В 1807 г. Фихте предложил план реформы университетов: «В университетах не должно быть профессионального образования, а должно быть предложено образование посредством философии, которая обеспечивала бы понимание взаимоотношений в пределах всего научного знания. Философии следовало быть свободным вопрошанием и критикой по отношению ко всем остальным формам знания». Философ также предлагал предоставить возможность получения образования малоимущим слоям путем создания системы публичных школ, куда принимали бы представителей всех групп населения, а в университете нуждающиеся студенты могли бы получать поддержку со стороны государства. Выстраивая свои приоритеты вокруг системы образовательного лидерства, Германия стала бы своеобразным воплощением государства Платона. Высокий образовательный статус давал бы его обладателю право занятия ключевых должностей в государстве, что вело бы к вытеснению старой наследственной аристократии и формированию внесословного общества.
Фундаментальные принципы нового университета были изложены в уже упоминавшемся меморандуме Гумбольдта «О внутренней и внешней организации высших научных заведений в Берлине». Краеугольным камнем гумбольдтовского университета стали принципы академической свободы и единства исследования и преподавания. Такой университет был свободен как от влияния церкви, так и от государственной опеки в сфере науки и преподавания и организован как привилегированная корпорация на основе самоуправления. Студент в рамках обучения должен был не столько овладевать готовым знанием, сколько развивать самостоятельность мышления, заниматься разысканием и усвоением истины и быть дополнительной «инстанцией» для проверки тезисов преподавателя-исследователя. Именно поэтому в реформированном университете закрепилась новая форма обучения — семинарские занятия (в практику подготовки историков их ввел Л. фон Ранке).
Гумбольдтовская модель университета зиждется на единстве исследования и преподавания, поскольку лишь исследовательская практика позволяет по-настоящему овладеть наукой, а сам университет является в первую очередь исследовательским центром. Профессора обязаны были проводить самостоятельные научные исследования, вынося их результаты на суд международной академической общественности. Именно это станет главной особенностью «немецкого университета», и там отныне будут процветать академические дисциплины. Философский факультет в ходе реформ полностью сравнялся по статусу и оплате профессуры с другими университетскими факультетами, он перестал быть подготовительной ступенью для обучения и мог присваивать высшие университетские степени.
Финансовой поддержкой роль государства в университетском сообществе, по мнению Гумбольдта, не исчерпывается: его прерогатива — назначение университетских преподавателей. Он опасался, что без вмешательства государства в формирование профессорского корпуса свободе грозит опасность из недр самого университета, поскольку господствующие исследовательские школы «имеют тенденцию задушить развитие других». Университет и академия — это части единого научного здания, но, полагал Гумбольдт, «ход науки, очевидно, быстрее и живее в университете, где большая масса лиц, а именно сильных, бодрых и молодых лиц, постоянно продумывает ее». Публичный диспут и защита диссертации делали соискателя полноправным профессионалом в академической среде.
В Германии утверждение модели университета, ориентированного на исследовательские идеалы, совпало с развитием индустриализации и ростом социальных противоречий. На фоне растущего числа студентов, кафедр и университетов гумбольдтовские идеи, ориентированные на малые масштабы и элитарные меритократические принципы, все больше оказывались мифом. Этот миф в новую, постромантическую эпоху специализации и профессионализации горячо поддерживали гуманитарии и философы (Э. Шпрангер и Ф. Паульсен), особенно в связи с празднованием столетия Берлинского университета в 1910 г. Ставка на государство как главный и единственный гарант поддержания и сохранения духовных ценностей стал после 1890 г. основой формирования так называемой мандаринской идеологии профессоров (термин М. Вебера, отсылающий к китайскому чиновничеству («мандаринам») и закрепленный пионерскими исследованиями Ф. Рингера в 1960-е годы). Результатом этого стал рост шовинистических и консервативных настроений в академической среде, о чем свидетельствовало и поведение видных деятелей немецкой науки в связи с кризисами 1914 и 1933 гг.
