Гибель огромного флота вызвала в Константинополе возмущение против Василиска, который по возвращении вынужден был искать убежища в церкви. Страшную катастрофу приписывали интригам Аспара. Его обвиняли в том, что как варвар и арианин он сочувствовал вандалам и обещал Василиску царский престол, если тот погубит дело, во главе которого был поставлен. Между тем готы выдвинули требование объявить кесарем (наследником престола) сына Аспара Ардавура. Народ Константинополя, аристократы и монашество выступили против провозглашения арианина престолонаследником.
В 469 г. гунны вновь вторглись на Балканский полуостров. Византийская армия во главе с Аспаром нанесла им сокрушительный удар, но тем опаснее становился он сам и его готы. В 471 г. Лев заманил Аспара с сыновьями во дворец, и там по приказу императора Аспар и Ардавур были убиты. Последовавшая ожесточенная борьба между исаврийской и готской частями гвардии закончилась победой исавров. В 474 г. Зинон стал византийским императором.
Вместе с Зиноном в состав высшей знати проникает ряд вождей исаврийских кланов. Зинон создал гвардию из своих соплеменников, укомплектовал из них ряд новых военных частей и начал усиленный набор в византийскую армию армян, подданных империи. Представителей коренного населения в армии постепенно становилось больше, чем варваров.
Роль, которую племя исавров заняло в империи, вызвала резкое недовольство столичной аристократии и всех жителей Константинополя. Не говоря уже о крупных богатствах, которые сумели создать себе вожди исавров, сама Исаврия в целом была поставлена в особое положение, получая ежегодно из казны субсидию в полторы тысячи фунтов золота.
При дворе Зинона большим влиянием пользовались евнухи, особенно препозит священной опочивальни Урвикий, а также жена императора Ариадна и ее мать, вдова императора Льва, властолюбивая Верина. Она надеялась с помощью своего брата, неудачливого полководца Василиска, свергнуть исавров и посадить на престол своего интимного друга — сенатора Патрикия. Заговорщикам удалось захватить власть, но Василиск обманул Верину и сам стал императором (9 января 475 г.). Последовало страшное избиение исавров. Однако Василиск оказался неумелым правителем. Мятеж против него принял характер борьбы за православную веру, ибо Василиск начал поддерживать монофиситов. В августе 476 г. Зинон с войском беспрепятственно вернулся в столицу. Как раз в это время на Западе потерял престол последний западно-римский император Ромул Августул, свергнутый Одоакром. Раздираемая смутами Византия не приняла участия в судьбе Западной Римской империи.
В Египте, Сирии, частью в Палестине и Малой Азии население твердо держалось монофиситства. Строго православная политика обоих предшественников Зинона тяжело отражалась на восточных провинциях. Желая восстановить мир и единство церкви, патриарх Константинополя Акакий предложил Зинону встать на путь взаимных уступок. Император издал в 482 г. «Энотикон», или «Акт единения». Признавая основания веры, выработанные на первом и втором Вселенских соборах, «Энотикон» называл Иисуса Христа «единосущным Отцу по Божеству и единосущным нам по человечеству», но вместе с тем он ничего не говорил об определении Халкидонского собора относительно соединения в Иисусе Христе двух природ.
Многие египетские и сирийские монофиситы готовы были одобрить «Энотикон», воспринимая его как осуждение Халкидонского собора. Поддержал его и патриарх Александрии. Но со стороны как православных, так и монофиситов нашлось немало людей непримиримых, не шедших на компромиссы. Резко восстал против «Энотикона» римский папа, который на соборе в Риме в 484 г. отлучил от церкви и предал анафеме константинопольского патриарха. Акакий, в свою очередь, вычеркнул имя папы из церковных диптихов, т. е. перестал его поминать. По имени константинопольского патриарха этот первый раскол между Западной и Восточной церквями вошел в историю как «Акакиева схизма» (484–518).
Кроме внутренних сложностей, множество хлопот доставляли правительству Зинона остготские вожди, остававшиеся постоянной угрозой для державы в течение почти всего времени его правления. В 486 г. Теодорих, сын Теодемира, осадил Константинополь и опустошил его окрестности. Исавры и горожане готовы были сжечь столицу, если ее окажется невозможным отстоять. Однако Теодорих отступил и согласился на перемирие. Зинон предложил ему двинуться с готами в Италию и стать ее правителем вместо Одоакра. Осенью 486 г. основные силы готов покинули Балканы, что значительно облегчило положение империи.