Периодизация. История Древней Месопотамии обнимает несколько тысячелетий и традиционно делится в науке на ряд эпох — доисторических: Убейд (VI–IV тысячелетия до н. э.); Урук (IV тысячелетие до н. э.); Джемдет-Наср (рубеж IV–III тысячелетий до н. э.); и исторических: Раннединастический период с тремя подпериодами (XXX–XXIV вв. до н. э.); эпоха первых деспотий — Аккадской и Урской (XXIV–XXI вв. до н. э.); Старовавилонский-Староассирийский (XX–XVI вв. до н. э.), Средневавилонский-Среднеассирийский (XVI/XV–XII/XI вв. до н. э.) и Новоассирийский (X–VII вв. до н. э.) — Нововавилонский (XII–VI вв. до н. э.) периоды, с некоторыми несовпадениями в периодизации Вавилонии и Ассирии; наконец, Младовавилонский период (VI/V в. до н. э. — рубеж эр), когда Месопотамия входила в состав иноземных империй. Ниже эти периоды подразделяются на три больших этапа: доистория (до начала Раннединастического периода), ранняя древность (от Раннединастического до начала Новоассирийского периода, III-II тысячелетия до н. э.) и поздняя древность (Новоассирийский период и далее, I тысячелетие до н. э.).
Время от первого заселения Нижней Месопотамии и до начала IV тысячелетия до н. э. выделяется сейчас как время становления и развития так называемой убейдской археологической культуры (названной по поселению эль-Убейд в Ираке). Ее носители вплотную подошли к созданию цивилизации: они строили города и храмы, но так и не открыли письменности. Убейдская культура охватывала всю Месопотамию и ее восточную окраину. Вопрос об этносе убейдцев не решен до конца.
Большая часть IV тысячелетия до н. э. образует эпоху так называемой культуры Урук (характерные для нее памятники обнаружены в городище Урук), отличающейся от убейдской культуры и керамикой, и погребениями. Кроме того, для культуры Урук характерны первые памятники месопотамской письменности — это глиняные хозяйственные документы, представляющие наиболее раннюю, пиктографическую (рисуночную) стадию письма на шумерском языке. Архив этих документов найден на самом городище Урук. Таким образом, носители культуры Урук были шумерами.
Но кем были носители предшествующей, убейдской культуры? Многие авторы считают и их шумерами. Однако перемена керамических стилей и особенно характера погребений обычно связана с приходом нового этноса, а в шумерском языке обнаружены заимствования из какого-то более древнего языка — это термины ремесла и некоторые имена (в том числе имена богов, например Алалу, Кубаба, Забаба и др.). Такие имена были распространены у людей, живших к северу от Шумера, в стране, именовавшейся «Субар» (где тоже была распространена убейдская культура), а сами шумеры считали, что их история некогда началась с двух общин — «Эреду» (город, который шумеры полагали своим древнейшим поселением) и «Субар». Из всего этого, по-видимому, следует, что убейдская культура принадлежала особому дошумерскому народу, к языку которого относились упомянутые имена и термины. Шумеры же появились здесь лишь в начале IV тысячелетия до н. э., смешались с местным населением и ассимилировали его. В результате в Нижней Месопотамии началась эпоха Урук — первая эпоха шумерской истории, а к северу от нее продолжали существовать племена того же дошумерского этнического ареала. Шумеры называли их северный край «Субар», а население — «людьми субар»; а поскольку шумеры сохранили какую-то память о том, что их история в Месопотамии началась со смешения с тем же народом, они и рисовали эту историю как плод симбиоза собственно шумерского Эреду и «Субара», представлявшего аборигенов.
На исходе IV тысячелетия до н. э. или несколько позже в Месопотамию переселилась из Северной Аравии особая ветвь семитов — восточные семиты, получившие в науке название «аккадцев». Часть восточных семитов расселилась в северной половине территории, занятой шумерами (в результате этот регион получил особое шумерское название Ки-Ури), а часть — вне нее, на Среднем Тигре. От первой группы восточных семитов, смешавшейся с шумерами и в конце концов ассимилировавшей их всех, происходит народ вавилонян, а от второй — народ ассирийцев. Вавилонский и ассирийский языки — это разные диалекты восточносемитского (аккадского) языка, которые на рубеже III-II тысячелетий до н. э. обособились друг от друга.