«С-13» пробыла в Ботническом заливе до 11 октября. Гитлеровцев так напугали действия советских подводников, что они перегородили, пролив Южный Кваркен, на охрану которого раньше и внимания не обращали, пятью линиями минных заграждений, подтянули сюда часть своих сил из Финского залива. Уже одно это можно было считать блестящим успехом экипажа «С-13».
Правда, с 22 сентября она уже не одна действовала в Ботнике. По соседству с ней появилась подводная лодка «С-9».
Обратный путь был трудным. Взбудораженный противник держал под постоянным наблюдением все фарватеры и проходы, которыми могли воспользоваться наши подводные лодки.
Ночью 15 октября «С-13» на западном гогландском плесе всплыла для зарядки аккумуляторной батареи. Здесь на нее напали вражеские корабли. Лодка быстро ушла под воду, но это не спасло ее от бомбежки. Поврежденная, она на глубине шестидесяти пяти метров ударилась о скалистый грунт и лишилась хода. Вражеские корабли еще долго бомбили ее, затем удалились.
Не всплывая с грунта, подводники устранили многие повреждения, полученные кораблем. Только с одним ничего не могли поделать: от близкого взрыва сгорел электромотор и оборвался вал привода вертикального руля. С огромным трудом удалось поставить руль в нейтральное положение. Дальше шли, управляясь главными электромоторами. Несмотря на все трудности, П. П. Маланченко сумел довести лодку до Лавенсари. К этому времени в аккумуляторах оставалось так мало энергии, что лампочки в отсеках едва светились.
Тем временем подводная лодка «С-9», форсировавшая Финский залив за рекордный срок — всего за сорок шесть часов, «охотилась» в Ботническом заливе. Первого успеха экипаж, возглавляемый капитан-лейтенантом А. И. Мыльниковым, добился 27 сентября. После полудня неподалеку от маяка Норшер подводники обнаружили четыре транспорта в охранении четырех сторожевых кораблей. Транспорты двигались строем уступа, то есть не в кильватерной колонне (друг за другом), как бывало чаще всего, а каждый следующий транспорт шел позади и несколько в стороне от своего впереди идущего соседа. Мыльников решил атаковать самый крупный из них, водоизмещением в десять — двенадцать тысяч тонн. В момент залпа лодка попала под таран другого транспорта. К счастью, киль вражеского судна только чуть коснулся корпуса лодки, отчего ее сильно тряхнуло. Одна из торпед попала в цель. Мыльников отошел от места атаки и поднял перископ. Было хорошо видно, как тонул транспорт, изрыгая клубы пара и черного дыма.
На следующий день лодка атаковала крупный танкер. Торпеда не попала. Тогда командир приказал всплыть. Сорок минут длилась погоня за удиравшим на всех парах судном. Когда дистанция сократилась до двух кабельтовов, лодка открыла огонь из стомиллиметрового орудия. Первые же снаряды разорвались в районе машинного отделения, и танкер заметно сбавил ход. Вскоре на нем загорелись надстройки. Команда спешно покинула судно, пересев на шлюпки. И, надо сказать, вовремя, ибо через некоторое время пылающий танкер взорвался и затонул.
Все складывалось хорошо, и вдруг — несчастье. Лодка заряжала аккумуляторы, когда налетели вражеские бомбардировщики. Во время срочного погружения неожиданно хлынула вода через верхний рубочный люк и стала затоплять центральный пост. Командир, оставаясь в рубке, помог задраить нижний рубочный люк. Это спасло корабль, но командир чуть не погиб: вода заполнила всю рубку, оставалась небольшая воздушная подушка под самым потолком. А лодка продолжала падать на глубину, пока в пятидесяти двух метрах от поверхности моря не ударилась о грунт. Вода залила аккумуляторную яму, начал выделяться хлор. Положение создалось трагическое. Но люди не пали духом. С огромным трудом продули балласт. Лодка всплыла. Из затопленной рубки вытащили командира. Он был без сознания. После долгих усилий привели его в чувство.
Осмотрев верхний рубочный люк, установили причину аварии: под крышку попала металлическая планка антенного стопора.
Через пять часов дружного труда удалось вернуть лодке способность погружаться и всплывать. Но последствия аварии оказались такими, что продолжать боевые действия было невозможно. Пришлось возвращаться в базу.
А в эти же дни из Финского залива выходила в просторы Балтики еще одна лодка третьего эшелона — «Д-2», которой командовал капитан 3 ранга Линденберг. Она пять суток форсировала Финский залив и чуть не погибла здесь. Севернее Гогланда лодка попала в сеть. Попытки вырваться из нее долго не давали результатов. И только ночью, продув весь балласт, лодка наконец всплыла. Четыре часа потребовалось, чтобы окончательно освободиться от сети. На корабле были повреждены надстройки, вертикальный руль, противоминные обводы (что особенно опасно при форсировании минных полей). И все-таки Линденберг решил продолжать поход. Он и его подчиненные действовали мужественно и умело. Западнее острова Борнхольм моряки «Декабриста» потопили два вражеских транспорта и сильно повредили железнодорожный паром «Дейчланд». Все морские перевозки в этом районе прекратились на несколько дней. Подводники успешно выполнили свою задачу.