В своей маскировке автоботы интегрировались в общество людей; Поезд команды Пуля работал как поезда, Икс-Броун находился в собственности как машина Келлти, а Оптимус Прайм работал в пожарной службе. Это продолжалось после того как они стали частью публики; Проул и Тоулайн показали соблюдение человеческих законов в официальном качестве, так, что можно предположить, что у автоботов были официальные связи с человеческими властями.
Известно, что Оптимус боролся с предаконами в других мирах, по-видимому используя ту же тактику, как на Земле.
Юникрон (трилогия)
Первоначально автоботы были не фракцией, а миротворческой организацией под командованием Оптимуса Прайма, они защищали Кибер-сити. Их штабы были украшены девизом: «Истина - Юстиция - Свобода». Они не могли остановить мини-кона, приводившего в движение десептиконов после взятия Кибер-сити, и за миллионы лет они были сведены к повстанческой организации, отчаянно пытаясь защитить Кибертрон, но понимая, что не в состоянии сделать это. Реактивация мини-конов на Земле дала возможность автоботам получить их силу, но окончательно десептиконы были разбиты не ими, но в связи с нападением Юникрона.
В течение всей трилогии Юникрона автоботы включали мотивы после каждого крупного конфликта. Сначала они пытались освободить меньших роботов, названных мини-конами, от тиранического контроля Мегатрона, который воспринимал их как инструменты для использования и утилизации, когда они больше не нужны. Автоботы последовали за кораблём мини-конов к Земле, где они потерпели крушение и продолжили свою битву против десептиконов (это произошло около 2 миллионов лет спустя. Вот так Мегатрон может быть злопамятным).
Эти обе стороны должны объединиться, чтобы уничтожить Юникрона, приносящего Хаос, когда он пытается поглотить Кибертрон. При Мегатроне, пожертвовавшим собой, чтобы спасти остальную часть Вселенной, Юникрон был разрушен. Остальные трансформеры, объединившись как автоботы, следуя приказу Мегатрона, чтобы помочь им восстановить Кибертрон.
В конце концов Мегатрон приказал своим войскам ещё стоять: работать с автоботами. Десептиконы поддерживали определённую степень автономии, всё ещё нося символ фракции и часто занимая военные (защитные ) позиции в растущее числе колоний, добывающих энергон, но они предельно соответствовали Оптимусу Прайму и автоботам. Там, конечно, были инакомыслящие, большинство из которых захватили в плен и заключили в тюрьму. В течение десяти лет автоботы и десептиконы работали бок о бок в несколько устойчивом перемирии.
Снова обе стороны оказались объектом нападений со стороны Юникрона; орды террорконских дронов посланы Первым Квинтессоном украсть руду энергона, с помощью которой можно возродить ныне разрушенного Юникрона. Иностранец не мог рассчитывать на то, что искра Мегатрона выжила и перекачивала энергон из Юникрона. Вскоре лидер десептиконов возродился в новой форме, увёл Первого Квинтессона, наряду с составом элитных солдат и, казалось бы неиссякаемой поставкой глупых террорконских дронов, он начал придумывать новые планы завоевания.
Когда новость о возращении Мегатрона достигла Кибертрона, сотни десептиконов восстали, готовые вернуться к завоеваниям. Но будучи долго присоединённым к Юникрону Мегатрон познал вкус божественности и больше не имел интереса к накоплению армий войск, охватывавших галактику. Бесчисленные десептиконы погибли в сражениях с Мегатроном более чем готовым пожертвовать ими без мысли для достижения абсолютной власти. Как уже стало известно, Воины-Пауэрлинксы, - так они стали называть себя, - придя к их кульминации, Мегатрон обнаружил, что всё это время его действия и мысли находились под влиянием и контролем тёмной искры Юникрона. Не желая чтобы Юникрон стоял на его пути, Мегатрон в конечном счёте пожертвовал собой и по-видимому уничтожил искру Юникрона, погружая себя в недавно сформированное энергоном солнце, созданное Праймусом.
Спустя десять лет энергоновое солнце, созданное Праймусом, исчезло после того, как оно рухнуло в сингулярность Юникрона, чёрная дыра угрожает поглотить всё живое. Во время смерти желание Юникрона уничтожить противостоящего ему Праймуса было сильнее, чем когда-либо. Автоботы искали способ уничтожить чёрную дыру и пришли к единственному ответу; Омега Замок, могущественный артефакт, связан с искрой Праймуса. С его помощью Вселенная может быть сохранена... или разрушена. Увидев возможность восстановить по своему образу, Мегатрон начал искать Омега Замок и Кибер-ключи планеты. Поскольку обе стороны боролись за ключи, автоботы нашли все четыре и с их помощью возродили Праймуса, но при этом вызвали сильнейшее землетрясение. Которое начало разрушать планету вокруг них.