Посоветовавшись со старцами киевскими, Агафия Семеновна оставила Флоровский монастырь и пошла на север. Обходя многие места и монастыри, она направилась к Сарову. Это было около 1760 года. За 12 верст от монастыря, в селе Дивеево Нижегородской губернии Ардановского уезда, она села отдохнуть возле небольшой деревянной церкви и в дремоте сподобилась вторичного видения Богоматери: «Вот здесь предел, который Божественным Промыслом положен тебе. Я осную здесь такую обитель Мою, равной которой не было, нет и не будет никогда во всем свете: это — четвертый жребий Мой во вселенной. И благодать Всесвятого Духа Божия и обилие всех благ земных, с малыми трудами человеческими, не оскудеют от этого места Моего возлюбленного!»
Придя в себя, раба Божия Агафия исполнилась необычайной радости и со слезами умиления поспешила к Сарову. Он ей так понравился, что она с охотою осталась бы здесь совсем, если бы то была женская обитель. Узнавши от нее необычайный Промысл Божий о Дивееве, саровские старцы и направили ее туда. Но в Дивееве в то время от множества рабочих на открытых там заводах было неудобно, и по совету старцев она поселилась в двух верстах от этого села, в деревне Осиновке, во флигеле вдовы Зевакиной. Здесь заболела ее девятилетняя дочь и скончалась. Приняв это как указание Божие посвятить себя всецело назначенному ей делу, Агафия Семеновна сначала отправилась в свои имения и распорядилась ими во славу Господа и спасение души своей и родных: крестьян частью отпустила на волю, частью передала другим, по избранию самих крепостных; имущества свои пожертвовала на построение храмов и другие добрые дела. И приблизительно к 1765 году воротилась в Дивеево. Здесь ее пригласил к себе жить священник отец Василий Дертев, впоследствии скончавшийся монахом Саровского монастыря с именем Варлаам. В то время он был уже старцем и жил одиноко со своею старицею матушкою. Агафия Семеновна на дворе его построила себе небольшую келью и работала отцу Василию как простая служанка: чистила двор, ухаживала за скотиной, стирала белье и пр. В таких сокровенных трудах она и прожила здесь 20 лет.
Но тайной и горячей заботой ее было исполнение воли Царицы Небесной. К этому она и приступила еще в 1767 году, испросив у саровских старцев благословения, а у епархиального начальства разрешение на постройку нового каменного храма во имя Казанской иконы Божией Матери на месте прежней церкви Святителя Николая, возле которой она сподобилась чудесного видения, а ему был посвящен в новом храме левый придел. Постройка кончилась через 5 лет. Агафия Семеновна съездила в Казань за точной копией с чудотворной иконы Богоматери и святыми мощами.
Каковы были ее подвиги, это — тайна Божия.
Внешне же она продолжала жить просто. Помогала, особенно в страдную пору, ухаживать за крестьянскими детьми. По праздникам же вела беседы с богомольцами на паперти храма. Одежду она носила бедную, на поле ходила в лаптях. Во время отдыха подкладывала под голову камень, обшитый для сокровенности в холстину. Под одеждою тайно носила власяницу. По виду и в обращении она была весела, а от тайных слез у нее глаза всегда были красными: об этом впоследствии свидетельствовал и отец Серафим. Она прекрасно знала церковный Устав. Отличалась рассудительностью. Можно сказать, это была тайная подвижница, сокровенная раба Божия.
Приблизительно в это же время строился в Сарове главный Успенский соборный храм. И Агафия Семеновна от сохранившихся капиталов весьма щедро помогала в этом святом деле. А саровские старцы, особенно отец Пахомий и казначей отец Исаия, руководили ее духовною жизнью.
Так незаметно шли годы, а воля Богоматери все еще не осуществлялась: обители пока не было. Но вокруг рабы Божией Агафии уже собралось несколько ревнительниц духовной жизни: девица из с. Вертьянова, круглая сирота, крестница отца Василия — Евдокия Мартынова, вдова Анастасия Кирилловна, Ульяна Григорьевна и Фекла Кондратьевна — все из ближних селений. Вот для этих первоначальниц мать Агафия и решила, незадолго перед своею кончиною, построить кельи: первое зерно будущей обители — удела Божией Матери. К этому представился по Промыслу Божью особый случай. В 1788 году помещица с. Дивеева, Жданова, почитавшая Агафию Семеновну и знавшая от нее о дивном предсказании Царицы Небесной, пожертвовала ей 1300 квадратных сажен земли своей, рядом с новым храмом. Вот на этой жертве мать Агафия и поставила три кельи с надворными постройками и обнесла все деревянною оградою. Одну из этих келий она заняла сама, другую предназначила для трех послушниц, а сестра Евдокия прислуживала ей; третью же предоставила для отдыха странников, паломничествовавших чрез Дивеево в Саров. Так зародилась обитель. Туда же передала до 40 тысяч рублей, все оставшиеся средства свои, Агафия Семеновна перед кончиною.