А вскорости после этого она стала слабеть, хотя ей было всего лишь приблизительно 55 лет. В первой половине июня 1789 года, когда игумен Пахомий с казначеем отцом Исаией и иеродиаконом Серафимом отправились на похороны благодетеля монастыря Соловцова, им пришлось проезжать через Дивеево. Мать Агафия, совсем уже больная, упросила их особоровать ее перед смертью, что и исполнили старцы; при этом она просила отца Пахомия не оставлять своим душевным попечением и необходимою материальною помощью остающихся ее сирот. Отец настоятель обещал, но, ссылаясь на старость свою, указал на молодого иеродиакона Серафима как на преемника своего в деле попечения об уделе Божией Матери.
«Духовность его тебе известна, — говорил он умиравшей, — и он молод, ему и поручи это великое дело».
Матушка стала просить молодого монаха не отказаться от святого послушания, которое налагает на него Царица Небесная теперь. «Она же и поможет ему, — говорила умирающая, — в свое время сделать все необходимое». Отцу Серафиму в то время было лишь 30 лет. Что он ответил тогда отцу Пахомию и матушке, скрыто молчанием. Вероятно, ничего не сказал, а только воспринимал сердцем волю Царицы Небесной. После много раз говаривал он о том, что без воли Ее ничего не делал. «Исповедую тебе, — говорил он перед кончиной отцу Василию, — и Богом свидетельствую, что ни единого камешка я по своей воле у них не поставил, ниже слова единого от себя не сказал им. А коли я, убогий, которому Сама Матерь Божия поручила их, не соизволил своего... кольми паче другим надлежит то, батюшка!»
3 июня подвижница скончалась. Перед смертью она каждодневно причащалась Святых Таин. И лишь только священник приобщил ее в последний раз, как она тут же и скончалась, в самую полночь. Возвращавшиеся в обитель старцы заехали снова в Дивеево и отпели рабу Божию и свою благодетельницу. Как уже было писано ранее, после погребения устроена была поминальная трапеза, но отец Серафим, несмотря на проливной дождь, не остался после службы в женской общине, по своему целомудрию, и ушел пешком в Саров.
И после этого двукратного посещения он никогда больше не ходил туда (кроме чудесного явления, — о чем будет сказано впоследствии), а руководил всем из своего монастыря и из пустынек.
Скончалась матушка в иноческом чине с именем матери Александры. Об этом существуют разные предания. По одному, она приняла постриг еще молодою в Киевском Флоровском монастыре, но перед уходом оттуда старцы дали ей совет скрыть о своем постриге и под светским именем Агафии Мельгуновой отправиться в путь, указанный Божией Матерью. Это было во многих отношениях удобнее: и в смысле путешествий, и для распоряжения имениями. Но Н. А. Мотовилов пишет, что ее послушница Евдокия перед смертью своею сообщила, как матушка Агафия за неделю или две до кончины послала ее с другою девицею в Саров с просьбою о постриге. Прибыл отец Исаия и во время вечерни постриг ее в великий ангельский образ, с наречением имени Александры. Чтобы примирить эти предания, можно предположить, что во Флоровском монастыре ей был дан лишь «рясофорный» постриг с наречением имени Александры, что она, наверное, не скрыла потом от саровских духовников своих. А перед кончиною она была пострижена уже в полный чин «манатейного» пострига, с усвоением прежде уже нареченного имени. Во всяком случае, подвижница должна быть поминаема монахинею Александрою, хотя иногда в видениях своих она сама называла себя Агафиею, под каковым именем она была гораздо более известна своим современникам и их потомкам. Батюшка отец Серафим называл покойную больше мирским именем, а иногда и матушкою Александрою: он высоко чтил ее. «Царице Небесной, — говорил он потом М. В. Мантурову, — угодно, чтобы была у них (сестер) своя церковь к паперти же Казанской церкви, так как паперть эта достойна алтаря! Ведь матушка Агафия Семеновна, стоя на молитве, всю токами слез своего смирения омыла ее». А в другой раз говорил отцу Василию Садовскому, духовнику дивеевских сестер: «Как нам оставить тех, о коих просила меня, убогого Серафима, матушка Агафия Семеновна? Ведь она была великая жена, святая; смирение ее было неисповедимо, слез источник непрестанный, молитва к Богу чистейшая, любовь ко всему нелицемерная... За жизнь свою она была всеми уважаема. Так как же нам презреть ее прошения? Я ведь теперь один остался из тех старцев, коих просила она о заведенной общинке; так-то и я прошу тебя, батюшка, что от тебя зависит, не оставь их!»