Орловская, Курская, Киевская, Кавказская.