В конце апреля 1606 года в Москву прибыла Марина Мнишек, а 8 мая она была коронована царицей, приняв перед этим миропомазание «по греческому обряду», как символ перехода в православие. 9 мая, в Николин день, против всех традиций, начался многодневный свадебный пир, на котором к тому же угощали телятиной, едой в Московии «поганой». Прибывшие с Мариной поляки врывались в дома, грабили и насиловали, утверждая, что царь им не указ, так как они сами посадили его на трон.
14 мая Василий Шуйский собрал верных ему людей и решил в субботу ударить в набат, а потом под видом защиты царя от покушения начать бунт. Немцы, жившие в Москве и русского бунта справедливо опасавшиеся, Дмитрию об этом донесли, но он не обратил никакого внимания, а наоборот, даже пообещал наказать доносчиков. Дмитрия предупреждали о готовящемся бунте еще несколько раз, нот тот лишь отмахивался. Ночью Шуйский уменьшил немецкую охрану во дворце от ста до тридцати человек, открыл тюрьмы и выдал толпе оружие.
На рассвете 17 мая 1606 года ударили в набат на Ильинке, другие пономари, не зная, в чем дело, подхватили, а Шуйские, Голицын и Татищев въехали на Красную площадь в сопровождении двухсот верных людей, с криками, что «литва» пытается убить царя. Возбужденные москвичи кинулись убивать и грабить поляков.
Шуйский же въехал в Кремль и приказал верным ему людям «идти на злого еретика». Дмитрий проснулся и кинулся во дворец, где Шуйский сказал ему, что Москва горит. Царь собрался ехать на пожар, но в двери уже ломилась толпа, сметая ослабленную иностранную охрану. Басманов, последний оставшийся с Дмитрием, открыл окно и попытался выяснить, что происходит, но ему крикнули: «Отдай нам твоего вора, тогда поговоришь с нами».
Дмитрий вырвал у одного из стражников алебарду, открыл дверь и стал кричать: «Прочь! Я вам не Борис!» Басманов спустился на крыльцо, пытаясь уговорить толпу разойтись, но Татищев ударил его ножом в сердце.
Дмитрий, поняв, что все чересчур серьезно, дверь запер и попытался, перебравшись через окно на стоящие у дворца ремонтные леса, спуститься вниз и смешаться с толпой, но сорвался и упал. Его нашли стрельцы: царь был без сознания, с вывихнутой ногой и разбитой грудью. Очнувшись, он пообещал стрельцам боярство и имущество бунтовщиков. Они внесли его назад в палаты и стали держать оборону. Заговорщики принялись пугать стрельцов, что истребят их жен и детей, если те не выдадут «вора». Стрельцы захотели еще раз услышать подтверждение Марфы Нагой, что царь настоящий, а если нет — «то Бог в нем волен».
Пока гонец Иван Голицын ездил к Марфе за ответом, заговорщики все-таки добрались до Дмитрия, сорвали с него царское платье, нарядили в лохмотья и потребовали сказать, кто его отец. Он же твердил, что отец его Иван Грозный, и слова его матери, Нагой, тому порукой. Но заговорщики снова повторяли свой вопрос, дергали Дмитрия за уши и тыкали пальцами в глаза.
Наконец Голицын вернулся и крикнул, что Марфа говорит: ее сына убили в Угличе, после чего боярский сын Григорий Валуев сказал: «Что толковать с еретиком: вот я благословлю польского свистуна!» — и выстрелил в Дмитрия. Окружающие тут же добили царя мечами и алебардами.
Затем тела Дмитрия и Басманова через Фроловские (Спасские) ворота выволокли на Красную площадь, где сорвали с них одежду. Поравнявшись с Вознесенским монастырем, вновь толпа потребовала ответа от Нагой — ее ли это сын. Та коротко ответила: «Не мой». Затем день тела лежали в грязи посреди рынка. На второй день принесли стол, и Дмитрия положили на стол, водрузив ему на лицо маску, что он готовил к карнавалу, а в рот вставив дудку. Басманова же бросили под стол. Три дня тела посыпали песком, мазали дегтем и «всякой мерзостью».
Многие москвичи, видя это, плакали, и Шуйский тут же включил контрпропаганду. Было объявлено, что маска — это и есть та «харя», которой Лжедмитрий поклонялся, и тут же на рынке стали зачитываться «грамоты» о жизни Отрепьева в монастыре. А в Углич отправили срочно созданную комиссию по канонизации царевича Дмитрия для обретения его мощей.
Затем Басманова похоронили у церкви Николы Мокрого, а Дмитрия на кладбище для упившихся или замерзших, за Серпуховскими воротами.
И тут же многие москвичи стали видеть, что мертвый Дмитрий ходит по городу, а над его могилой по ночам светятся огоньки. Ударившие тут же морозы, которые погубили траву на полях и посеянное зерно, убедили народ в истинности этих видений и в том, что расстрига явно колдует и после смерти. После такого предвестья голода над его могилой стали уже слышать бубны и дудки.