Такая система имела видимые преимущества: икта (военные держания) оставались по-настоящему условными и возвращались к султану по смерти иктадара, а поскольку дети мамлюков не становились военными, казенный земельный фонд не переходил в частные руки. Но и издержки системы были немалыми. Иктадары не вкладывали средства в земли, которые находились во временном пользовании, но старались выжать из крестьян-феллахов как можно больше, добиваясь их прикрепления к земле. Рост поборов и прямые грабежи вызывали восстания феллахов и бедуинов, подавляемые с величайшей жестокостью. Новый султан не доверял людям из «дома» своего предшественника, стремился заменить их своими ставленниками, и в этом крылась причина постоянных заговоров и смут. Огромные доходы от транзитной торговли поглощались расходами на пополнение корпуса мамлюков. Закупка рабов не уменьшалась даже в отсутствие войн, поскольку и султан, и его эмиры хотели усилить свои «дома». До второй половины XIV в. рабами становились в основном тюрки из кыпчакских степей. Но по мере исламизации этих краев приток рабов сокращался, ведь мусульмане не могли порабощать единоверцев. Мамлюками были руми (греки, венгры, славяне), христиане Закавказья, но больше всего ценились джаркис — черкесы (так обозначали жителей Северного Кавказа, как христиан, так и язычников). С началом правления черкесских султанов (1382) джаркис монополизировали важные должности. Но тюркский язык оставался средством общения мамлюков.
Летописцы склонны были противопоставлять «хороший» тюркский период «плохому» черкесскому, когда все важные должности доставались лишь землякам султанов и эмиров. Многие под видом рабов вывозили с Кавказа своих родственников, порой уже взрослых, вопреки этике мамлюков и принципам военной меритократии. Пережив нашествие Тимура на Сирию, султаны уже не вели больших войн. Служба мамлюков делалась все привлекательнее, а их притязания все возрастали. Бурное развитие товарно-денежных отношений вело к эрозии ценностей мамлюкского корпуса.
Султаны, эмиры и простые иктадары охотно дарили земли мечетям, медресе и общинам дервишей, способствуя росту числа вакуфных земель. Вакф (имущество, предназначенное на благотворительные цели) не облагался налогом и не подлежал конфискациям. Но дарители и их потомки сохраняли права на получение части доходов с таких земель; мамлюки обеспечивали так будущее своих детей. Вакуфные земли становились «островками процветания», поскольку свобода от обложения и гарантии стабильности способствовали агротехническим улучшениям.
Поскольку ни с икта, ни с вакфа не собирались налоги, главным источником пополнения казны служила торговля. Султаны взвинчивали пошлины, вводили монополии. Купцов, не желавших торговать по этим тарифам, бросали в тюрьму. Стремясь максимально контролировать доходы египетских купцов, султаны запрещали им покидать страну, передав дальнюю торговлю в руки иностранцев. Была введена монополия на сахар, на султанских плантациях сахарного тростника в Гизе работали чернокожие невольники. Рабы-ремесленники трудились и в султанских мастерских.
Султаны и эмиры, занятые борьбой за власть и дележом прибылей, не могли поддерживать дисциплину в мамлюкском войске. Египет не оснастил армию огнестрельным оружием, не обзавелся сильным флотом. Притязая на роль покровителей ислама, султаны не помогли единоверцам на Пиренеях, не препятствовали утверждению шиитов в Иране. Появление португальцев на Красном море подорвало и экономику, и престиж султана. Османских завоевателей население Египта приветствовало как освободителей.