В это же время на другом берегу Невы у костра сидит компания, состоящая из кликуш, беглых матросов, раскольников и прочих маргиналов. Разговор идет о Петре, которого считают Антихристом; толкуется Апокалипсис. Все надежды возлагаются на кроткого наследника — царевича Алексея.
Беседующие расходятся по домам. Старец Корнилий зовет своего ученика Тихона Запольского (тот — сын казненного Петром стрельца, прошедший весь обычный путь русского дворянина при царе-плотнике: насильное обучение, Навигацкая школа, заграница) бежать из Петербурга. Тихон вспоминает разговоры со своим немецким учителем Глюком, его беседы с генералом Брюсом о комментариях Ньютона к Апокалипсису. Глюк зовет Тихона в Стокгольм — дальше идти по пути Петра. Тихон выбирает Восток и уходит со старцем искать град Китеж.
Алексей посещает полубезумную царицу Марфу Матвеевну, вдову Федора Алексеевича. Здесь ему передают письма от насильно постриженной в монахини матери. Царевича уговаривают не сдаваться, ждать смерти отца.
Книга третья написана в форме дневника дамы Арнгейм — фрейлины жены царевича Шарлотты. Она — просвещенная немка, знакомая с Лейбницем. В своем дневнике она пытается понять, как может сочетаться в русском царе дикое варварство с стремлением к европеизации. Арнгейм рассказывает о странном нраве Петра, о том, как строился Петербург; пишет об отношениях царевича с нелюбимой женой. В дневник включено описание смерти и похорон Марфы Матвеевны — последней русской царицы. Новая Россия хоронит старую, Петербург — Москву.
Приводится и дневник самого Алексея, в котором он сокрушается о подмене православия лютеранством, комментирует петровские указы, пишет о положении церкви при Петре-Антихристе.
Несмотря на предупреждение о начинающемся наводнении, Петр устраивает в доме Апраксина ассамблею. В самый разгар бесед с архимандритом Феодосием, призывающем закрыть монастыри и уничтожить иконопочитание с разными ересиархами и прочими ненавистниками православия, в дом врывается вода. Петр участвует в спасении людей. Проведя много времени в холодной воде, парь сильно простужается. Ходят слухи, что он при смерти. К царевичу, наследнику, то и дело являются разные чиновники с уверениями в своей лояльности. О. Яков Игнатьев настаивает, чтобы Алексей не отступался.
Царь выздоравливает; ему известно все о поведении сына во время болезни. На исповеди духовник Алексея о. Яков отпускает царевичу грех желания смерти отцу, но сам Алексей чувствует, что церковь зависит от политики; его совесть нечиста. Петр гневается на сына, грозит лишением наследства. Алексей просит отправить его в монастырь, но Петр понимает, что это не решит проблему: он предлагает сыну либо «исправиться», либо грозит «отсечь, как уд гангренный».
Петр за границей; Алексей тем временем едет в Москву, бродит по заброшенному Кремлю, вспоминает свое детство, историю взаимоотношений с отцом, свои чувства к нему — от любви до ненависти и ужаса. Во сне он видит себя идущего вместе с Христом, и целое полчище Антихриста с отцом во главе. Алексей понимает, что видит Поклонение мира Зверю, Блуднице и Хаму Грядущему.
Петр вызывает сына к себе в Копенгаген; тот едет, но по дороге решает бежать и сворачивает в Италию, где вместе со своей любовницей Евфросиньей живет под покровительством австрийского цесаря, скрываясь от отца. В Неаполе Алексей пишет сенаторам в Петербург подметные письма против Петра. В своей любовнице Алексей вдруг признает древнюю Венеру — Белую Дьяволицу. Напуганный, он тем не менее решается поклониться ей.
Петр посылает в Италию «российского Макиавеля» Петра Толстого и графа Румянцева. Те угрозами и обещаниями добиваются того, что Алексей вернется домой. В письме отца ему гарантировано полное прощение.
