Реформы изменили государственный культ и религию придворной элиты, пребывающей в изоляции в столице, но рядового населения, скорее всего, они мало коснулись. Реформа Эхнатона все в большей степени связывается с фигурой Аменхотепа III, достигшего прижизненного уподобления Солнцу и носившего эпитет «сияние Атона». Возможно, возвышая Атона, сын, в сущности, возвеличивал обожествленного отца, но в форме, не связанной с Амоном, т. е. «немифологической» (А.О. Большаков). Впрочем, мотивация реформ, как и сама личность Эхнатона, «первого…религиозного гения в истории» (Б.А. Тураев), все еще до конца не понятна. Реформа завершились неудачей, но не исключено, что ее отдаленное влияние (а именно наделение верховного божества царскими прерогативами) проявилось в истории конца Нового царства (см. ниже).
Реформа оставила след в современном изобразительном искусстве. Оно отмечено отходом от традиционных канонов, натурализмом, доведенным в ранних образцах (прежде всего в изображении самого Эхнатона) до крайности, позволяющей в новом художественном стиле одним видеть «гротеск», другим — «полемическую заостренность» (М.Э. Матье), третьим — род «натуралистического символизма» (выражающего тождественность царя богам плодородия с их андрогинностью). Художественный стиль Амарны, отражая, видимо, искания его создателей, претерпел разительные изменения: от крайне концептуально-догматической формы до реалистической. Пример последней являют скульптурные шедевры — прославленные изображения Нефертити и ее дочерей, найденные в так называемой мастерской скульптора Тутмоса в Ахетатоне.
История Египта двух «постэхнатоновских» десятилетий запутанна. В отсутствие у Эхнатона и Нефертити общих мужских потомков преемниками стали их зятья. Сначала Сменхкара (1338–1336 гг. до н. э.), супруг старшей царевны Меритатон (неясное происхождение которого породило много гипотез), затем Тутанхатон (1336–1327 гг. до н. э.), супруг царевны Анхсенпаатон (согласно одной из гипотез — сын Эхнатона от младшей царицы, Кии, или его сестры Сатамон). При этом фараоне, занявшем трон 10-летним ребенком, регентом и фактическим правителем стал Эйе — главнокомандующий и верховный сановник, один из знатнейших и ближайших к Эхнатону вельмож.
Фараон Эхнатон, царица Нефертити и царевна Меритатон поклоняются Атону. Стела из Ахетатона. XVIII династия. XIV в. до н. э. Каир, Египетский музей
Возвращение к старым порядкам началось почти сразу же. Ахетатон был покинут, двор перебрался в Мемфис. В Реставрационной стеле Тутанхамона сообщается, что из драгоценного электрона были отлиты статуи Амона, Птаха и других богов, их храмы «наполнены жрецами и слугами, жертвенники — приношениями». Теофорное окончание имен царя и царицы (-атон) подверглось замене на -амон, имя Атона повсеместно истреблялось. Фараон Тутанхамон снова стал любимым сыном бога Амона. Однако на девятом году правления, в возрасте 18 лет, он неожиданно умер и был погребен в скромной по размерам (предположительно не ему предназначавшейся) скальной гробнице в Долине царей, наполненной огромными ценностями, включая несколько золотых саркофагов и маску из литого золота, шедевры египетских ювелиров. Находка этой почти не потревоженной грабителями гробницы в 1922 г. X. Картером стала мировой сенсацией.
Вдова Тутанхамона Анхесенпаамон, пытаясь удержать трон, пошла на беспрецедентный шаг — отправила письмо Суппилулиумасу I, царю враждебного Египту хеттского государства: «Мой муж умер, и у меня нет сына. Говорят, у тебя много сыновей. Пришли мне одного из твоих сыновей, чтобы он стал моим мужем. Я не хочу брать в мужья одного из своих слуг…». Не без колебаний посланный в Египет хеттский царевич Цаннанцас был, однако, убит по дороге, что обострило отношения Египта и хеттов. Анхесенпаамон стала супругой престарелого Эйе (возможно, ее деда по материнской линии), который благодаря браку занял трон (1327–1323 гг. до н. э.). Вскоре она умерла, навсегда исчезнув из истории.
После краткого правления Эйе трон захватил следующий военачальник — Хоремхеб (1323–1295 гг. до н. э.), карьера которого также началась при Эхнатоне и достигла высот при его амарнских преемниках. Тем не менее в своем коронационном указе он говорит о себе как о ревностном восстановителе старых порядков: «Истребил он неправду в Обеих Землях, правда стала пребывать [на ее месте]…Страна стала как при своем начальном состоянии». При Хоремхебе имя «отступника из Ахетатона» исчезло из официальных документов, атоновские храмы начали разбирать. Позднее к его «царским годам» было причислено правление амарнских царей (Эхнатона, Сменхкара, Тутанхамона и даже Эйе) как «незаконных», так что в «царских списках» Хоремхеб следует сразу за Аменхотепом III. Вместе с тем им были предприняты попытки по защите немху (досл. «сирот») — незнатных, служилого слоя, составлявшего социальную опору Эхнатона. Царский двор теперь почти постоянно находился на севере, и Нижний Египет вступал в период своего расцвета. Особое значение это получило с началом новой полосы военной активности следующей XIX династии.