Как только опасность миновала, все заговорщики были Иваном казнены. В самом начале своего царствования он ощутил, что такое бунт и что такое стоять лицом к лицу с разгневанным народом. И все его правление прошло с желанием избежать повтора этой ситуации. Иван стал проводить реформы, одни из которых вели к большей централизации государства, другие же увеличивали свободы народа: было отменено кормление, подтверждено право свободного переходя крестьян, крестьянским общинам было дано право самоуправления. Стрельцы были все вооружены огнестрельным оружием, что делало русскую армию самой грозной в Европе, где часть пехотинцев (пикинеры) в то время имела только холодное оружие. Начал теснить Иван и древнюю родовую знать, издав «Приговор о местничестве».
Все эти реформы требовали большой воли их вершителя, а также беспрекословного подчинения знати. Правил Иван вместе с так называемой «Избранной радой» — неким неформальным правительством.
Но многие из бояр, входивших в этот узкий кружок, хотя и не были против реформ, говорили царю, что не стоит проводить их такими быстрыми темпами. Со временем и увеличением перемен сопротивление рады возросло, и Иван, уже не желавший слушать иного мнения, в 1560 году отправив нескольких ее членов в опалу, фактически прекратил ее деятельность.
Сдерживающих факторов для характера Ивана не осталось, и в среде знати начались волнения: все больше бояр бежали за границу. Дважды, например, пытался бежать за рубеж и дважды был прощен И. Д. Бельский, были пойманы при попытке к бегству и прощены князья В. М. Глинский и И. В. Шереметев. Зимой 1563 года перебежали к полякам боярин Колычев, Т. Пухов-Тетерин, М. Сарохозин. В апреле 1564 года в Польшу перебежал Андрей Курбский… Покидали Русь и еще десятки знатных людей, что, понятно, не добавляло в ее пределах порядка и спокойствия. И не улучшало настроение Ивана. Начались казни. Поводом для них могло послужить что угодно: Юрий Кашин был казнен за отказ плясать на пиру в скоморошьей маске, Дмитрий Оболенский-Овчина — за то, что попрекнул Федора Басманова его гомосексуальной связью с царем, а известный воевода Никита Васильевич Шереметев — за ссору с Басмановым.
Между тем собравшиеся в рубежах Литвы и Польши бояре хотели вернуться на родину и, понимая, что такое возможно лишь с исчезновением Грозного, начали готовить вооруженный поход на Москву.
В декабре 1564 года была предпринята попытка вооруженного мятежа против царя, которая весьма испугала Ивана. 3 декабря царь вместе с семьей внезапно выехал из столицы на богомолье, прихватив с собой казну, личную библиотеку, иконы и символы власти. Посетив село Коломенское, он не стал возвращаться в Москву, вместо этого, проскитавшись несколько недель, остановился в Александровской слободе нынешней Владимирской области. А 3 января 1565 года он отправил в Москву гонца с известием, что от престола по причине гнева на бояр, церковных, воеводских и приказных людей он отрекается.
В Москве началась паника: какой бы ни был царь, но оказаться в «обесгосударенной» стране было, по мнению тогдашних россиян, еще хуже. Уже через два дня в Александровскую слободу прибыла делегация, которая уговорила Ивана вернуться на царство.
Появившись в начале февраля 1565 года в Москве, Иван объявил, что принимает на себя царские обязанности лишь с тем условием, что может казнить изменников, налагать на них опалу, лишать имущества «без докуки и печалований» со стороны духовенства, а также учредит в государстве опричнину. Слово «опричнина» происходит от древнерусского «опричь», то есть «кроме» или «особый». Еще так называлась вдовья доля, выделяемая после смерти князя его вдове.
Естественно, условия Ивана были приняты.
Страна была разделена на две части: «Государеву светлость опричнину» и земство. В опричнину попали, в основном, северо-восточные русские земли, а ее центром стала Александровская слобода.
Но опричнина мало кому нравилась: члены Земского собора 1566 года подали челобитную об ее отмене, собрав под ней 300 подписей. Все подписавшиеся тут же оказались в тюрьме, большинство, впрочем, по заступничеству митрополита Филиппа отпустили. Но, тем не менее, пятьдесят из них подвергли «торговой казни» — битью кнутом на площади, нескольким урезали языки, а троих обезглавили.
Иван сформировал отряд в 1000 человек, отобранных из опричных уездов. Они принесли клятву на верность царю и обязались не общаться с земскими. Позже число опричников достигло 6000 человек. Также в опричное войско были включены отряды стрельцов с опричных территорий.