В горную Колумбию, где жили племена чибча-муисков, испанцев привели слухи о стране позолоченного вождя — Эльдорадо. В 1536–1537 гг. испанцы устремились туда почти одновременно с трех сторон. Один из отрядов шел с юга, из Перу, другой был снаряжен агентами немецкой торговой компании Вельзеров, которая в конце 20-х годов купила у Карла V право на колонизацию части земель к югу от Карибского моря. Отряд под руководством Г. Хименеса де Кесада немного опередил конкурентов и подчинил себе страну, захватив немалые богатства. Однако легенда об Эльдорадо как символе богатства Америки оказалась столь привлекательной, что и после этого испанцы, а затем и представители других стран еще долго продолжали искать по всей Америке «Золотую страну», и лишь десятилетия неудач поубавили их пыл.
В 30-е годы еще один поток испанской колонизации устремился в глубь континента со стороны залива Ла Плата; рядом с ним в 1536 г. был основан город Буэнос-Айрес. Вскоре два потока — с северо-запада, т. е. из Перу, и с юго-востока, от залива Ла Плата — сомкнулись. Историческое значение имело открытие на территории нынешней Боливии «серебряной горы» Потоси (1545), во многом предопределившее судьбу Америки.
Еще одним объектом испанской колониальной экспансии были Филиппинские острова. Основы испанского владычества на архипелаге были заложены отправленной из Мексики экспедицией М. Лопеса де Легаспи. В ходе ее в 1565 г. впервые был проложен путь из Азии в Америку. Тогда же Легаспи основал первые испанские поселения на Филиппинах, а в 1571 г. сделал столицей г. Манилу. Проникновение испанцев на Филиппины носило более мирный характер, чем в Америке (в том числе благодаря личным качествам Легаспи), и не сопровождалось такими тяжелыми последствиями для местного населения. Испанцы успешно встроились в торговлю Филиппин с соседними странами, особенно с Китаем.
Административно Филиппины зависели от Мексики, и связи с ней (а через нее — с метрополией) осуществляли манильские галеоны. Первоначально Тихий океан нередко пересекали по несколько судов, но широкое развитие прямых торговых связей между Америкой и Азией оказалось невыгодно для влиятельной группы севильских купцов. В 1593 г. они убедили Филиппа II ограничить навигацию между Манилой и Акапулько двумя кораблями в год для обоих направлений (т. е. фактически в каждую сторону шел лишь один корабль, и такая система действовала до XIX в.). Чтобы хоть частично компенсировать это ограничение, размеры галеонов были сильно увеличены (при длине до 50 м и более их водоизмещение достигало 2000 т). Примерно четыре месяца галеон с пряностями, китайским фарфором, ртутью, шелковыми тканями шел в Мексику; обратно везли в основном серебро.
Примерно в середине 50-х годов XVI в. Конкиста завершилась и в Центральной, и в Южной Америке. Ее результаты были грандиозны: отряды конкистадоров, которые за все время завоеваний в общей сложности могли составлять, по разным подсчетам, всего лишь от 4–5 до 10 тысяч человек, завоевали территории, по площади во много раз превосходившие Испанию, сокрушив могущественные державы ацтеков и инков. Они захватили огромную добычу: только у Писарро при завоевании Перу она составила в пересчете на золото около 6 тонн!
Историки по-разному объясняют феномен Конкисты. Говорят о превосходстве в вооружении и военной тактике, об огромной смертности индейцев из-за эпидемий принесенных европейцами болезней, о том, что индейцы склонны были обожествлять пришельцев, о страхе, который внушали индейцам всадники (до Колумба Америка не знала лошадей), о внутренней слабости держав инков и ацтеков, которой испанцы умело пользовались. Не менее важно, что конкистадоры были людьми переломной эпохи, деятельными и упорными, готовыми на любые лишения ради открывшегося перед ними пути наверх, к богатству и славе. В результате успешных плаваний перед ними распахнулось новое огромное пространство — не обжитое, как в Европе, а чужое и неизведанное, и они ответили на его вызов. Очень эффективной оказалась и стихийно складывавшаяся практика взаимоотношений конкистадоров и короны.
Конкиста привела к гибели значительной части индейского населения Америки (во многом из-за завезенных завоевателями болезней) и к уничтожению ее самобытных цивилизаций: майя и ацтеков в Мексике, инков и чибча-муисков в Южной Америке. Однако в ходе испанской колонизации на смену индейской культуре пришла новая, собственно латиноамериканская, возникшая в результате взаимодействия и синтеза испанских и индейских культурных традиций.