Древнейшие следы неолита (редкая керамика, шлифованные каменные орудия, признаки пастушества) обнаружены в Западной Сахаре в VIII — начале VII тысячелетия до н. э. В самой долине неолит приходится на додинастический (т. е. предшествовавший I исторической династии царей) период (ок. 5500–3000 гг. до н. э.). Для него характерны процессы нилотизации (адаптации к оседлой жизни на берегах реки) и неолитизации (переходу к производящему хозяйству). Причины «запоздания» последней (в соседней Палестине земледелие и скотоводство известны с IX–VIII тысячелетий до н. э.), как и локализация исходных для нее очагов доместикации, продолжают историками обсуждаться.
Древнейшим развитым неолитическим поселением (до 16 (?) тыс. человек) на юге Дельты была Меримда Бени-Салама (60 км от Каира; 5000–4100 гг.). Его жители выращивали зерновые (эммер, ячмень), бобовые, лен, разводили овец, коз и свиней. Их погребения почти лишены инвентаря — особенность, характерная для всего Нижнего Египта. Для культурного комплекса Маади (р-н Каира; 4000–3200 гг. до н. э.), продвинувшегося далее в Дельту (Миншат Абу Омар, Теллъ элъ-Фараин (Бушо) и др.), кроме сельского хозяйства (земледелие, общинные (?) зернохранилища; скотоводство, одомашненный осел как средство переноски грузов), характерна развитая металлургия меди, а также общая «торговая» ориентированность экономики (связи с Передней Азией, Верхним Египтом). В целом, нижнеегипетские культуры, известные по периферии Дельты, предстают эгалитарными и изолированными, а с середины IV тысячелетия до н. э. обнаруживают нарастающее влияние верхнеегипетских культур, которые в конечном счете их ассимилировали.
Неолитические культуры Верхнего Египта обнаруживают большую преемственность. В самой ранней Фаюм А (ок. 5500/5000-4400 гг. до н. э.) скотоводство (козы, овцы, свиньи) и земледелие (ячмень, эммер, лен) уже являлись основой жизни. Культура Бадари (с 4500 г. до н. э.) известна по десяткам поселений и крупных некрополей (Бадари, Таса, Мостагедда, Матмар и др.), которые впервые обнаруживают «узнаваемые» элементы погребального культа. «Предметы роскоши» (медные бусины, гребни из слоновой кости, бирюза, раковины) говорят о расслоении общества, иной, чем в Дельте (статусной), ориентированности культа, а также о контактах культуры с «внешним» миром (Красным морем, Синаем, Югом). В начале IV тысячелетия до н. э. Бадари сменила ведущая верхнеегипетская культура Накада. Ее особенностью является динамичная экспансия из начального центра в районе Фив. В фазе Накада-1 (или Амра, ок. 4000–3500 гг. до н. э.) она достигает Абидоса и I порога; в Накаде-Н (или Герзе, ок. 3500–3200 гг. до н. э.) Дельты и Нубии (II порога). Для герзейского периода характерны новые технологии в производстве керамики, обработке камня, металлургии меди; в росписи керамики, стен погребений обозначается ключевой (неоднозначный в интерпретации) «герзейский» мотив — многовесельные серповидные ладьи. Главное явление этого периода — возникновение в Верхнем Египте крупных локальных центров (неизвестных в Дельте). Концентрация и дифференциация их сельского населения, а также специализация и средоточение в них ремесел, обмена натуральных продуктов стали определяющей ступенью структурной эволюции общества. В отличие от Шумера они не развились в самоуправляющиеся города-государства, но сыграли важную роль в процессе государствообразования.
Главными центрами были крупнейший додинастический город Иераконполь (греч. «Соколоград»; др. — егип. Нехен); Тин (Тинис) (др. — егип. Чени, вероятно, совр. Гирга, близ Абидоса) и Накада (др. — егип. Нубт, «(Город) золота»). На их элитарных некрополях появляются погребения с «символами власти» — каменными навершиями булав, жезлами, резными пластинами (палетками) с мотивами войны, охоты и прочим, цилиндрическими печатями. Выражая «идеологический базис» власти, они свидетельствуют о появлении локальных правителей — царей, контролировавших ранние «номовые» царства. Их объединяют в условную «династию 0», предшествующую историческим династиям Манефона. Борьба этих ранних царств за прямой контроль над торговыми путями (к оазисам, к Вади Хаммамат, на юг в Кустул и др.), за источники сырья в Восточной пустыне, за гегемонию над плодородной долиной с ее предельно ограниченной территорией (и, в конечном счете, ее объединение) была движущей силой и содержанием финальной (и плохо известной) фазы Накада-III (или преддинастической, ок. 3200–3000 гг. до н. э.).
