В ответ на напоминания народного трибуна о законах Цезарь воскликнул: «Разве ты не знаешь, что оружие и законы плохо уживаются друг с другом? Война не терпит возражений, когда же я после заключения мира отложу оружие в сторону, ты, Метелл, можешь появиться снова и ораторствовать перед народом».
Провозглашенный в Риме диктатором, Юлий Цезарь решил двинуться в Грецию против Помпея, собравшего там большую армию. Когда корабли Цезаря отплывали в Грецию, разразился шторм, и кормчий хотел повернуть назад. Схватив кормчего за руку, Цезарь воскликнул: «Не трусь! Ты везешь Цезаря и его счастье».
С началом гражданской войны в Риме Помпей издал повеление считать врагами отечества не только сторонников Цезаря, но и тех, кто не примкнул ни к какой стороне (по принципу «кто не с нами, тот против нас»). Цезарь же объявил их своими приверженцами наравне с теми, кто сражался в его рядах.
В одном из сражений с Помпеем в Греции (у Диррахии) Юлий Цезарь потерял около 2-х тысяч воинов и вынужден был отступить в свой лагерь. Помпей не решился атаковать лагерь, а Цезарь заметил: «Противник сегодня мог закончить войну, если бы имел во главе человека, умеющего побеждать».
В 48 г. до н. э. при Фарсале Юлий Цезарь нанес сокрушительное поражение Помпею — своему главному противнику в гражданской войне.
По легенде, ранним утром в день сражения при Фарсале над лагерем Цезаря заблестел яркий свет, от него загорелся факел и, поднявшись в воздух, упал в лагере Помпея, вызвав там смятение.
В сражении солдаты Цезаря против обыкновения не метали копий и не поражали неприятеля в ноги, а по приказу своего военачальника целили врагам в лицо. Молодые воины Помпея стали прикрывать лица и дрогнули перед поднятыми вверх копьями.
После поражения при Фарсале Цезарем Гней Помпей бежал в Египет, где был предательски убит. Многим помпеянцам, захваченным в плен, Цезарь даровал свободу, в их числе был и Брут, будущий убийца диктатора (Плутарх упоминает версию о том, что Брут был внебрачным сыном Цезаря).
Цезарь не был бессмысленно жестоким, своих врагов он охотнее прощал, чем казнил. По свидетельству Аммиана Марцеллина, он не раз говорил, что «воспоминания о жестокости — плохая подпора в старости».
В конце 47 г. до н. э. Цезарь повел свой флот в Северную Африку. Высаживаясь с корабля, он оступился и упал, что солдаты могли счесть дурным предзнаменованием. Но полководец, не растерявшись, охватил землю руками и воскликнул: «Ты в моих руках, Африка!»
В Африке он расправился с воинственными сторонниками Помпея, привел к покорности нумидийцев и египтян, женился на Клеопатре.
В одном из сражений с нумидийским царем Юбой знаменосец, стоявший рядом с Цезарем, растерялся и решил бежать. Полководец в ярости ухватил его за шею и, развернув вместе со знаменем лицом к противнику, воскликнул: «Вот где враги!»
Когда египетский царь Птолемей, желая снискать расположение Юлия Цезаря, предъявил ему голову коварно убитого Помпея — бывшего соперника Цезаря, тот отвернулся, а когда ему преподнесли кольцо с руки Помпея, заплакал. Вскоре последовала расправа над убийцами Гнея Помпея. Не избежал гибели и царь Птолемей. Останки Помпея Цезарь отправил для погребения жене полководца Корнелии, а многих друзей и близких своего соотечественника-соперника, скитавшихся в Египте, он простил и облагодетельствовал.
Когда сын понтийского царя Митридата Фарнак начал войну против Рима, Цезарь действовал стремительно. Взяв с собой несколько легионов, он двинулся в Малую Азию и разбил Фарнака. Сообщение в Рим полководец ограничил тремя словами: «Пришел, увидел, победил».
Юлий Цезарь перед походом
После похода в Малую Азию против Фарнака Цезарь отправился в Испанию, где подняли восстание бывшие сторонники Помпея. Когда-то, сражаясь с великим Помпеем в Греции, он говорил: «Иду против вождя без войск», в Испании же, имея перед собой легатов Афрания и Петрея, Цезарь пошутил: «Иду против армии без вождей».
Афраний и Петрей, не решившись на сражение, предпочли капитулировать без пролития крови.