Даже в воздухе, по воспоминаниям современников, витало ощущение страха. Но митрополит московский Филипп, изначально возражавший против введения опричнины, сумел на некоторое время утихомирить царя.
Вернувшись зимой 1568 года из первого ливонского похода, где он узнал о переписке польского короля Сигизмунда и бояр, Иван начал новую волну террора. Филипп сначала беседовал с царем с глазу на глаз, пытаясь прекратить убийства, но Иван начал просто избегать Филиппа, и тот был вынужден начать проповедовать о нехристианском поведении государя с амвона. 22 марта 1568 года в Успенском соборе Кремля, когда Иван вместе с опричниками пришел на богослужение в черных ризах и высоких монашеских шапках, а после литургии подошел к Филиппу за благословением, тот обратился к нему с обличительной речью:
«В сем виде, в сем одеянии странном не узнаю Царя Православного; не узнаю и в делах Царства… О Государь! Мы здесь приносим жертвы Богу, а за олтарем льется невинная кровь Христианская. Отколе солнце сияет на небе, не видано, не слыхано, чтобы Цари благочестивые возмущали собственную Державу столь ужасно! В самых неверных, языческих Царствах есть закон и правда, есть милосердие к людям — а в России нет их! Достояние и жизнь граждан не имеют защиты. Везде грабежи, везде убийства и совершаются именем Царским! Ты высок на троне; но есть Всевышний, Судия наш и твой. Как предстанешь на суд Его? Обагренный кровию невинных, оглушаемый воплем их муки? Ибо самые камни под ногами твоими вопиют о мести!..»
Иван в ответ «ударил своим жезлом оземь и сказал: „Я был слишком милостив к тебе, митрополит, к твоим сообщникам в моей стране, но я заставлю вас жаловаться“». На следующий день аресты и казни продолжились и затронули уже и окружение митрополита. Филипп в знак протеста переехал из Кремля в один из московских монастырей. Но Иван, опасаясь народного гнева, трогать митрополита пока боялся.
28 июля, когда Филипп служил в Новодевичьем монастыре, он заметил, что один из опричников во время чтения Евангелия не снял шапки. Филипп сказал об этом царю, но опричник быстро шапку сдернул, и Иван, не увидев никого в головном уборе, разозлился и назвал митрополита «лжецом, мятежником, злодеем». Поняв, что в одной стране им не ужиться, он отдал приказ о подготовке над Филиппом церковного суда, с целью сместить его с должности по закону. Суд состоялся в ноябре, но представленное обвинение было настолько слабым и абсурдным, что некоторые из «свидетелей», несмотря на страх перед государем, даже отказались его подписывать.
Филипп, видя, к чему идет дело, заявил: «Лучше мне принять безвинно мучение и смерть, нежели быть митрополитом при таких мучительствах и беззакониях!» — после чего сам сложил сан. Но Грозный не принял этого и велел ему служить в день архангела Михаила в Успенском соборе. И уже на службе Басманов громогласно объявил о лишении митрополита сана. Тут же опричники сняли с Филиппа святительское облачение, одели в разодранную монашескую рясу и изгнали «из церкви яко злодея и посадиша на дровни, везуще вне града ругающеся… и метлами биюще».
Иван хотел Филиппа сжечь, но духовенство упросило его этого не делать, и бывший митрополит был осужден на вечное заключение. Его ноги забили в деревянные колодки, руки заковали в железные кандалы и содержали в монастыре Николы Старого, где морили голодом. Иван же, казнив племянника святителя, прислал Филиппу голову, зашитую в кожаный мешок: «Вот твой сродник, не помогли ему твои чары». Вскоре митрополит был сослан в Тверь, но Грозный все не мог успокоиться и одного за одним казнил его родственников.
А через год к Филиппу приехал Малюта Скуратов и попросил благословения на новгородский поход: царь подозревал, что Новгород хочет отложиться к Польше. Филипп отказал, и Малюта задушил его подушкой. Понятно, что убийство столь видного человека могло быть санкционировано только царем.
Новгородский же поход закончился заключением тамошнего епископа Пимена, возглавлявшего, кстати, суд над Филиппом, и массовыми убийствами: Иван велел обливать новгородцев зажигательной смесью и затем, обгорелых и еще живых, сбрасывать в Волхов. По свидетельству очевидцев, от обилия мертвых тел река вышла из берегов. Современные ученые считают, что было убито до 15 000 человек, включая младенцев, при общем населении тогдашнего Новгорода в 30 000 человек. Только в одной из могил, где хоронили утопленных в Волхове, археологами было обнаружено 10 000 останков.