В 1919 г. в лекции «Наука как призвание и профессия» Макс Вебер отмечал внутреннюю и внешнюю проблематичность положения немецкого университета в минувшие десятилетия, ибо, по его мнению, в исследованиях на первый план выходит специализация и ограничение универсального идеала времен Канта и Гёте. Высшая школа на американский манер становится фабрикой дипломов, а наука из аскетичного искания истины превращается в Grossbetrieb — большое и рационально организованное предприятие. Еще ранее у Вебера последовательное неприятие вызывала авторитарная политика опытного и влиятельного прусского министра Фридриха Альтхоффа, много лет ведавшего делами образования и назначениями на кафедры в прусских университетах. Альтхофф казался Веберу воплощением этого духа рационалистического самоотчуждения новейшей науки как социального института.
При этом Альтхофф, в соответствии с веяниями времени, понимал необходимость развития в Германии сети высших технических школ. Оставаясь поначалу в традиционных академических рамках, эти учреждения должны были наряду с проведением исследований развивать и преподавать технологическое знание. Их истоки восходят к эпохе просвещенного абсолютизма, когда уже существовали высшие специальные школы (кстати, именно во Фрейбергской горной академии заканчивал свое образование знаменитый биолог и путешественник Александр Гумбольдт). Образцом для технических школ была основанная в 1794 г. парижская «Ecole Polytechnique». Очень привлекательную во всех отношениях модель представлял собой политехнический университет в Вене, открытый в 1815 г. Его успех в сфере образования удивителен, поскольку монархия Габсбургов в то время всячески противилась какой-либо модернизации. Тем не менее все возникшие в Германском союзе после 1825 г. технические школы ориентировались именно на этот образец. Залогом успеха технических школ стало сочетание науки и практического образования; эти школы обычно имели в своем распоряжении собственные цеха и лаборатории.
В 1825 г. возникла баденская политехническая школа в Карлсруэ (сейчас — Технический университет в Карлсруэ, одно из лучших учебных заведений современной Германии). В рамках этой политехнической школы существовали подготовительное отделение и факультеты — строительное училище, лесное училище, ремесленное училище, торговая школа. «Специальные школы» вскоре возникли в Берлине (прообраз современного технического университета), в Мюнхене, Дрездене, Штутгарте. Эти учреждения, созданные для преодоления технико-экономической отсталости Германии, уже спустя 50 лет после своего возникновения успешно поддерживали конкурентную борьбу немецкой индустрии на мировом рынке. Уже к началу XX в. технические школы в Германии уравниваются с университетом по своему статусу (особенно в деле присвоения академических степеней). Количественный рост этого сектора высшего образования заметно опережает прибавление членов университетского сообщества.
В России с вступлением на престол Александра I (1801) началась разработка проектов реформ в сфере образования. Новосозданному Министерству народного просвещения подчинялись Главное Правление Училищ, Академия наук, университеты и другие заведения образовательного профиля. Была намечена система учебных округов, а на университеты возложена функция управления низшими училищами. В 1802 г. было принято принципиальное решение об основании новых университетов. Члены Комиссии об училищах Н.Я. Озерецковский и Н.И. Фус предложили закрепить университеты за Москвой, Дерптом, Харьковом и Казанью, расходясь по двум последним кандидатурам университетских городов: Фус предлагал Вильну и Петербург, а Озерецковский — Воронеж и Великий Устюг, с тем, чтобы в столице университета не было. В.Н. Каразин выступил инициатором создания Харьковского университета, представив его как проект, уже поддержанный местным дворянством.
Принципы университетской реформы 1802–1804 гг. в целом носили противоречивый характер, поскольку объединяли в себе элементы французской системы управления училищами с правом инспектирования, назначения директоров, учителей средних и начальных школ и традиционные привилегии немецких ученых корпораций. Новое разделение университетов на факультеты и подготовка юношества в стенах университетов к государственной службе также были следствием французского влияния эпохи Революции и Наполеона. В университетском уставе 1804 г. нашли выражение корпоративные права ученых (принцип коллегиальности в формировании и управлении корпорацией, широкая университетская юрисдикция). В России к концу первого десятилетия XIX в. существовало уже шесть университетов (Московский, Дерптский, Виленский, Харьковский, Казанский, Петербургский).