Представления о религиозных верованиях жителей хараппских городов строятся на анализе материальных источников и на аналогиях с более поздними культами Южной Азии. В настоящее время не представляется возможным говорить о существовании единой системы верований, единого пантеона, тем более единой жреческой организации. Однако некие общие черты, характерные для всего ареала распространения хараппской культуры, выделить можно.
Как и в большинстве древних обществ в обществе индских городов были широко распространены культы плодородия, о чем говорят многочисленные терракотовые фигурки с гипертрофированными половыми признаками. Есть основания предполагать существование культов растений (например, священного и для индуизма дерева агиваттха), культов животных (буйвола), возможно, традиций поклонения небесным светилам (в глиптике часто встречаются астральные символы).
Странные комбинированные зооморфные образы или антропоморфные создания с зооморфными чертами могут быть интерпретированы как боги или полубожественные персонажи. К ним можно отнести и рогатое существо, сидящее в йогической позе и окруженное с четырех сторон света животными (часто характеризуется как прото-Шива — прообраз одного из богов индуистского пантеона) или так называемую «богиню дерева» (женщина, помещенная в развилку дерева ашваттха). Многие существа из-за специфики материала и начертания практически не поддаются интерпретации.
Характер источников не позволяет уверенно говорить о существовании каких-либо традиций культовой архитектуры. Но некоторые исследователи склонны видеть в крупных строениях, располагавшихся в городских цитаделях, храмовые комплексы. Обнаруженный в цитадели Мохенджо-Даро бассейн по аналогии с индуистской традицией рассматривают как свидетельство существования практики культовых омовений.
Язык и письменность. Версии о языковой принадлежности носителей хараппской культуры строятся на анализе надписей на печатях. Работа по их дешифровке не завершена. Но даже окончательная дешифровка вряд ли приведет к ошеломляющим открытиям. Надписи лаконичны (10–20 знаков) и однотипны (предположительно, имя владельца печати и календарно-хронологические данные), среди них отсутствуют билингвы. Однако о ряде особенностей хараппского письма говорить можно. Очевидно, оно имело пиктографические истоки и являлось классическим вариантом иероглифики. Видимо, хараппская письменность автохтонна. Анализ надписей из разных областей дает основания предполагать существование единообразных орфографических норм во всем ареале распространения письменности. Надписи выполнялись на стеатите при помощи резца. После гибели Индской цивилизации система письма была утрачена.
Анализ надписей дает возможность делать некоторые выводы и о хараппском языке. Позиционно-статистический анализ текстов позволяет видеть в хараппском языке предка современных дравидийских языков. В настоящее время работа по его реконструкции строится на сопоставлении с живыми языками дравидийской семьи.
Археологический материал демонстрирует с начала II тысячелетия до н. э. упадок Хараппской культуры. Нет оснований говорить о некоей внезапной катастрофе как в силу данных археологии, так и по причине обширности территории, охваченной кризисом. Общая варваризация культуры выразилась в постепенном упадке городов, утрате ремесленных навыков (выходит из употребления металл, огрубляется керамика), исчезновении письменности и памятников искусства.
По всей вероятности, к гибели Хараппскую культуру привела совокупность причин: природные катаклизмы (наводнения), изменения природно-климатических условий региона (вырубка лесов, превращение в пустыни некоторых областей Северо-Западной Индии; сильный тектонический толчок, приведший к повышению уровня воды в Инде). В силу этих причин некоторые области стали попросту непригодны для ведения поливного земледелия. Не исключено проникновение на территорию Индии варварских племен через северо-западные границы. Наконец, свою роль могли сыграть определенные события политической истории, которая остается неизвестной.