В лютеранстве ответом на этот кризис стал пиетизм — система практического благочестия, разработанная саксонскими богословами Ф.Я. Шпенером (1635–1705) и А.Г. Франке (1663–1727). Поставив своей целью возрождение учения Лютера об оправдании верой, Шпенер и Франке дополнили лютеранскую догматику средневековым мистицизмом, ренессансным спиритуализмом и оккультизмом, а также английской пуританской традицией. Пиетисты призывали не к разрыву с лютеранской церковью, а к ее обновлению, движущей силой которого должны были стать сами верующие, воздвигшие «истинную», «внутреннюю церковь» в своих душах.
В 1691 г. конфликты с саксонскими властями заставили Шпенера и Франке перебраться в Бранденбург. Здесь их учение получило поддержку Гогенцоллернов, для которых пиетисты оказались естественными союзниками в борьбе с влиятельной лютеранской ортодоксией. Кроме того, Гогенцоллерны проводили антисаксонскую политику, так что покровительство пиетистам сулило и явные политические выгоды. Новый университет в Галле, основанный в 1694 г. как противовес университету Лейпцига, стал центром набирающего влияние пиетистского движения.
Франке развил учение о внутренней церкви в целую программу коренного переустройства христианской жизни, которая включала реформу духовного и светского образования. Огромную роль Франке отводил книгопечатанию; основанная им типография в Галле выпускала книги на многих языках. Особой популярностью пользовались труды «Об истинном христианстве» (Vom wahren Christentum) И. Арндта и «Жертва угодная» (Pia Desideria) Шпенера. Эти труды стали европейскими «бестселлерами», выдержавшими многочисленные издания и переведенными на многие языки, в том числе и на русский. Наиболее важным компонентом программы Франке было создание сети благотворительных учреждений — знаменитого Сиротского Дома, народных школ, учительских семинарий, аптек и Библейского института. Франке и его последователи также разработали чрезвычайно эффективную модель миссионерской деятельности. Пиетистские миссии распространялись не только в Европе, но и в Америке, Азии и Африке. Особой активностью агенты Франке отличались на Ближнем Востоке и в петровской России. После Полтавы Франке взял на себя духовное окормление шведских пленных-лютеран в России, и Тобольск — место ссылки шведских военнопленных — стал на некоторое время городом пиетистского возрождения. В 1722–1724 гг., когда шведы вернулись домой, они принесли с собой пиетизм, ставший одним из ведущих духовных движений шведского лютеранства. Значительным влиянием обладал пиетизм и в Британии, где в числе наиболее влиятельных последователей Франке были Г.В. Лудольф (1655–1712), секретарь принца Георга, и его ученик А.В. Бёме (1673–1722).
В кальвинизме вера в то, что несовершенства христианской жизни коренятся прежде всего в несовершенстве вероучения, привела к тому, что духовное обновление кальвинистские богословы связывали с догматическими реформами. В Нидерландах это стремление вылилось в движение «Дальнейшей реформации» (Nadere Reformatie). Здесь еще в начале XVII в. реформаты раскололись на два лагеря — ортодоксальных кальвинистов, настаивавших на буквальном толковании доктрины предопределения, и арминиан, которые допускали возможность искупления для всех истинно верующих. К началу XVIII в. арминианизм распространился в Швейцарии и реформатских германских княжествах, особенно в Бремене, где работал один из наиболее влиятельных богословов эпохи Ф.А. Лампе (1683–1729). Влияние арминиан было сильно и в Англии.
Англиканскую церковь, возникшую в свое время как компромисс между католиками и протестантами-пуританами, разрывали противоречия между сторонниками Высокой Церкви и Низкой Церкви. Высокоцерковники полагали, что таинства были единственным залогом спасения, а сторонники Низкой Церкви вслед за арминианами считали, что литургика и церковная иерархия не играют роли в спасении верующего, а задача церкви состоит в образовании верующих, в оказании помощи в понимании Библии, а также в организации благотворительности. Участие в религиозных спорах помимо англикан принимали и пресвитериане, изгнанные из церкви во время Реставрации, и протестантские диссентеры (конгрегационалисты, квакеры, баптисты и прочие протестанты, отказавшиеся принять доктринальные стандарты англиканской церкви).