Ответный ультиматум, вышедший из-под пера Ленина, требовал от оппозиционеров подчиниться партдисциплине и проводить политику ЦК. Однако Ногин, Рыков, Милютин и Теодорович вышли из Совнаркома.
Выступая 4 ноября вечером на заседании ВЦИК с упоминанием о «капитулянтстве» Ногина и Рыкова, Ленин употребляет чрезвычайно резкие выражения. Кипя от возмущения, он считал, что они «встали на платформу, ничего общего с большевизмом не имеющую. Но московские рабочие массы не пойдут за Рыковым и Ногиным».
Ленин беспримерно энергично углубляет разгром вчерашних коллег, которых сам же пару недель назад выдвигал в Совнарком. Для него эти «отдельные товарищи, недостаточно стойкие и твердые в деле борьбы с врагами народа», «дрогнувшие и бежавшие из нашей среды» — это причина ликования буржуазии и ее пособников, кричащих о развале, пророчащих гибель большевистского правительства. «Ушедшие товарищи поступили как «дезертиры», — припечатывал Ленин «отколовшихся» и заявлял: «…Никаким ультиматумам интеллигентских группок, за коими массы не стоят, за коими на деле стоят только корниловцы, савинковцы, юнкера и пр., мы не подчинимся». Ленин сам назовет потом эту полемику в печати со стороны ЦК «крайне ожесточенной», будет поминать и в 1920 году факт демонстративного ухода «пятерки», как ошибку, поучительную для других компартий.
29 ноября в ЦК обсуждалось заявление Рыкова, Каменева, Милютина и Ногина об обратном приеме их в ЦК партии. В этом им было отказано по инициативе Ленина.
Звезда Ногина закатилась быстро. Вернувшись из Петрограда, он решил расстаться с председательствованием в Моссовете, не дожидаясь, пока ему накидают надуманных упреков и обидных поучений. Ему ли было не знать партийные обычаи? Его отчет Московскому Совету 9 ноября 1917 года, в котором он подробно осветил октябрьские проблемы Москвы, был воспринят еще прохладно-доброжелательно. Но когда, 13 ноября, в связи с объединением Советов рабочих и солдатских депутатов в МК партии, заговорили об их едином руководителе, фигуры В.П. Ногина и А.И. Рыкова неожиданно вызвали возражения. Впрочем, такие ли уж неожиданные?
И.А. Пятницкий заявил, что Московская большевистская организация должна выразить им порицание за выступление, которое дало повод говорить о расколе в партии. Р.С. Землячка настойчиво обращала внимание на «существующее мнение» о необходимости исключить их из организации. Желание отлучить Ногина от партийной и советской деятельности нашло откровенных сторонников, не стеснявшихся присутствия самого В.П. Ногина. Ему ставилось в вину то, что исполком Московского Совета часто не разделял точку зрения МК партии, а, значит, и не выражал мнение масс (М.Ф. Владимирский, А.А. Сольц, Г.Я. Беленький). М.М. Костеловская взялась, кроме того, доказать, что Ногин не пользуется популярностью в Совете, отчего он не был даже избран в Московский ВРК. Был тут же изобретен ярлык: «Работа тов. Ногина в нашей организации уже давно была больным местом».
Однако у В.П. Ногина было немало и защитников. «В Совете рабочих депутатов тов. Ногин работал с начала революции и пользуется большим влиянием» (Е.Н. Игнатов); «С чисто деловой точки зрения оставление тов. Ногина на посту председателя необходимо» (М.В. Буровцев); «Совет рабочих депутатов питает к тов. Ногину доверие, а потому, сменять его нельзя» (А.С. Борщевский). Правда, сил поддержки оказалось меньше. Это не удивительно: явно выраженное начальственное недовольство сыграло свою роль. И хотя голосов в его пользу подано было мало, прозвучало предложение послать его все-таки в Совет, если он публично заявит о своем возвращении в ЦК. На это тут же отреагировала бурно Розалия Землячка (наст. Залкинд): «Не надо посылать Ногина в Совет!» Большинством голосов на пост главы Совета был рекомендован М.Н. Покровский.
11 ноября 1917 года Ногин был назначен комиссаром труда г. Москвы и губернии, с апреля 1918 года он стал заместителем наркома труда, а затем членом Президиума ВСНХ. В этом качестве Ногин весной 1920 года ездил с Л.Б. Красиным в Англию для завязывания необходимых российским текстильщикам связей.
В конце 1923 года он снова выехал за границу, на этот раз в США по тем же хлопковым делам. Проделал за короткое время огромную работу, а когда в декабре собрался домой, почувствовал себя плохо. Донимала головная боль, а также боли в желудке. Его еле уговорили лечь в госпиталь на обследование. Сделать его было крайне необходимо: чуть более года назад В.П. Ногину была сделана серьезная операция в Берлине — ему удалили желчный пузырь с камнем величиной немного меньше голубиного яйца. После выхода из американской лечебницы В.П. Ногин был потрясен вестью о смерти Ленина и заторопился домой в Москву.