Додинастический сосуд с ладьей. Период Накада II (Герзе). IV тысячелетие до н. э. Лондон, Музей Фл. Питри
Процесс объединения Египта не очень ясней, хотя моделей существует несколько («ирригационная», военная, торговая, экологическая, идеологическая, «продовольственная» и др.). За исключением первой (факт централизованного регулирования ирригации в рамках страны не подтверждается), они все содержат рациональное зерно. Очевидно, что процесс был поэтапным, длительным, в течение несколько поколений (?), и немирным.
Некоторый свет на него проливают две группы вотивных артефактов, обнаруженных более ста лет назад в храме Иераконполя. Первая — две церемониальные булавы царя Иераконполя Скорпиона: на них он первым изображен в двух коронах (порознь) — плоской красной и конической белой (здесь принадлежащих соответственно Накаде и Иераконполю, в дальнейшем части общеегипетской короны). Предположительно это свидетельствует о покорении Накады Иераконполем, соперничество которых впоследствии отразилось в базовом царском мифе о борьбе Сета и Хора, их городских богов-близнецов. В таком случае, Скорпион — первый правитель Верхнего Египта и первая историческая (т. е. письменно зафиксированная) личность.
Вторая группа — булава и знаменитая двусторонняя палетка царя Нармера (букв. «Свирепый сом»). Изображение на ней, согласно наиболее распространенной интерпретации, увековечивает покорение Дельты Нармером, царем Тиниса. Палетка Нармера, следовательно, свидетельствует о заключительной фазе объединения страны, а сам он предстает первым общеегипетским царем. Позднейшая (египетская и античная) традиция именует первого общеегипетского царя Мином (Менесом): скорее всего, это личное имя того же царя (или, согласно другой версии, его преемника сына Аха), «хоровым» (тронным) именем которого было Нармер. Первым царем, согласно оттискам найденных в Абидосе печатей, воспринимали Нармера и его современники.
Таким образом, между 3200–3000 гг. до н. э. в Египте в пределах гигантского речного бассейна сложилось древнейшее в мире государство, которое, согласно принятой типологии (И.М. Дьяконов, В.А. Якобсон), следует определить как территориальное. Особенность его «географической конфигурации» (последовательное, «по цепочке», расположение номов в долине) обеспечила его стабильность, исключительную длительность, а также в конечном счете обусловила выраженную деспотичность власти его царей сначала над отдельными «номами» Верхнего Египта, а позднее над страной в целом (И.М. Дьяконов).
Фундамент в основание государства заложила эпоха додинастики. Преддинастическая культура Верхнего Египта, распространившаяся на Дельту, сформировала его характерные особенности — политические, религиозные, художественные, которые будут определять его существование на протяжении последующих 3 тыс. лет. Преддинастические артефакты уже содержат узнаваемые черты царской иконографии: короны, типы одеяния; «бородку», отличающую царя от людей; символику власти (жезлы, сцены триумфа и ритуалов); «царские» божества (Хор и Хатхор); элементы канонического стиля в искусстве, а также начала письменности — главного изобретения и признака цивилизации.
Древнейший образец древнеегипетской (возможно, ближневосточной в целом) письменности обнаружен на костяных «бирках» (с названиями поместий, поставляющих продуктовые жертвы), найденных в абидосской гробнице, которые датируются примерно 3150 г. до н. э. Они выполнены примитивными, но узнаваемыми знаками-иероглифами, несомненно, имеющими фонетическое значение. Этот ранний вид письма получил название иероглифического (от греч. «священные вырезанные знаки»). В XXVII в. до н. э. появился его графически упрощенный вид, иератика (греч. «жреческое (письмо)»), в VII в. до н. э. — скорописная демотика (греч. «народное (письмо)»). Дешифровка письменности началась с билингвы — найденного в 1799 г. в Египте Розеттского камня с текстом декрета царя Птолемея V (II в. до н. э.) на греческом и древнеегипетском языках (иероглифами и демотикой). Начало дешифровке, в которой принимало участие много выдающихся ученых, было положено в 1822 г. Ж.-Ф. Шампольоном (1790–1832).