В завоеванных городах Алексей Михайлович не спешил устанавливать свой суд, уважая местные традиции, и, в частности, удовлетворил челобитную жителей Могилева, желавших жить по магдебургскому праву, носить прежнюю одежду, не ходить на войну и проч. Во второй раз он приехал в Смоленск, чтобы прекратить мародерство и погромы.
Война с Польшей длилась до октября 1656 г., когда Россия, опасаясь чрезмерного усиления шведов, занявших Познань, Варшаву и Краков, заключила перемирие с поляками, начав военные действия против Карла X. В отличие от польской кампании, которая вернула России потерянный в Смуте Смоленск и позволила взять Полоцк и Вильну, русско-шведская война кончилась невыгодным миром в Кардисе в 1661 г., по которому царь уступил все ранее завоеван-рые местности. Эти невыгодные условия были связаны со смутами в присоединившейся к России Малороссии и новой войной с Польшей. После ощутимых поражений в 1659 г. под Конотопом и под Чудновом, России благодаря успешным действиям гетмана Брюховецкого и князя Рамодановского удалось, однако, «зять реванш. Внутренние беспорядки в Польше способствовали этому. В январе 1667 г. в деревне Андру-сово воюющие стороны заключили перемирие на 13 лет. По этому договору Россия получила Смоленск, Северскую землю, левую сторону Днепра и Киев на Два года. В период войны царь лично побывал в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, Вильне, познакомился с западными обычаями. Вернувшись в Москву, он начал вносить изменения в придворную обстановку. Во дворце появились обои (золотые кожи) К мебель немецкого и польского образца.
В 50—60 гг. происходят и важные изменения во внутренней жизни страны — реформа Церкви, вдохновителем которой был сам царь, а проводил ее на первых порах царский любимец патриарх Никон. В 1658 г. царь, ставший гораздо более самостоятельным и независимым, разошелся во взглядах с патриархом, который, оскорбленный государем, самовольно удалился из Москвы в подмосковный Воскресенский Новоиерусалимский монастырь. До 1666 г. церковь фактически оставалась без патриарха, что сильно мучило благочестивого царя. Затем Церковный собор с участием восточных иерархов лишил Никона сана и приговори^ к ссылке в Кирилло-Белозерский монастырь простым чернецом. Церковными делами стал заниматься сам государь.
Испытания, выпавшие на период царствования Алексея Михайловича: Медный бунт, восстание 1667 г., движение Стеньки Разина 1670 г., не изменили характер царя, не ожесточили его. Пожалуй, очень точно описал характер царя С. Ф. Платонов в очерке «Царь Алексей Михайлович».
«Сама наружность царя сразу говорила в его пользу и влекла к нему,— пишет историк.— В его живых голубых глазах светилась редкая доброта; взгляд этих глаз, по отзыву современника, никого не пугал, но добрял и обнадеживал. Лицо государя, полное и румяное, с русою бородой, было благодушно приветливо и в то же время серьезно и важно, а полная (потом чересчур полная) фигура его сохраняла величавую и чинную осанку. Однако царственный вид Алексея Михайловича ни в ком не будил страха: чувствовалось, что не личная гордость царя создала эту осанку, а сознание важности и святости сана, который Бог на него возложил».
Существуют положительные отзывы о царе иностранцев, и это особо показательно, если вспомнить, что их авторы вовсе не были друзьями или поклонниками Москвы. По-видимому, Алексей Михайлович всем, кто имел случай его узнать, казался светлой личностью, и всех удивлял своими достоинствами и приятностью. Такие впечатления современников подтверждаются письмами и посланиями самого царя.
В эпистолярном наследии Алексея Михайловича имеется все, что говорит читателю о необыкновенно восприимчивом и впечатлительном человеке. Его занимает и волнует все одинаково: и вопросы политики, и военные реляции, и смерть патриарха, и садоводство, и вопрос о том, как петь и служить в церкви, и соколиная охота, и театральные представления, и буйство пьяного монаха в его любимом монастыре.
Имеются упоминания о том, что Алексей Михайлович был человеком весьма вспыльчивым, но так же легко, как гцевался, царь умел прощать и мириться, если, конечно, государственные интересы не требовали длительной опалы или ссылки виновника царской немилости.
Всякое горе и беда живо трогали царя. Так, он утешал князя Никиту Ивановича Одоевского, когда у последнего внезапно умер сын. Князь был в Казани, и Алексей Михайлович послал ему письмо, где развивал мысль, что светлая кончина человека без страданий, «в добродетели и в покаянии добре», есть милость Господня, которой следует радоваться даже и в минуты естественного горя.