После победы над войсками Нигера Септимий Север начал войну с Парфянским царством и его вассалами. В это время началось восстание Альбина, которого поддерживала знать Испании и Галлии, но ему не удалось добиться поддержки в прирейнских областях, где армия осталась на стороне Севера. В битве при Лугдуне Альбина убили, а сторонников его затем казнили. Земли, конфискованные у них, перешли во владение императора.
Победа над Альбином явилась переломным пунктом в политике Севера. Он решительно выступил против римской знати. Он приказал объявить Коммода богом, а себя стал называть его братом, давая понять таким образом, что является династическим преемником Антонинов. Наследниками он объявил своих сыновей — Бассиана, который принял имя Антонина, и Гету. Это играло на руку тем кругам, которые хотели иметь независимых от сената императоров. В годы правления Септимия Севера в сенате получили перевес выходцы из восточных провинций и Африки. Их было теперь больше не только по сравнению с уроженцами западных провинций, но и по сравнению с италиками. Особым покровительством императора пользовались города Африки и дунайских провинций, многие из которых стали колониями и муниципиями. Александрия в годы его правления впервые получила городской совет, а главные города египетских номов — муниципальное устройство. Пытаясь поддержать город и предотвратить его упадок, Септимий Север приказал возвращать городам проданные земли после смерти их покупателей.
Но четырехлетняя гражданская война, в которой принимали участие практически все основные римские армии — сирийские, дунайские и галло-британские легионы, ослабила римские границы. Наиболее опасным было положение на востоке, где парфянский царь Вологез IV воспользовался благоприятной для него ситуацией и поддержал, как мы уже знаем, одного из претендентов на императорский престол — Песценния Нигера. Войска парфян стали вторгаться в союзную римлянам Армению и даже в провинцию Сирию, кроме этого, они угрожали римскому господству во всей Малой Азии.
В связи с этим Септимий Север вынужден был начать войну против Парфянского царства. С небольшими перерывами эта война продолжалась четыре года (195 — 198 гг.). Северу удалось отразить вторжение парфян и, кроме этого, он даже захватил всю Месопотамию, а также обе парфянские столицы - Селевкию и Ктесифон. Из захваченных земель была организована новая римская провинция Месопотамия. Это привело к тому, что Рим был ввязан в длительные войны с Аршакидами, а затем со сменившими их на царском престоле в Парфии Сасанидами.
После того как он укрепил внешние границы империи, Септимий Север приступил к укреплению института императорской власти. Им был организован четкий бюрократический аппарат, проведено реформирование армии — в этом Север видел решение главных проблем, которые стояли перед рабовладельческой империей начала III века. Его деятельность на посту императора (193 — 211 гг. н.э.) была направлена на укрепление основных принципов полной монархии. Отныне император являлся единственным источником власти, а его воля была высшим законом. Это привело к изменению юридического положения сената и магистрата, которые традиционно были носителями власти, вручаемой им народом. Теперь сенат не имел права издавать законы и выбирать магистратов: это было исключительным правом принцепса.
Кроме этого, Септимий Север направил свои усилия на укрепление фамилии. Он повторил закон о прелюбодеянии, а также поощрял фамильные культы, покровительствуя одновременно коллегиям «маленьких людей», которые по своей организации были близки к фамилии. Он усилил меры по розыску беглых рабов и борьбу с разбойниками. Для того, чтобы город тщательно следил за рабами, он стал привлекать к ответственности хозяев, рабы которых были осуждены за преступления. Он запретил самовольное введение налогов городскими магистратами, продажу за долги имений Малолетних владельцев, укрепил права патронов на труд вольноотпущенников, освободил от муниципальных повинностей членов ремесленных коллегий, что отвечало интересам средних и мелких землевладельцев и ремесленников.
Септимий Север сильно реформировал государственный аппарат. Отныне исчезли различия между традиционными, восходящими еще к временам республики, магистратурами (консулы, преторы и др.) и бюрократическими должностями. В годы его правления значительно был увеличен бюрократический аппарат. Умножались штаты старых и образовывались новые ведомства, расширялась компетенция чинов-ников, вплоть до наделения их высшими правами уголовной юрисдикции. Между различными категориями чиновников установилась строгая система подчинения различных титулов и рангов. В организацию государственного аппарата были внедрены структурные принципы, которые были характерны для римской армии. Это привело к милитаризации имперской бюрократии. Изменились функции префекта претория, которые теперь часто назначались из числа опытных юристов. Такие известные римские юристы как Папиниан, Павел, Ульпиан были префектами претория при Севере и его преемниках. Таким образом, из командующего императорской гвардии, префекты стали ближайшими помощниками императора по управлению империей. Они вели наблюдение за работой бюрократии и ходом государственных дел. Кроме этого, возросла роль государственного совета, в состав которого теперь входили не только друзья и приближенные императора, но и начальники общеимперских ведомств. Именно в составе принцепса, а не в сенате, который превратился отныне в почетный орган, решались важнейшие государственные вопросы.
Но Септимий Север, который встретил жесткую оппозицию в сенате в начале своего правления, не оставил без внимания этот государственный орган: часть сенаторов по подозрению в оппозиционности была казнена или сослана, а состав сената был пополнен сторонниками Севера, главным образом из военных и выходцев из восточных провинций и Африки.
Завершилась организация провинциальной администрации. Теперь ее штаты и компетенция были намного расширены, для контроля за управлением в отдельных городах назначались особые императорские наблюдатели — кураторы. В то же время сама Италия, в которой Север поставил один из трех образованных им легионов под командой префекта из всадников, стала по положению близка к обычной провинции. Все это вызывало ярость среди аристократии и только энергичная борьба Севера с народными движениями примиряла с ним сенаторов. Следует отметить, однако, что репрессии мало помогали и число «разбойников» постоянно росло, особенно были заметны их предводители — Клавдий, который действовал в Палестине и Булла Счастливый, приводивший в ужас богачей в самой Италии, о его храбрости, неуловимости, благородстве слагались легенды. Казалось, поймать его невозможно, но его все же удалось схватить из-за предательства его возлюбленной.
Основные свои усилия Септимий Север направлял на повышение боеспособности и оздоровление обстановки в римской армии. К концу II века в армии возникло недовольство тяжелым положением легионеров и значительным падением престижа этого, ранее почетного и выгодного, звания. В течение двадцати лет тяжелой службы легионер не мог приобретать имущество, иметь семью: он получал лишь небольшое жалование и был практически исключен из нормальной общественной жизни. По установленной еще при императоре Августе системе, рядовые легионарии, даже самые талантливые, не имели возможностей получить старших и высших командных постов, на которые назначались лишь представители аристократии. Все это привело к тому, что добровольцев для службы в легионах становилось все меньше и меньше.
Септимий Север своими реформами хотел решить эти проблемы. В первую очередь он собирался повысить престиж военной службы: так было увеличено жалование легионариям и преторианцам. Воины получили официальное разрешение приобретать землю и вступать в законный брак. Была усовершенствована система повышений, по которой должность первого центуриона (примипила), до которой мог дослужиться рядовой легионер, была объявлена всаднической. Отсюда следовало, что рядовой солдат, вступив таким образом в высшее сословие, мог сделать карьеру вплоть до командира легиона и командующего армией.
Подверглась реформированию и преторианская гвардия, которая продолжала играть значительную роль в жизни императорского двора. Теперь она комплектовалась не из узкой группы привилегированных жителей Италии, а из лучших воинов всех легионов.