Петр в зените славы. Его мечта — осуществить Лейбницеву идею: сделать Россию связующим звеном между Европой и Китаем. Дневник его напоминает своей смелостью дневник Леонардо да Винчи.
Узнав, что сын возвращается, царь долго колеблется, как с ним поступить: казнить Алексея — значит погубить себя, простить — погубить Россию. Петр выбирает Россию.
Петр лишает сына права престолонаследия. Он напоминает Алексею о связях с опальной матерью, о подготовке бунта. Алексей воспринимает отца как явленного Антихриста. Петр хватает всех причастных к делу Алексея, пытками вынуждает к признаниям; следуют массовые казни. Новый архиерей Феофан Прокопович произносит проповедь «О власти и чести царской». Алексей с горечью выслушивает голос совершенно подавленной государством-Петром церкви. Ларион Докукин вновь выступает против Петра, на этот раз открыто. Петр устало возражает ему, затем велит арестовать.
Книга девятая, «Красная Смерть», повествует о жизни юноши Тихона в раскольничьем скиту. Скитница Софья призывает Тихона к самосожжению; сквозь лик Софии Премудрости Божией проглядывает и соблазнительный лик земной. В одном из разговоров некий старец говорит, что Антихрист еще не Петр — настоящий возьмет Божий престол любовью и лаской и тогда будет страшен.
Тихон присутствует на раскольничьем «братском сходе». Отцы ругаются из-за обрядов «точно так же, как во времена Юлиана Отступника на церковных соборах при дворе византийских императоров». Спорящих усмиряет только известие о том, что к деревне идет «команда» — громить раскольников. Скит собирается устроить массовое самосожжение. Тихон пытается уйти от него, но Софья, отдавшись юноше, уговаривает его принять Красную Смерть. При пожаре старец Корнилий уходит из пламени через подземный ход, забрав с собой и Тихона. Тот, разочарованный лицемерием старца, бежит синего.
Царевич Алексей предчувствует скорую смерть, много пьет, боится отца и одновременно надеется на прощение. На очередном допросе выясняется, что Евфросинья, любовница Алексея, предала его. Взбешенный этой изменой и тем, что их новорожденный ребенок, очевидно, умерщвлен по приказанию Петра, Алексей признается в том, что замышлял бунт против отца. Петр жестоко избивает сына. Церковь не препятствует будущей казни Алексея; царь понимает, что вся ответственность — на нем.
На суде Алексей называет отца клятвопреступником, Антихристом и проклинает его. Затем, под пытками, подписывает все обвинения против себя. Его пытают дальше, особенно жесток сам Петр. Еще до официальной казни Алексей умирает от пыток.
Петр плывет по штормовому морю, ему кажется, что волны — кроваво-красного цвета. Тем не менее он остается тверд: «Не бойся! — говорит он кормчему. — Крепок наш новый корабль — выдержит бурю. С нами Бог!»
Тихон Запольский, уйдя от старца, становится членом еретической секты, учение которой похоже на язычество, а обряды — на дионисические. Но юноша не выдерживает, когда на одном из радений должен быть убит невинный младенец. Тихон восстает, и лишь вмешательство солдат спасает его от расправы. Сектантов немилосердно казнят; Тихону даруется прощение; он живет у Феофана Прокоповича — библиотекарем. Слушая разговоры образованных гостей Феофана, юноша понимает, что и этот путь — просвещенной веры — ведет, скорее, к атеизму. Тихон уходит и отсюда и вместе с сектантами-бегунами попадает на Валаам. В какой-то момент он ощущает, что благочестивые монахи, с которыми он познакомился здесь, не способны объяснить ему все. Тихон уходит. В лесу, однако, ему встречается старичок Иванушка, одновременно апостол Иоанн. Он провозглашает Третий Завет — Царство Духа. Тихон, уверовавший, становится первым сыном новой церкви Иоанна, Грома Летящего и идет нести людям открывшийся ему свет. Последние слова в романе — восклицание Тихона: «Осанна! Антихриста победит Христос».