К числу первоочередных задач этих структур относилось осуществление непрерывного сбора данных о заболеваемости на всей территории своих государств, выявление связи заболеваемости с особенностями физической и социальной среды обитания людей, разработка на основе этих материалов лечебно-профилактических рекомендаций, доведение их до сведения практикующих врачей и осуществление постоянного надзора за их неукоснительным соблюдением. По меткому выражению М. Фуко («Рождение клиники»), французское Королевское медицинское общество служило «местом централизации науки, регистрирующей и решающей инстанцией для всех областей медицины… официальным органом коллективного сознания патологических феноменов, сознания, которое разворачивается… в пространстве нации».
Организация непрерывного сбора информации о заболеваемости служила одновременно и целям раннего выявления эпидемий. При возникновении «в одном месте в одно время» более пяти случаев одного заболевания представители центрального органа управления должны были лично выезжать на место вспышки и проводить противоэпидемические мероприятия. Кроме того, названные высшие государственные врачебные инстанции занимались привлечением врачей на государственную службу и их равномерным распределением по территории государств, активно участвовали в разработке и совершенствовании врачебно-санитарного законодательства, осуществляли экспертизу публиковавшихся медицинских сочинений.
Руководство этими структурами осуществляли люди из ближайшего окружения коронованных особ, пользовавшиеся их абсолютным доверием и поддержкой: в Австрии — лейб-медик императрицы Марии Терезии барон Г. ван Свитен, во Франции — лейб-медик Людовика XVI Ж.М.Ф. де Лассон, в России — барон А.И. Васильев и граф В.П. Кочубей.
Второе направление деятельности органов государственной власти в сфере внедрения медицинской полиции — борьба с шарлатанами и обеспечение населения квалифицированными врачами. Основным средством борьбы с шарлатанами и знахарями были полицейские меры по выявлению и суровому наказанию лиц без медицинского образования, занимавшихся медицинской деятельностью. Для увеличения количества врачей и повышения уровня их профессиональной подготовки была проведена масштабная реформа высшего медицинского образования, предусматривавшая отмену на медицинских факультетах большинства университетских свобод и отказ от канонической университетской традиции. Согласно этой традиции, насчитывавшей к середине XVIII в. более пяти веков, медицинские факультеты не готовили врачей, пригодных для практической деятельности, а выпускали широко образованных в теоретическом плане медиков — кандидатов (бакалавров) медицины, не имевших права на самостоятельную врачебную практику. Желавшие получить такое право (а это была лишь часть выпускников медицинских факультетов) должны были пройти послеуниверситетскую практическую стажировку под руководством опытного врача и сдать специальный экзамен.
В ходе реформы деятельность высших медицинских учебных заведений была полностью переориентирована на подготовку и выпуск врачей с правом на самостоятельную практику. Важнейшим условием этой переориентации стала организация клиник и введение клинического преподавания, предусматривавшего обязательное обучение студентов навыкам самостоятельной работы с больными. Кроме того, были отменены свобода преподавания для профессоров и свобода обучения для студентов, разработаны и внедрены обязательные учебные программы, организованы строгие этапные и выпускные испытания, которые одновременно служили и государственной аттестаций на право врачебной практики. В Австрии эти преобразования были осуществлены в 50-80-е годы XVIII в. благодаря прямому вмешательству государства в деятельность университетов. Во Франции — путем ликвидации медицинских факультетов университетов, признанных оплотом средневековой корпоративной медицины, и создания в 90-е годы XVIII в. учебных медицинских заведений нового типа, так называемых «школ здоровья» (в Париже, Страсбурге, Монпелье). В России в конце XVIII — первой четверти XIX в. были фактически использованы оба пути: организованы две медико-хирургические академии (в Санкт-Петербурге и Москве), четыре медицинских института (в Вильно, Москве, Казани, Харькове) и реорганизованы медицинские факультеты пяти университетов (Москвы, Казани, Харькова, Вильно и Дерпта). На протяжении XIX в. аналогичные преобразования были осуществлены в подавляющем большинстве стран Европы.