Ни один центр не мог удержать гегемонии надолго. После «потопа» в Шумере существовало более десятка значительных городов-государств: Эреду, Ур, Урук, Лагаш, Умма, Ниппур, Киш и др. В первые века после «потопа» (примерно совпадающие со вторым этапом Раннединастического периода) гегемонию удерживал северный центр Киш. Возможно, его правители первыми приняли титул лугалей. Об одном из них, Этане (XXVIII в. до н. э.), сложилось предание, повествующее, как он на божественном орле успешно поднялся на небеса к богам, чтобы добыть себе «траву рождения» и обзавестись наследником. Один из его преемников, Эн-Менбарагеси, стал первым правителем, о котором мы знаем по его собственным памятникам. Он не только контролировал Шумер, но и совершал походы в край горцев-эламитов Юго-Западного Ирана.
Однако при его сыне Агге гегемонии Киша настал конец (ок. 2600 г. до н. э.). Как сообщает шумерский былинный эпос, Агга двинулся приводить к покорности южношумерский город Урук, где недавно получил власть непокорный ему эн Гильгамеш, сын эна Лугальбанды. Совет старейшин Урука готов был покориться, но народное собрание провозгласило Гильгамеша своим лугалем, т. е. признало над собой его личную власть помимо традиционных общинных институтов, и Урук оказал сопротивление. В итоге Агга попал в плен к Гильгамешу; тот пощадил соперника, но гегемония перешла от Киша к Уруку. Эта гегемония известна не только по эпосу, но и по документам архива из Шуруппака (время правления преемников Гильгамеша — XXVI в. до н. э.). Как явствует из них, урукские цари призывали на службу контингенты из одних зависимых от них царств и размещали их по другим зависимым царствам, по системе перекрестного контроля.
Сам Гильгамеш стал героем множества преданий. Согласно одному из них, он восходил на высокие Кедровые горы к востоку от Месопотамии и убил там демона кедров Хумбабу, врага людей (через несколько веков, в ходе развития традиции, место действия этого предания было перенесено в более знаменитые кедровые горы Ливана). По другим легендам, Гильгамеш открыто шел наперекор великим богам, добиваясь успеха, и даже овладел «травой бессмертия», желая сравняться с богами (по твердому представлению месопотамцев, бессмертие принадлежало только богам, а не людям, исключая пережившего Потоп Зиусудру — да и тот получил бессмертие лишь милостью бога, а не добыл сам). Однако на обратном пути «траву бессмертия» случайно съела змея, и Гильгамеш остался смертен. Общим мотивом для всех этих преданий является представление о том, что Гильгамеш желал и мог уподобляться богам. В первый же век по его смерти шумеры сочли, что он, как и его отец Лугальбанда, умерев, стал богом, и включили их обоих в список шумерских богов. Происхождение Гильгамеша тоже сочли божественным: его считали то сыном демона-инкуба и жрицы, то сыном Лугальбанды и богини Нинсун, заявляя, что он был «на две трети бог, на одну человек», более великий, чем все люди.
Ок. 2550 г. гегемонию у Урука перехватила династия Ура. Наиболее известным царем-гегемоном из Ура был Месанепада. В то время для Ура были характерны шахтные гробницы царей и уникальное погребение верховной жрицы-правительницы Пуаби; вместе с ней были похоронены десятки людей и животных, умерщвленных без всякого насилия; по-видимому, они были усыплены каким-то ядом и приняли его «добровольно-принудительно», смиряясь со своей судьбой и рассчитывая служить своей госпоже в загробном мире. Погребение Пуаби, как и уверенность в посмертной божественности Гильгамеша, показывают, что шумеры Раннединастического периода отделяли посмертную участь своих правителей (точнее, наиболее замечательных из них) от участи всех прочих людей: первые могли после смерти приобщиться к богам, вторые — нет.