Кампания против иезуитов началась в Португалии. Помбал в марте 1758 г. потребовал от папы Бенедикта XIV запретить иезуитские организации, и португальское правительство незамедлительно захватило имущество иезуитов. После того как в 1756 г. коммерческие предприятия французских иезуитов на Мартинике обанкротились, руанский, парижский и другие парламенты, в которых было сильно влияние янсенистов, один за другим подвергли орден запрету. Когда папа Климент XIII в 1762 г. выпустил особое бреве с протестом против преследования ордена, парламенты отказались его регистрировать, а Людовик XV был вынужден в ноябре 1764 г. подписать эдикт о запрете иезуитского ордена и конфискации его имущества. Примеру Португалии и Франции последовали Парма, Неаполь и Испания. Несмотря на это давление, папа Климент XIII упорно сопротивлялся. Только после его смерти в 1769 г. новый папа Климент XIV, заручившись молчаливым согласием Марии Терезии, выпустил послание «Dominus ac Redemptor» (1773), которое прекращало деятельность Общества Иисуса. Наиболее парадоксальным последствием этой истории было то, что изгнанные иезуиты нашли пристанище в протестантских странах — Пруссии, североамериканских колониях, Дании, Голландии — и в православной Российской империи (крупнейший коллегиум иезуитов существовал в Полоцке до 30-х годов XIX в.).
В протестантизме проблема взаимоотношения церкви и государства получила принципиальное разрешение в ходе Реформации. Отвергнув теорию «двух мечей», Лютер и М^ланхтон создали теорию «двух царств», основанную на представлении о церкви как о духовном братстве верующих и о государстве как орудии поддержания гражданского мира. Согласно «теории двух царств» государство могло регулировать «внешнюю» жизнь церкви (те ее аспекты, которые не имели отношения к спасению), но не имело права вмешиваться в дела совести, которые оставались неотъемлемой прерогативой церкви. Но если лютеранство все-таки сохранило иерархическое устройство церкви, реформатство пошло дальше, создав принципиально новую экклезиологическую модель — пресвитерию (т. е. собрание верующих, в котором пасторам и мирским старшинам принадлежали равные права).
Бреве «Dominus ac Redemptor» о роспуске Ордена иезуитов. 1773 г.
Теория «двух царств», лежавшая в основе церковно-государственных отношений в большинстве протестантских стран, оказалась особенно эффективной в Пруссии, где кальвинистская династия Гогенцоллернов управляла страной с преимущественно лютеранским населением.
В Британии, где король имел высокий титул защитника веры, прерогативы королевской власти в церковных делах были на деле существенно ограничены, а дебаты о церковно-государственных отношениях находились в зависимости от парламентской политики. Церковь возглавлялась Конвокацией — церковным собором епископов, в котором ведущие позиции занимали представители Высокой Церкви. В 1717 г. Георг I (1714–1727) распустил Конвокацию, покончив с влиянием оппозиционных епископов в Палате лордов и переведя англиканскую церковь под управление парламента. После роспуска Конвокация не собиралась до 1854 г. Тем не менее высокоцерковникам удалось сохранить ведущие позиции в англиканской церкви (и эти позиции особенно усилились после Французской революции), а их представления о церкви как незыблемом основании государства сохраняли влияние в течение всего XVIII столетия.
За роспуском Конвокации в Британии последовал и конец епископальной церкви Шотландии. Шотландский протестантизм был преобразован по пресвитерианскому образцу, а английская церковь была вынуждена признать не только независимое существование пресвитерианской церкви, но и роль Генеральной Ассамблеи Шотландской Кирки (Kirk), которая стала de facto парламентом.